Analyse de la diversité de quelques races et lignées porcines françaises à l'aide de marqueurs génétiques dans le cadre d'un vaste projet européen

Un échantillon de seize races (et lignées) porcines françaises a été étudié dans le cadre d’un projet européen de diversité génétique financé par l’Union Européenne et portant sur soixante-dix races, avec examen individuel à raison de cinquante individus par race environ. Les races françaises se répartissaient en cinq races locales, quatre variétés des grandes races Large White, Landrace et Piétrain, et enfin sept lignées commerciales de race pure ou synthétiques. Les marqueurs génétiques considérés étaient d’une part des microsatellites (50 locus), et d’autre part des AFLP (148 locus), qui sont un polymorphisme de longueur de fragments d’ADN amplifiés.

Une grande variabilité intra-race est observée pour les microsatellites. L’hétérozygotie moyenne de 0,56 et le nombre moyen d’allèles de 4,6 par locus chez les races françaises sont très proches des moyennes de l’étude européenne. L’arbre phylogénétique des 70 races révèle des regroupements de la plupart des variétés et lignées autour de leur race de référence (Large White, Landrace, Piétrain, Duroc, Hampshire). Les races et lignées françaises s’insèrent dans ces regroupements d’une manière conforme à l’attente. L’analyse de la diversité des races européennes montre que les races locales contribuent pour 56 % à la diversité totale des microsatellites, et pour un peu moins à celle des AFLP. L’originalité des races locales françaises, notamment des porcs Basque et Limousin, vient confirmer l’étude pilote de LAVAL et al (2000). Une contribution notable est également apportée par la lignée synthétique Tia Meslan, connue pour inclure des gènes en provenance de deux races chinoises. L’article discute des enseignements qui peuvent être tirés de cette étude pour la conservation des races et la gestion de la variabilité génétique de l’espèce porcine, autour de la question centrale qui est de savoir dans quelle mesure la diversité des marqueurs génétiques utilisés reflète une variabilité génétique utile.