La métagénomique désormais utilisable pour l’industrie agro-alimentaire

La métagénomique est une technologie récente qui permet d’identifier, en une seule analyse, plusieurs milliers de micro-organismes présents au sein d’une denrée alimentaire, sans passer par une étape de culture. Elle est capable de mettre en évidence des bactéries non cultivables, non identifiées par les techniques de microbiologie classique.

La métagénomique permet de répondre aux questions suivantes.

• Pourquoi mon lot n’est-il pas conforme ?
• Quelles sont les bactéries responsables de l’altération de mon produit ?
• Comment évolue la flore microbienne au cours de la conservation de mon produit ?
• Comment évolue la flore microbienne lors de la fermentation d’un produit fermenté ?
• Puis-je prolonger la durée de vie de mon produit ?
• Quelle sera l’influence d’un changement de formulation ou de conditionnement sur la composition et l’évolution de la flore microbienne ?
• Quel sera l’effet de l’utilisation d’une flore de biopréservation ?

Comment ça marche ?
La technologie utilisée pour les analyses de métagénomique commence par l’extraction de la totalité de l’ADN des micro-organismes présents dans l’échantillon. Puis une partie de l’ADN présente dans tous les micro-organismes est amplifiée.

Dans le cas des bactéries, il s’agit du gène codant pour l’ARNr 16S, identificateur universel, qui permet de déterminer le nom des espèces dans 80% des cas. L’amplification est suivie d’un séquençage haut débit, puis d’un traitement des résultats par bio-informatique, étape la plus critique.

L’IFIP propose aux entreprises l’analyse de leurs produits et l’interprétation des résultats, en lien avec la matrice alimentaire, par ses ingénieurs experts.

Contact : carole.feurer@ifip.asso.fr