La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

ValorMap : création d’une base de données spatialisée relative à la valorisation énergétique par méthanisation des résidus organiques des agro-industries

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Visuels de Pascal Levasseur et al., Journées Recherche et Innovation Biogaz Méthanisation, 2-4 octobre 2018, Rennes, 14 pages

 

 

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2018

Elba, l’outil web de détermination de la biomasse agricole en France

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Sylvain Marsac (Arvalis) et al., Journées Recherche et Innovation Biogaz Méthanisation,, 2-4 octobre 2018, Rennes, poster

Le développement de projets de valorisation de la biomasse agricole passe notamment par une meilleure connaissance de la disponibilité en ressources (masse, nature, localisation) avec un maillage aussi fin que possible. Le projet ELBA (EvaLuation de la Biomasse Agricole) a produit un outil partagé d’évaluation et de représentation géographique des ressources en résidus de cultures et cultures dédiées, effluents des élevages de porcs, ruminants, volailles et chevaux.

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2018

Diversité des productions porcines en France

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Jean-Yves Dourmad et al., Innovations agronomiques (FRA), 2018, volume 68, octobre, p. 151-170

Alors que la production porcine française est souvent perçue comme uniforme, il existe une assez grande diversité en termes d'organisation et taille des élevages et d'insertion dans l'exploitation agricole. Les élevages spécialisés représentent 39% des exploitations et 61% du cheptel alors que pour 38% des exploitations l'élevage porcin est associé à la présence de bovins. Au niveau des produits la diversification est surtout assurée en aval par le tri des carcasses et des pièces de découpe, et la transformation. Le porc est en effet valorisé à 75% sous la forme d'une grande diversité de produits transformés qui contraste avec la faible diversité de l'offre en viande fraiche. Depuis quelques années on assiste au développement de différentes démarches valorisant l'origine ou le mode d'élevage. Les leviers de différenciation concernent souvent plusieurs dimensions comme la race des animaux, l'origine géographique des produits, leurs qualités organoleptique ou diététique, l'absence ou la présence de certains composés dans l'alimentation des animaux, le bien-être animal et la production biologique. Cette évolution est favorisée par le renforcement des liens entre les groupements de producteurs et l'aval, y compris jusqu’à la transformation et la distribution.

https://www6.inra.fr/ciag/content/download/6490/47897/file/Vol68-7-Dourmad%20et%20al.pdf

Diversity of pig production in France

Although French pig production is generally perceived as uniform, a rather large diversity still exists in terms of organization and size of pig units and their integration with the rest of the farm. Specialized pig farms represent 39% of all pig farms and they raise about 61% of all pigs, whereas in 38% of farms the raising of pigs is associated with ruminants. Diversity of pork products is mainly obtained by the sorting of carcasses and cuts, and their processing. Indeed, in France, about 75% of pork is consumed after processing, with a very large diversity of products. This contrasts with the rather low diversity of pork fresh meat. Nevertheless, in the recent years, we may observe the development of strategies of diversification based on the origin or the way of production. The differentiation levers may combine different dimensions among: animal breed, geographic origin, organoleptic and dietetic quality, the absence or the presence of specific compounds in animal feed, animal welfare, and organic production.
This evolution towards increased diversity is promoted by the consolidation of the links between pig producer cooperatives and the downstream of the pork production chain, including processing and distribution sectors.

https://www6.inra.fr/ciag/content/download/6490/47897/file/Vol68-7-Dourmad%20et%20al.pdf

2018

Towards the quantitative characterization of piglets’ robustness to weaning: A modelling approach

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Manuel Revilla et al., Biorxiv, 2018, 26 septembre, 30 pages

Weaning is a critical transition phase in swine production in which piglets must cope with different stressors that may affect their health. During this period, the prophylactic use of antibiotics is still frequent to limit piglet morbidity, which raises both economic and public health concerns such as the appearance of antimicrobial-resistant microbes. With the interest of developing tools for assisting health and management decisions around weaning, it is key to provide robustness indexes that inform on the animals capacity to endure the challenges associated to weaning. This work aimed at developing a modelling approach for facilitating the quantification of piglet resilience to weaning. We monitored 325 Large White pigs weaned at 28 days of age and further housed and fed conventionally during the post-weaning period without antibiotic administration. Body weight and diarrhoea scores were recorded before and after weaning, and blood was sampled at weaning and one week later for collecting haematological data. We constructed a dynamic model based on the Gompertz-Makeham law to describe live weight trajectories during the first 75 days after weaning following the rationale that the animal response is partitioned in two time windows (a perturbation and a recovery window). Model calibration was performed for each animal. Our results show that the transition time between the two time windows, as well as the weight trajectories are characteristic for each individual. The model captured the weight dynamics of animals at different degrees of perturbation, with an average coefficient of determination of 0.99, and a concordance correlation coefficient of 0.99. The utility of the model is that it provides biological parameters that inform on the amplitude and length of perturbation, and the rate of animal recovery. Our rationale is that the dynamics of weight inform on the capability of the animal to cope with the weaning disturbance. Indeed, there were significant correlations between model parameters and individual diarrhoea scores and haematological traits. Overall, the parameters of our model can be useful for constructing weaning robustness indexes by using exclusively the growth curves. We foresee that this modelling approach will provide a step forward in the quantitative characterization of robustness.

https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2018/09/27/428920.full-text.pdf

2018

Guide de bonnes pratiques de biosécurité pour le transport

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Isabelle Corrégé, Porc Mag (FRA), 2018, n° 534, septembre, p. 63

La première version du guide de bonnes pratiques de biosécurité pour le transport des porcs est maintenant disponible.

2018

Développement de nouveaux outils haut débit pour l’évaluation précoce de la qualité de la viande de porc

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Visuels d'intervention présentés par Antoine Vautier, à la 7ème journée de restitution des programmes de R&D financés par le Casdar "Innovation et partenariat" et "Recherche finalisée et innovation", le 17 janvier 2018, Paris

PDF icon visuels de Antoine Vautier, journée CASDAR du 17 janvier 2018, Paris
2018

Filière porcine ukrainienne : Illusions perdues

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Baromètre Porc (FRA), 2018, n° 489, synthèse du mois, septembre, p. 8, par Boris Duflot

Avec son potentiel de productions végétales, ses faibles coûts de main d’oeuvre et une tradition de consommation de porc, l’Ukraine pouvait devenir un acteur majeur du commerce international. Mais la propagation de la peste porcine africaine empêche quasiment toute exportation, tandis que le marché intérieur s’est réduit depuis la crise politique et économique de 2014.

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2018

Bien-être animal en élevage : un challenge croissant ; de nouveaux leviers d’action. Labels « bien-être animal », des obligations de moyens aux indicateurs de résultat : exemples anglais et allemand

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Visuels d'intervention présentés par Christine Roguet, à Space 2018 (Les Matinales de l'Ifip), le 11-14 septembre 2018, Rennes

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2018

Bien-être : placer l’éleveur au cœur du dispositif

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Visuels d'intervention présentés par Valérie Courboulay, à Space 2018 (Les Matinales de l'Ifip), le 11-14 septembre 2018, Rennes

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2018

Porsim, outil web d’aide à la décision technique, économique et financière pour l’éleveur de porc

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Visuels d'intervention présentés par Alexia Aubry, à Space 2018 (Matinales de l'Ifip), le 11-14 septembre 2018, Rennes

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2018

La Pologne sur un fil, entre potentiels et menaces ?

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Visuels d'intervention présentés par Elisa Husson et Boris Duflot, à Space 2018 (Les Matinales de l'Ifip), le 11-14 septembre 2018, Rennes

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2018

Dispositif de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française

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Le présent dossier décrit chaque pièce du dispositif français de maîtrise du danger Salmonella et la cohérence de son fonctionnement. Il présente les résultats de prévalence des salmonelles recueillis depuis 20 ans afin d’illustrer son efficacité et démontrer les garanties qu’il offre au consommateur et aux clients étrangers.
Ce dossier à la fois technique et communicant a vocation à aider les professionnels à démonter l’efficacité de l’ensemble de leurs actions auprès des parties prenantes et des clients export.

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2018

Global sensitivity analysis of a pig fattening unit model simulating technico-economic performance and environmental impacts

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Alice Cadéro et al., Agricultural Systems, volume 165, septembre, p. 221-229

Livestock farming system (LFS) models are used to produce key technical or economic outputs. Current models simulate multicriteria performance of LFS, i.e. technical, economic and environmental outputs. Therefore, conducting sensitivity analysis (SA) of these models is increasingly challenging. We developed a pig fattening unit model which is a stochastic, discrete-event mechanistic model with a one-day time step. An individual-based model is used to represent the pigs. Our objective was to perform a global SA of this model while accounting for effects of parameters on all outputs. Due to the model's long computational time, we first performed screening SA using the Morris method to identify and exclude non-influential parameters, and then performed variance-based SA of the influential parameters using metamodels. The most influential parameters were mainly pig characteristics and the disinfection period. This study provides a generic SA sequence adapted for models with a high computational cost and multiple outputs.

2018

An online phenotype database: first step towards breeding programs in local pig breeds

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Marie-José Mercat et al., 69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, le 27-31 août 2018, visuels d'intervention

In order to further allow implementation of breeding programs in local pig breeds, with selection objectives defined for each local breed, we aimed at developing a standardised recording of carcass and meat quality traits. These data have to be connected with herdbooks to estimate genetic parameters of the traits (heritabilities and genetic correlations) which are necessary to define breeding objectives. Today the situation is very different from one local breed to another. No or very few phenotypes are recorded in some of them, while breeding programs already exist for a few breeds. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed in the frame of the TREASURE project. First, the required variables have been collected for six local breeds: Basque (FR), Bísaro (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopoljski (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total 74 variables have been identified dealing with animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers used in the different countries: animal IDs, breed, farm… codifications. Major attention has been paid to the description of measurement methods of traits. Thus, each carcass and meat quality phenotype is associated to a method description representing 35 additional variables. The website can be easily translated into several languages. The website and database are currently on test until the end of the TREASURE project. All the breeds studied in TREASURE are free to use these tools. The database can be duplicated so that each partner can host its own data. Funded by European Union H2020 RIA program (grant agreement no. 634476).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 69th EAAP, Dubrovnik, Croatie, le 27-31 août 2018
2018

Evaluation of micropollutants and chemical residues in organic and conventional pig meat

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G Dervilly-Pinel (ONIRIS) et al., 69h Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, 27-31 août 2018

Even if there is no clear evidence that organic food products are healthier than conventional ones, the presumed absence of chemical contaminants is reported as main driver for organic consumers.. To provide occurrence data in a context of chronic exposure, samples of liver and meat (psoas major muscle) were collected in 2014 in six French slaughterhouses representing 70 pig farms, including 30 organic, 12 Label Rouge and 28 conventional. Each sample corresponded to a pool of tissues of three carcasses. Environmental contaminants (17 polychlorinated dibenzodioxins/ dibenzofurans (Dioxins), 18 polychlorinated biphenyls (PCBs), 3 hexabromocyclododecane (HBCD) isomers, 6 mycotoxins, 6 trace metal elements) and residues from production inputs (75 antimicrobials and 121 pesticides) were investigated using the most sensitive methods. Contamination levels were measured below regulatory limits in all the samples. However, some differences were observed between types of farming. Dioxins, PCBs and HBCD concentrations were thus observed as significantly higher in organic meat samples. Cu, Zn and As were measured at slightly higher levels in organic meat without differences between organic and Label Rouge. Liver samples from conventional and Label Rouge farms exhibited higher contents in Zn and Cd than the organic ones. Ochratoxin A was the only mycotoxin quantified in 25 samples (36%) and detected in another 22 samples (31%) of the livers analysed, without significant differences between farming systems. A correlation could be observed between mycotoxins concentrations in meat and liver. All meat samples exhibited pesticides levels below the detection limits, whereas only 3 conventional or organic samples (overall: 3.5%) displayed residual concentrations of authorized veterinary antimicrobials, but with concentrations far below the regulatory limits.

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2018

Treasure : Diversité des races locales de porcs et des systèmes de production pour des produits traditionnels de qualité élevée et des filières porcines durables

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Bénédicte Lebret (INRA), Marie José Mercat et Herveline Lenoir (IFIP),Salon International de l'Agriculture (SIA) 2018, 24 février-4 mars 2018, Paris, poster 

 

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2018

ECOALIM : améliorer les bilans environnementaux des élevages en optimisant leurs ressources alimentaires

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Visuels d'intervention de Sandrine Espagnol, Journée "CASDAR" du 17 janvier 2018

PDF icon Visuels d'intervention de Sandrine Espagnol, Journée "CASDAR" du 17 janvier 2018
2018

Population Genetic Structure of Listeria monocytogenes Strains Isolated From the Pig and Pork Production Chain in France

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Benjamin Félix (Anses) et al., Frontiers in Microbiology, 2018, n° 9, 6 avril, 11 pages

Listeria monocytogenes is an ubiquitous pathogenic bacterium, transmissible to humans through the consumption of contaminated food. The pork production sector has been hit hard by a series of L. monocytogenes-related food poisoning outbreaks in France. An overview of the diversity of strains circulating at all levels of the pork production chain, from pig farming (PF) to finished food products (FFP), is needed to identify the contamination routes and improve food safety. Until now, no typing data has been available on strains isolated across the entire pig and pork production chain. Here, we analyzed the population genetic structure of 687 L. monocytogenes strains isolated over the last 20 years in virtually all the French départements from three compartments of this production sector: PF, the food processing environment (FPE), and FFP. The genetic structure was described based on Multilocus sequence typing (MLST) clonal complexes (CCs). The CCs were obtained by mapping the PFGE profiles of the strains. The distribution of CCs was compared firstly between the three compartments and then with CCs obtained from 1106 strains isolated from other food production sectors in France. The predominant CCs of pig and pork strains were not equally distributed among the three compartments: the CC37, CC59, and CC77 strains, rarely found in FPE and FFP, were prevalent in PF. The two most prevalent CCs in the FPE and FFP compartments, CC9 and CC121, were rarely or never detected in PF. No CC was exclusively associated with the pork sector. Three CCs (CC5, CC6, and CC2) were considered ubiquitous, because they were observed in comparable proportions in all food production sectors. The two most prevalent CCs in all sectors were CC9 and CC121, but their distribution was disparate. CC9 was associated with meat products and food products combining several food categories, whereas CC121 was not associated with any given sector. Based on these results, CC121 is likely able to colonize a larger diversity of food products than CC9. Both CCs being associated with the food production suggests, that certain processing steps, such as slaughtering or stabilization treatments, favor their settlement and the recontamination of the food produced. 

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.00684/pdf

2018

Qualité de la viande de porc

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Jacques Mourot (INRA) et al., In: Valérie Berthelot, dir., Valérie Berthelot, Alimentation des animaux et qualité de leurs produits (p. 172-190). Paris, Lavoisier Tec & Doc. 442 pages

Les produits animaux occupent une place importante dans notre régime alimentaire en apportant des nutriments indispensables à notre équilibre physiologique. Au-delà de cette qualité nutritionnelle, ils doivent aussi répondre à des objectifs de qualité sanitaire, sensorielle et de service ainsi qu’aux attentes des consommateurs. L’objectif de cet ouvrage est de faire la synthèse des connaissances scientifiques sur les relations entre ces différentes qualités et l’alimentation des animaux. La formulation des régimes alimentaires a évolué pour assurer une qualité optimale des produits issus des élevages tout en satisfaisant au mieux les besoins des animaux. Après un chapitre introductif sur la notion de qualité et son sens actuel, Alimentation des animaux et qualité de leurs produits aborde en 13 chapitres les thématiques suivantes :

• Alimentation animale, formulation des régimes et réglementation

• Déterminants alimentaires et non alimentaires en élevage de la qualité des produits

• Qualité des produits animaux et attente des consommateurs : intégration du volet alimentation et mise en œuvre par les acteurs des filières

2018

Développement de nouveaux outils haut débit pour l’évaluation précoce de la qualité de la viande de porc (QualiPorc)

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Sandrine Schwob et al., Innovations Agronomiques (FRA), 2018, volume 63, janvier, p. 407-419

Les perspectives en matière d'amélioration génétique de la qualité de viande (QV) reposent sur la mise au point de nouveaux outils haut débit, de prédiction précoce, peu coûteux et non invasifs. Pour cela, de nouvelles méthodes de mesure de QV, s’appuyant sur des technologies émergentes, ont été développées et testées en routine. L’imagerie par résonance magnétique (IRM) permet de quantifier les teneurs en lipides intramusculaires (LIM) et caractériser le persillage dans le muscle Longissimus. La méthode d’analyse d’images a été automatisée pour améliorer les cadences de mesures (400 échantillons scannés par jour) et assurer la traçabilité des données. L’évolution du taux de LIM le long du muscle Longissimus analysée par IRM montre que l’échantillon prélevé au niveau de la 13ème côte est représentatif du taux de LIM moyen de la longe (R²=0.88). La spectroscopie visible et proche infrarouge (NIRS) permet, quant à elle, de prédire les rendements technologiques et les défauts de tranchage. Enfin, les données d’expression génique quantifiées dans le muscle Longissimus ont été exploitées afin d’identifier des biomarqueurs discriminant 3 classes de qualité technologique et sensorielle: à défaut, correct ou extra. Le meilleur modèle pour prédire l’appartenance d’un échantillon à une classe de qualité inclut 12 gènes.

https://www6.inra.fr/ciag/content/download/6350/46562/file/Vol63-27-Schwob.pdf

https://www.youtube.com/watch?v=dL7LSo2f_oU

ENG

Development of high throughput methods to predict pork quality at industrial scale

This project aimed at providing new early and non-invasive predictors of pork quality usable in slaughter houses, to orientate use of carcasses and cuts and optimize their economic value. For this purpose, the project included development, testing and validation of various methods under industrial conditions. Magnetic Resonance Imaging (MRI) technology was used to estimate the Longissimus muscle intramuscular fat (IMF) content and marbling. Image analysis method was automated to improve measurement rate (400 samples scanned per day) and ensure data traceability. MRI was also used to study the representativeness of IMF content determined at the 13th rib to assess average IMF of the whole Longissimus muscle. Results showed high repeatability and good predictive ability of Longissimus average IMF content with determination at the 13th rib level (R²=0.88). Near Infrared Spectroscopy (NIRS) was used to estimate cooking and slicing yields and structural defects. NIRS technology could predict slicing losses caused by paste-like and cohesion defects on processed loin slices. Finally, gene expressions quantified on Longissimus muscle were used to discriminate 3 pork quality classes: low, acceptable and extra technological and sensory quality levels. The best model to predict meat quality level of pork loins included expression levels of 12 genes.

https://www6.inra.fr/ciag/content/download/6350/46562/file/Vol63-27-Schwob.pdf

https://www.youtube.com/watch?v=dL7LSo2f_oU

2018

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