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Bilan d'activité de l'IFIP-Institut du porc en 2019

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Au Sommaire :

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2020
mémento de l'éleveur de porc par l'Ifip Institut du porc

Mémento de l'éleveur de porc (étudiants, enseignants, libraires)

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65,00 €
2020
couverture des 52e JRP

Journées de la Recherche Porcine 2020

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Le recueil des JRP permet la diffusion rapide des résultats de la recherche francophone sous forme d’articles de 6 pages ou 2 pages, comprenant tous un résumé en anglais.

Fichier en format PDF à télécharger.

107,00 €
2020

Genetic determinism of boar taint and relationship with growth traits, meat quality and lesions

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C. Dugué (Inrae) et al., Animal, 2020, février, 9 pages

Breeding entire males is an alternative to surgical castration to improve their welfare. However, entire males may have a major quality defect called boar taint. Boar taint is partly due to the presence of androstenone in fat. In this study, we estimated the genetic parameters between androstenone and production traits to evaluate the consequences of selection against boar taint for traits of interest. We focused on growth traits, meat quality, lesions, hormone levels and computerised tomography measurements in purebred Piétrain (P) or Piétrain cross Large White (X) entire males. The number of measured animals varied from 670 P and 734 X for hormones concentrations to 553 P and 645 X for computerised tomography measurements. Skin lesions were measured on live pigs shortly after mixing, at the end of the fattening period, and on carcasses. Heritabilities of traits measured by tomography ranged from low to high: femur density (P: 0.34, X: 0.69), loin eye area (P: 0.53, X: 0.88) and loin eye density (P: 0.12, X: 0.18). The mean number of lesions at each stage was lower in purebred pigs than in crossbreds (entering the fattening stage 4.01 in P and 4.68 in X; before slaughter 3.72 in P and 4.22 in X; on carcass 4.50 in P and 4.96 in X). We also observed a decrease in the average number of lesions between the two stages in live pigs. We found high genetic correlations between stages in purebred pigs (0.74 to 0.76) but low correlations (−0.30 to 0.29) in crossbred pigs. Selection aiming to decrease fat androstenone is feasible ( h2 = 0.57 in P and h2 = 0.71 in X). It would have overall positive effects on meat production and quality traits. Selection aiming to reduce plasma oestradiol would strongly reduce the level of fat androstenone (rg = 0.89 in P and rg = 0.84 in X). Selection against oestradiol is easier and less invasive since it would only require a blood sample rather than a fat biopsy in live animals.

https://www.cambridge.org/core/services/aop-cambridge-core/content/view/8B114317EA6ABC332DE746DF180ED846/S1751731120000105a.pdf/genetic_determinism_of_boar_taint_and_relationship_with_growth_traits_meat_quality_and_lesions.pdf

2020

Crise sanitaire de FPA en Chine : porc et protéines : équilibres de marchés bouleversés

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Jan-Peter Van Ferneij, Porc Mag (FRA), 2020, n° 549, février, p. 44-45

Fin 2019, Abcis* a conduit avec d'autres experts du marché chinois, une étude sur l'iimpact de l'épidémie de fièvre porcine africaine, qui sévit en Chine et en Asie du Sud-Ouest, sur des marchés mondiaux des protéines. Cette analyse de la filière porcine chinoise propose des scénarios d'évolution de la filière chinoise et des marchés internationaux du porc et des protéines.

 

*Abcis est une société de services créee par l'Ifip, l'Idele et l'Itavi.

2020

Utilisation d’une puce très basse densité (1 100 SNP) pour la sélection génomique chez 3 races porcines françaises

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Céline  Carillier-Jacquin (Inrae) et al., 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, p. 45-46, poster

Poster.

Le coût actuel des puces SNP constitue une limite au développement de la sélection génomique dans les populations porcines (Badke et al., 2014; Wellmann et al., 2013). Afin de réduire les coûts de génotypage, une puce SNP basse densité (LD), conçue en 2016, est utilisée en routine. Ce panel LD d'environ 1100 SNP a été optimisé pour maximiser la précision d'imputation dans la population de porcs Landrace français. Dans la présente étude, nous avons proposé d’étudier l’impact de l’utilisation de ce panel pour deux autres grandes races de porc françaises, le Large White et le Piétrain. 

ENG

Poster.

Design of a very low density chip (1 100 SNP) for genomic selection in 3 French pig breeds 

To reduce genotyping costs for genomic selection, a Low-Density SNP (LD) chip, designed in 2016, is now used routinely. This panel is composed of approximately 1 100 equidistant SNPs. The relevance of this chip has been studied in French populations of the Landrace, Large White and Pietrain pig breeds. The quality of imputation was estimated by the correlation between actual and imputed genotypes and error rates. The impact of imputation on the genomic evaluations was estimated by the correlation between the genomic values obtained for the candidates with imputed genotypes, and those obtained with the high-density genotypes. Average error rates of imputation estimated on all the chromosomes were 0.03, 0.11 and 0.14 for Landrace, Large White and Pietrain, respectively. The estimated correlations between actual and imputed genotypes were relatively high at 0.93, 0.92 and 0.88 for Landrace, Large White and Pietrain populations, respectively. Correlations between genomic breeding values predicted with highdensity genomic data or imputed genomic data from the LD SNP panel ranged from 0.89-0.97 for Large White and Landrace populations for reproductive traits. They were higher than those obtained for the Pietrain population (0.80 and 0.97 for production traits, respectively). In conclusion, despite the limited number of SNPs on the low-density panel used in this study, the imputation accuracy is sufficient to use the imputed genotypes in the genomic evaluations. In practice, genotyping candidates with a LD chip is a solution for selecting future breeding pigs at lower cost.

2020

Importance du phénotypage pour maintenir la précision des prédictions génomiques des caractères mesurés en station

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Céline Carillier-Jacquin (Inrae) et al., 52e Journée de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, Paris, p. 43-44, poster

Poster.

L’évaluation génomique dans les lignées porcines maternelles françaises a été mise en place en 2016 et a permis d’augmenter le progrès génétique, notamment pour les caractères de reproduction. Cependant, des problèmes calculatoires sont apparus pour l’évaluation génomique de certains caractères de production mesurés en station, dont la capacité de phénotypage est limitée. Cela concerne particulièrement les candidats génotypés des élevages de sélection qui ne disposent pas de phénotypes en station et peu d’apparentés phénotypés. La structure de données pour ce type de caractère (i.e. porcs génotypés (candidats) non phénotypés et porcs phénotypés (animaux station) non génotypés) pourrait être responsable des problèmes de convergence observés pour la prédiction des valeurs génomiques. Dans cette étude, nous avons simulé, à partir de phénotypes réels mesurés sur l’ensemble des candidats à la sélection, différents scénarios pour mimer la situation de phénotypage partiel rencontrée dans le cas des caractères mesurés en station et évaluer l’impact d’une augmentation du nombre de porcs phénotypés sur la précision des valeurs génomiques obtenues.

ENG

Poster.

Importance of phenotyping to maintain the accuracy of genomic predictions of traits measured in a test station

Genomic evaluation of French maternal lines, set up in 2016, has helped increase genetic progress, especially for reproductive traits. However, computational problems have emerged for genomic evaluation of certain production traits for which phenotyping capacity is limited. This particularly concerns genotyped candidates on breeding farms that have no phenotypes and only a few phenotyped relatives. This data structure seems to pose convergence problems for predicting genomic breeding values. To check this hypothesis, we simulated such a situation, based on a set of actual phenotype data measured for all farm candidates and genotypes. The simulation consisted of deleting phenotypes of the animals measured on-farm in order to reproduce the data structure encountered for the traitsrecorded at the FGPorc/INRAE test station in Le Rheu. Phenotypes were then progressively added in different scenarios to identify whether prediction accuracy improved and to estimate the number of phenotypes required. The simulations showed that the unbalanced structure between genotypes and phenotypes was responsible for the computational problems that led to low accuracy of genomic predictions. Phenotyping 12% of all pigs phenotyped at 100 kg each year made it possible to solve the computational problems observed and to recover 61% of the maximum expected accuracy. In conclusion, these results highlight the importance of collecting large-scale phenotypes in the context of genomic selection schemes. Further studies will be conducted to study the impact of genotyping animals measured at the station.

2020

La filière porcine en Ukraine : un grand potentiel mais des obstacles substantiels

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Boris Duflot et al., 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, Paris, p. 221-226

2020

Caractérisation génomique des races locales porcines et de leurs semences stockées en Cryobanque Nationale

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Marie-José Mercat et al., 52e Journée de la Recherche Porcine, 4 et 5 février 2020, Paris, p. 1-6

Des semences de races locales porcines sont conservées dans la Cryobanque Nationale (CBN) sous forme de pellets (59 verrats) ou de paillettes (78 verrats). Elles ont vocation à servir aux programmes de conservation. Une caractérisation génomique des collections de la CBN d’une part et d’animaux récents (240 animaux) d’autre part est réalisée par génotypage (puce 70K). Les races Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest et Nustrale sont ainsi étudiées sur trois périodes : années de naissance moyennes 1986 (pellets), 1998 (paillettes) et 2014 (animaux récents). L’analyse multidimensionnelle des données de génotypage montre un regroupement des animaux par race. Quelques erreurs de traçabilité des semences les plus anciennes (pellets) sont décelées. L’apparentement génomique moyen entre les animaux d’une même race est le plus faible en race Nustrale et le plus élevé en race Basque. Dans les échantillonnages d’animaux récents, l’absence de certains allèles trouvés dans l’ADN des semences plus anciennes souligne l’intérêt de la CBN. L’évolution dans le temps du statut halothane des races locales diffère en fonction des pratiques régulières ou non de génotypage. Enfin, la consanguinité génomique (FROH) des animaux, définie comme la proportion de génome dans des segments chromosomiques homozygotes, est estimée. La race Bayeux, considérée comme la plus consanguine sur la base des pedigrees, se positionne dans une situation plus favorable que les races Basque et Cul Noir Limousin au niveau génomique. Des valeurs de FROH supérieures à 0,22 semblent associées à des échecs de reproduction plus fréquents avec les semences de la CBN. Grâce à cette caractérisation, le choix des semences de la CBN à utiliser peut désormais reposer sur de nouveaux critères génomiques.

ENG

Genomic characterisation of local pig breeds and of their semen stocked in the national gene bank

Local pig breed semen is maintained in a National Gene Bank (NGB) in pellets (59 boars) or straws (78 boars) to be used in preservation programs. A genomic characterisation both of the NGB collections and of recent animals (240 animals) has been performed through genotyping (70K chip). The Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest and Nustrale breeds were thus studied for three average birth periods: 1986 (pellets), 1998 (straws) and 2014 (recent animals). Multidimensional analysis of genotyping data shows a clustering of animals by breed. Some traceability errors were detected with the oldest semen (pellets). Average genomic relatedness between animals of the same breed was the lowest in the Nustrale and highest in the Basque breed. Some of the alleles found on NGB semen DNA were no longer present in the recent animal samples, stressing the value of the NGB. Over time evolution of the halothane status of the breeds differs according to the regular genotyping practise. Lastly, genomic inbreeding (FROH), defined as the proportion of the genome in homozygote chromosomal segments, was estimated. The Bayeux breed, which is viewed as the most inbred based on pedigrees, is in a more favourable position than the Basque and the Cul Noir Limousin breeds at the genomic level. FROH values greater than 0.22 seemed to be associated with more frequent reproductive failure when using NGB semen. Because of this characterisation, the use of NGB semen can now rely on new genomic criteria.

2020

Quelles nouvelles mesures pour améliorer la sélection de l’efficacité alimentaire des porcs ?

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Hélène Gilbert (Inrae) et al., 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, Paris, p. 25-30

Les mesures de l’ingéré sont les clés d’une sélection précise de l’efficacité alimentaire. Elles sont cependant coûteuses. De plus, ces performances dépendent de nombreuses composantes, telles que le niveau de production, l’activité et le comportement des animaux, leur aptitude à répondre à des stress, et leur capacité à digérer l’aliment. L’importance relative de ces composantes dépend du système de production, en particulier de la séquence alimentaire et des conditions de logement des animaux. Cette communication propose de résumer les résultats obtenus dans le projet Feed-a-Gene sur l’évaluation de nouvelles mesures pour la sélection de l’efficacité alimentaire, en se concentrant sur les mesures les moins coûteuses qui peuvent contribuer à une plus grande durabilité de la production. Des mesures liées à l’activité des porcs, dont le comportement alimentaire, des indicateurs de bien-être (comptage des lésions et qualification des interactions entre animaux) et de stress, et des mesures d’efficacité digestive ont été évaluées. L’impact de l’effet génétique des autres individus de la loge (effets génétiques indirects) sur les performances individuelles a aussi été testé comme levier pour obtenir des valeurs génétiques plus précises. Les mesures les plus prometteuses (comportement alimentaire, interactions entre porcs, efficacité digestive, effets génétiques indirects) avaient des héritabilités comprises entre 0,18 et 0,70. Les gains de progrès génétique possibles par l’utilisation de telles mesures dans les schémas de sélection ont été évalués analytiquement pour identifier les meilleurs enregistrements à déployer en ferme.

ENG

Can new measures improve selection for feed efficiency in pigs?

Measuring feed intake is a key for accurate selection of feed efficiency. However, recording feed efficiency is expensive and depends on multiple components, including production level, activity, behaviour, responses to stress and digestion. The relative importance of these components is partly driven by the production system, especially diet and housing. This paper summarizes results obtained in the Feed-a-Gene project for new measures for feed efficiency in pigs, with a focus on how they can be used for sustainable breeding schemes. Measures related to pig activity (including feeding behaviour), measures to quantify welfare (injuries and interindividual interactions) and stress level, and measures of individual digestibility were evaluated. The genetic impact of other animals in the pen (indirect genetic effects, IGE) on individual performance was also considered as a potential approach to better estimate individual breeding values. Some of the most promising measures (feeding activity, pig interactions, digestibility, IGE) had moderate to high heritabilities (from 0.18-0.70). Gains in genetic progress achievable when including these measures in breeding schemes were evaluated analytically to identify the best procedures to implement on-farm.

2020

Utilisation d’une puce basse densité pour la sélection génomique chez 3 races porcines françaises

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Céline Carillier-Jacquin (Inrae) et al., 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, poster

Poster.

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2020

Importance du phénotypage pour maintenir la précision des prédictions génomiques des caractères mesurés en station

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Céline Carillier-Jacquin (Inrae) et al., 52es Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, poster

Poster.

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2020

Développement pubertaire des mâles entiers et risque d’odeur de verrat

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Claire Dugué (Inrae) et al., 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, Paris, p. 31-36

La castration des porcelets mâles a pour but de diminuer les risques de comportement agressif et d’éviter des défauts de qualité de viande. En effet, chez certains mâles entiers, l’androsténone (molécule produite dans les testicules) et le scatol (produit par les bactéries du tube digestif) s’accumulent dans le gras et donnent une odeur désagréable à la viande. Dans une perspective d’élevage de mâles entiers, une sélection contre l’accumulation d’androsténone dans le gras est envisagée, mais les éventuels effets négatifs sur la reproduction restent à analyser. L’objectif de l’étude est d’évaluer les relations entre l’accumulation d’androsténone dans le gras dorsal, la mise en place de la puberté chez les jeunes verrats, le comportement sexuel et les caractéristiques de la semence chez les verrats matures. Un phénotypage fin a été réalisé sur 114 verrats dans l’unité expérimentale INRA GenESI. Chaque verrat totalise jusqu’à 455 observations comprenant des mesures de production spermatique, des dosages d’androsténone et de scatol dans le gras dorsal et d’hormones plasmatiques (testostérone et œstradiol) à 180 jours et à 280 jours d’âge, des observations du comportement (débourrage, maintien de l’aptitude au prélèvement de semence et test de confiance vis-à-vis de l’homme) et des caractéristiques de semence. Des analyses multivariées ont été effectuées pour estimer les relations entre ces mesures. Les résultats suggèrent que l’œstradiol plasmatique peut servir de prédicteur de l’androsténone et qu’il n’y a pas de lien entre l’androsténone, les caractéristiques de la semence et le comportement sexuel des verrats.

ENG

Puberty development of entire males and risk of boar taint

Male piglets are castrated to reduce the risk of aggressive behavior and improve meat quality. In some entire males, androstenone (from testes) and skatole (produced by the gut bacteria) accumulate in fat and give an unpleasant smell to the meat. Genetic selection against androstenone accumulation in back fat in entire males has been considered to overcome boar taint in carcasses, but possible side effects on reproductive traits have to be investigated. The objective of the study was to evaluate the relationship between androstenone accumulation in back fat, beginning of puberty, sexual behavior and semen characteristics in mature boars. To meet this objective, fine phenotyping of 114 boars was performed at the INRA GenESI experimental station. Each boar represented up to 455 observations, tests or samples, including concentrations of androstenone and skatole in back fat, concentrations of hormones in blood at 180 and 280 days of age, behavioral observations (breaking, maintaining libido and test of confidence in humans) and semen characteristics. Multivariate analysis was performed to estimate the relationships between variables. Results suggest that plasma œstradiol may predict androstenone and that there was no relationship between androstenone, semen characteristics, and boar libido.

2020

Impact de l’information génomique sur les choix de reproducteurs préconisés par la méthode des contributions optimales appliquée à une population Landrace

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Eva Reucheron (Ifip / Ecole Supérieure d'Agricultures,d'Angers), 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, p. 47-48, poster

Poster.

La méthode de sélection selon les contributions génétiques optimales (OCS) développée par Meuwissen (1997) fait consensus dans la communauté scientifique pour préserver au mieux la diversité génétique dans les populations sélectionnées tout en maximisant le progrès génétique réalisé. Cette méthode, basée sur un algorithme d’optimisation, recommande un nombre d’accouplements à réaliser pour chaque reproducteur qui maximise le progrès génétique attendu dans la descendance en respectant une contrainte d’augmentation de la consanguinité. Aujourd’hui, tous les reproducteurs utilisés dans le schéma de sélection Landrace sont génotypés. Cette nouvelle information pourrait permettre d’affiner les choix de reproducteurs avec l’OCS et favoriser l’utilisation des individus contribuant le plus à la diversité génétique. Cette étude propose ainsi d’évaluer les conséquences d’intégrer l’information génomique pour estimer les contributions génétiques optimales (OCSGeno) des reproducteurs de la population Landrace de l’entreprise de sélection Nucléus par rapport à un scénario de référence dans lequel le pedigree est utilisé (OCSPed).

ENG

Poster.

Impact of genomic information on choices of breeding animals when applying optimal contribution selection to a Landrace population

Optimal contribution selection (OCS) is a method that estimates the optimal number of matings for each breeding animal to maximize genetic gain while limiting the increase in inbreeding to a given level. The objective of this study was to assess the effect of including genomic data in the OCS method on usage recommendationsfor breeding animals in a Landrace population. The OCS method was applied considering 975 top breeding females and 102 breeding boars using at first only pedigree data to evaluate kinship among all breeding animals, and then genomic data. In both cases, the breeding values used in the optimization were those from routine genomic evaluations. The same limit in the increase in inbreeding was considered (0.1%/5 months). Including genomic data in the OCS changed the list of boars to be used only marginally: 38 in the pedigree OCS vs. 37 in the genomic OCS. The number of recommended matings was identical for 31 of the boars, which represented 83% of the matings. Three boars were used only in the genomic OCS, while 4 boars were used only in the pedigree OCS. Finally, only three boars had different contributions when genomic data were integrated in OCS. Both OCS scenarios led to the same expected genetic level of progeny. To conclude, the impact of including genomic data in the OCS is negligible in this Landrace population given the set of constraints considered. Further research is needed to assess if genomic OCS would be more relevant if higher levels of constraint are placed on preserving genetic diversity.

2020

Impact de l’information génomique sur les choix de reproducteurs préconisés par la méthode des contributions optimales appliquée à une population Landrace

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Eva Reucheron (Ifip / Ecole Supérieure d'Agricultures,d'Angers), 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, poster

Poster.

La préservation de la diversité génétique des populations en sélection est indispensable pour maintenir le progrès génétique sur le long terme. La méthode de sélection selon les contributions optimales (ou OCS) fait référence pour maximiser le progrès génétique tout en limitant l’augmentation de la consanguinité. La disponibilité de données génomiques pour l’ensemble des reproducteurs en sélection pourrait être valorisée dans la méthode OCS pour affi ner les choix de reproducteurs et leur utilisation en sélection. 

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2020

L'efficacité digestive est-elle un caractère intéressant pour améliorer l'efficacité alimentaire chez le porc ?

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Vanille Déru (Inrae) et al., 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 2020, 4 et 5 février, Paris, p. 13-18

L’utilisation de régimes avec des teneurs accrues en fibres provenant d’aliments alternatifs, moins digestibles pour les porcs, est une solution utilisée pour limiter l’impact du coût de l’aliment en production porcine. L’étude a pour objectif de déterminer l’impact d’une teneur accrue en fibres (F) dans l’aliment sur la digestibilité chez le porc en croissance et d’estimer les paramètres génétiques de celle-ci. Un total de 654 porcs Large White a été nourri avec un régime conventionnel (CO) et 588 de leurs pleins-frères avec un régime F. Pour chaque porc, les coefficients d’utilisation digestive (CUD) de l’énergie, de la matière organique et de l’azote ont été prédits à partir d’échantillons de fèces analysés par spectrométrie dans le proche infrarouge. La consommation moyenne journalière (CMJ) et résiduelle (CMJR), le gain moyen quotidien (GMQ), l’indice de consommation (IC), le taux de muscle des pièces (TMP), le rendement en carcasse (RDT) et des caractères de qualité de la viande (CQV) ont été enregistrés sur chaque animal. Les trois CUD étaient significativement plus faibles pour les porcs nourris avec le régime F que les porcs nourris avec le régime CO (-6 à -7 %). Les trois CUD étaient modérément à fortement héritables (de 0,38±0,12 à 0,40±0,12 et de 0,54±0,15 à 0,56±0,15, respectivement, dans les régimes CO et F). Les trois CUD étaient favorablement corrélés à l’IC, la CMJ et la CMJR, mais défavorablement corrélés avec le GMQ et les CQV. Pour conclure, la digestibilité serait un caractère intéressant à ajouter dans les schémas de sélection afin d’affiner les décisions de sélection concernant l’efficacité alimentaire. Cependant, les corrélations génétiques défavorables avec le GMQ et les CQV notamment devront être prises en compte.

ENG

Is digestive efficiency a useful trait for improving pig feed efficiency?

Feeding diets with increased dietary fibre content from alternative by-products, which are less digestible for pigs, is a solution used to decrease the impact of increased feed costs on pig production. This study aimed to determine the impact of an alternative diet with increased fibre content (F) on pig digestibility and to estimate genetic parameters of digestibility. A total of 654 Large White pigs were fed a conventional diet (CO), and 588 of their full-sibs were fed a F diet. For each pig, digestibility coefficients (DC) of energy, organic matter, and nitrogen were predicted from faeces samples analysed with near infrared spectrometry. Individual daily feed intake (DFI), residual feed intake (RFI), average daily gain (ADG), feed conversion ratio (FCR), lean meat percentage (LMP), carcass yield (CY) and meat quality traits (MQT) were recorded for each pig. The three DC were significantly lower for pigs fed the F diet than pigs fed the CO diet (-6 to -7%). The three DC were moderately to highly heritable (from 0.38±0.12 to 0.40±0.12 and from 0.54±0.15 to 0.56±0.15 for the CO and the F diet, respectively). The three DC were favourably correlated with FCR, DFI and RFI, but unfavourably with ADG and MQT. To conclude, digestibility could be a useful trait to include in breeding schemes to improve selection decisions about feed efficiency. However, it would have to be selected along with ADG and MQT to avoid adverse genetic trends on the latter traits.

2020

Dynamique temporelle de la diversité génétique dans des lignées commerciales de porc

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Simon Boitard (Inrae) et al., 3rd International Seminar of CRB-Anim Infrastructure Domestic Animals, Biobanks and Biodiversity, 26 Novembre 2019 

La détection des locus sous sélection positive dans le génome d'une population est une alternative intéressante aux approches de détection de QTLs. Elle permet d’identifier des zones du génome fonctionnellement importantes sans a priori sur le phénotype concerné. Cette détection se base le plus souvent sur des données génétiques observées chez des individus contemporains et consiste à rechercher des régions du génome présentant une diversité génétique atypique, peu compatible avec une évolution sous neutralité. Cependant, l’analyse rétrospective d’échantillons conservés en cryobanque permet d’accéder plus directement à la dynamique temporelle récente des fréquences alléliques. La détection mais aussi l’annotation des événements de sélection sont ainsi améliorées. Nous présentons ici les résultats d’une analyse rétrospective de ce type dans le cas des lignées commerciales françaises de porcs Large White lignée mâle et Large White lignée femelle, créées en 1995 à partir d’une même population et sélectionnées depuis avec des objectifs différents. Dans le cadre du projet LW_DivSeq financé par CRB Anim, nous avons séquençé le génome de 13 animaux contemporains (nés entre 2012 et 2016) dans chacune de ceslignées et de 10 animaux nés en 1977 issus de la population ancestrale. En comparant les génotypes de ces différents échantillons, nous avons évalué l’érosion de la diversité génétique intervenue dans les deux lignées depuis 1977 et avons identifié 30 régions sous sélection. Plusieurs de ces régions semblent avoir été sélectionnées de manière convergente dans les deux lignées, comme par exemple la région du gène IGF2. D’autres montrent des signatures de sélection spécifiques à une lignée. Dans quelques rares régions, comme par exemple celle du gène SOX5, la sélection semble avoir été divergente avec un haplotype différentsélectionné dans chaque lignée. Une analyse plus détaillée des gènes inclus dans les régions candidates est actuellement en cours ; la comparaison de ces gènes avec les objectifs de sélection poursuivis depuis 1977 devrait permettre d’affiner l’annotation fonctionnelle de ces régions..

ENG

Time trends in genomic variation for commercial pig lines

Detecting the loci under positive selection in a population is a promising alternative to QTL detection approaches, which allows identifying functionally relevant genomic regions without focusing on a pre‐defined phenotype. Such detection is generally based on the observation of genetic data from contemporary individuals and looks for genomic regions whose genetic diversity is not consistent with neutral evolution. However, the retrospective analysis of samples stored in cryobanks provides a more direct access to the recent temporal dynamics of allele frequencies, which improves the detection and the annotation of past selection events. Here we illustrate this approach by considering the case of the French dam and sire Large White breeding lines, which have been created in 1995 from a single ancestral population and have been selected since then using different objectives. Whole genome sequences from 13 contemporary animals of each line (born from 2012 to 2016) and 10 animals from the ancestral population (born in 1977) were produced thanks to a CRBAnim funding (project LW_DivSeq). The comparison of genotypes from these three populations allowed quantifying the decrease of genetic diversity from 1977 to current lines and detecting 30 regions under selection. Several of these regions, including the one around IGF2, showed a signature of convergent selection between lines. Some other were most likely selected only in one line. Finally, a few regions including the one around SOX5 showed evidence of divergent selection with distinct haplotypes selected in the two lines. A more detailed study of the genes included in candidate regions is ongoing; the comparison of these genes with the selection objectives applied in the two Large White lines is expected to improve the functional annotation of these regions.

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2019

Panorama des études Ifip financées par FranceAgriMer pour le Pôle viandes et charcuteries de 2010 à 2018

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Panorama interactif des études Ifip financées par FranceAgriMer pour le Pôle viandes et charcuteries de 2010 à 2018.

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2019

Panorama des études Ifip financées par Inaporc pour le Pôle viandes et charcuteries de 2010 à 2018

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Panorama interactif des études Ifip financées par Inaporc pour le Pôle viandes et charcuteries de 2010 à 2018.

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2019

Représentativité des races locales porcines stockées dans la Cryobanque Nationale

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Marie-José Mercat et al., 3rd International Seminar of CRB-Anim Infrastructure Domestic Animals, Biobanks and Biodiversity, 26 Novembre 2019 

Six races locales porcines françaises sont reconnues par le ministère en charge de l’agriculture : races Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest (PBO) et Nustrale. Dans ces populations issues d’un trèsfaible nombre de fondateurs, lessemencesstockées en Cryobanque Nationale (CBN) peuvent pleinement contribuer au maintien des ressources génétiques in vivo. La race Nustrale est cependant absente de la CBN, faute de centre de collecte en Corse. Dans le cadre du projet Caraloporc, une collection d’ADN a été constituée afin de caractériser le génome de ces six races par génotypage (puce 70K). L’ADN a été extrait des semences de la CBN conservées sous forme de pellets (59 verrats) ou de paillettes (78 verrats) ; en complément, et afin de comparer les échantillons conservés aux populations actuelles, des prélèvements de sang ou de cartilage d’oreille ont été analysés pour 240 animaux. En moyenne, douze ans séparent les verrats avec de la semence congelée en pellets de ceux avec de la semence congelée en paillettes : années de naissance moyennes 1986 et 1998, respectivement. Avec les animaux récents nés en moyenne en 2014, l’étude couvre donc trois périodes de naissance. L’analyse multidimensionnelle des données de génotypage montre un regroupement clair des animaux par race. Les animaux les plus anciens (pellets) se situent parfois en périphérie des nuages de points, ce qui traduit une certaine évolution dans le temps des populations. C’est le cas notamment pour les verrats gascons, mais surtout PBO et Bayeux. Les races locales restent bien différenciables après ajout de données de génotypages d’animaux d’autres populations (Large White, Landrace, Piétrain, Duroc et Meishan). Par ailleurs, les animaux récents de l’étude présentent une perte de polymorphisme pour une proportion de SNP comprise entre 2,7% en Gascon et 8 ,7% en PBO par rapport aux animaux représentés en CBN. Cela traduit une probable perte d’allèles dans les populations sur pied, qui pourrait être corrigée par l’utilisation des semences de la CBN. En outre, la consanguinité génomique (FROH) des animaux, définie comme la proportion de segments chromosomiques homozygotes dans un génome, a été estimée. La race Bayeux, considérée comme la plus consanguine sur la base des pedigrees, se positionne dans une situation plus favorable que les races Basque et Cul Noir Limousin au niveau génomique. Ces résultats soulignent l’originalité de chacune des races locales françaises et la représentativité des collections anciennes stockées en CBN. Ainsi, grâce à cette caractérisation, le choix des semences à utiliser peut désormais reposer sur de nouveaux critères génomiques. Le projet Caraloporc a été financé par CRB‐Anim. Une partie des données de génotypages sont issues d’autres programmes : H2020 TREASURE (GA n°634476) et Délisus (Projet‐ANR‐07‐GANI‐0001). 

ENG

Representativness of local pig breeds in the French cryobanck 

Six French local pig breeds are recognised by the ministry in charge of agriculture: the Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest (PBO) and Nustrale breeds. Semen of the nationale cryobank (NCB) can fully contribute to in vivo genetic resources preservation. However, in the absence of insemination centre in Corsica, the Nustrale breed cannot be in the NCB. As part of the Caraloporc project, a DNA collection was constituted in order to characterise the genome of these six breeds through genotyping (70K chip). DNA was extracted from the NCB semen stored as pellets (59 boars) or straws (78 boars); in addition, in order compare the NCB preserved samples to present populations, blood or ear cartilage of 240 recent animals were also analysed. On average, boars with semen in pellets are born twelve years before those with semen in straws: average birth year 1986 and 1998, respectively. Together with the recent animals born around 2014, the study covers three birth periods. Multidimensional analysis of genotyping data shows a clear clustering of animals by breed. The oldest animals (pellets) are sometimes located in the periphery of the clusters marking some change over time in the populations. This is notably the case of the Gascon but mostly the PBO and Bayeux breeds. Local pig breeds are still separated when genotyping data from other populations are added (Large White, Landrace, Piétrain, Duroc and Meishan). Furthermore, between 2.7% (Gascon) and 8.7% (PBO) of the alleles found on NCB semen DNA were no longer present in the recent animals. This probably means a loss of polymorphism in nowadays populations that could be restored thanks to the NCB semen. In addition, genomic inbreeding (FROH), defined as the proportion of homozygous chromosomal segments in the genome, was estimated. The Bayeux breed, which is viewed as the most inbred based on pedigrees, is in a more favourable position than the Basque and the Cul Noir Limousin breeds at the genomic level. These results highlight the originality of each of the French local pig breeds and the representativeness of the old collections preserved in the NCB. Thus, because of this characterisation, the use of NCB semen can now rely on new genomic criteria. The Caraloporc project was funded by CRB‐Anim. Part of the genotyping data were produced in other programs: H2020 TREASURE (GA n°634476) and Délisus (Projet‐ANR‐07‐GANI‐0001).

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