La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Etude génétique du défaut « jambon déstructuré »

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Les Cahiers de l'IFIP, 2018(2), 9-20 - La revue R&D de la filière porcine française

Le défaut « jambon déstructuré » constitue un handicap majeur dans la technologie de fabrication du jambon cuit. Actuellement, il n’est détectable qu’après désossage du jambon, ce qui complique son élimination. Cette étude a pour objectif de mieux comprendre l’origine génétique du défaut afin de réduire la fréquence d’apparition par la voie génétique. Pour cela, l’étude a été menée sur 1 196 porcs charcutiers, issus de verrats Piétrain purs et de truies croisées Large White x Landrace, représentatifs des porcs commerciaux produits et abattus en France. Les animaux ont été abattus en 10 lots et les conditions de pré-abattage et d’abattage ont été standardisées. La fréquence d’apparition du défaut « jambon déstructuré » est de 14,4 % en moyenne, alors que la qualité technologique globale de la viande est bonne (pHu=5,73). Les résultats confirment l’origine multifactorielle du défaut, avec un effet du sexe (1,5 fois plus de défauts chez les femelles que chez les mâles castrés), du génotype Halothane (3,3 fois plus de défauts chez les animaux Nn que chez les NN) et l’influence simultanée du taux de muscle de la carcasse et surtout du pHu du jambon sur l’apparition du défaut. L’analyse par famille de verrat a mis en évidence une origine polygénique du défaut : 16% de la variabilité du caractère est expliquée par d’autres gènes que celui de sensibilité à l’Halothane. Cette étude fournit des résultats importants pour mettre en place une stratégie de sélection du défaut « jambon déstructuré ».

35,00 €
2018

Les illusions perdues de la filière porcine ukrainienne

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Brice Duflot, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 264, décembre, p. 44-45

Forte de sa compétitivité agricole, l’Ukraine pouvait devenir un acteur majeur en porc. Mais la propagation de la fièvre porcine africaine entrave les exportations, tandis que le marché intérieur s’est réduit depuis la crise de 2014.

PDF icon Brice Duflot, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 264, décembre, p. 44-45
2018

Diversity across major and candidate genes in European local pig breeds

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Maria Munoz et al., 2018, Plos One, 20 novembre, 30 pages

The aim of this work was to analyse the distribution of causal and candidate mutations associated to relevant productive traits in twenty local European pig breeds. Also, the potential of the SNP panel employed for elucidating the genetic structure and relationships among breeds was evaluated. Most relevant genes and mutations associated with pig morphological, productive, meat quality, reproductive and disease resistance traits were prioritized and analyzed in a maximum of 47 blood samples from each of the breeds (Alentejana, Apulo-Calabrese, Basque, Bísara, Majorcan Black, Black Slavonian (Crna slavonska), Casertana, Cinta Senese, Gascon, Iberian, Krškopolje (Krškopoljski), Lithuanian indigenous wattle, Lithuanian White Old Type, Mora Romagnola, Moravka, Nero Siciliano, Sarda, Schwäbisch-Hällisches Schwein (Swabian Hall pig), Swallow-Bellied Mangalitsa and Turopolje). We successfully analyzed allelic variation in 39 polymorphisms, located in 33 candidate genes. Results provide relevant information regarding genetic diversity and segregation of SNPs associated to production and quality traits. Coat color and morphological trait-genes that show low level of segregation, and fixed SNPs may be useful for traceability. On the other hand, we detected SNPs which may be useful for association studies as well as breeding programs. For instance, we observed predominance of alleles that might be unfavorable for disease resistance and boar taint in most breeds and segregation of many alleles involved in meat quality, fatness and growth traits. Overall, these findings provide a detailed catalogue of segregating candidate SNPs in 20 European local pig breeds that may be useful for traceability purposes, for association studies and for breeding schemes. Population genetic analyses based on these candidate genes are able to uncover some clues regarding the hidden genetic substructure of these populations, as the extreme genetic closeness between Iberian and Alentejana breeds and an uneven admixture of the breeds studied. The results are in agreement with available knowledge regarding breed history and management, although largest panels of neutral markers should be employed to get a deeper understanding of the population’s structure and relationships.

2018

Complete genome sequence of Salmonella enterica subsp. enterica Serotype Derby, associated with the pork sector in France

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Yann Sévellec et al., Microbiology Resource Announcements, volume 7, n° 12, septembre, 4 pages

In the European Union, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby is the most abundant serotype isolated from pork. Recent studies have shown that this serotype is polyphyletic. However, one main genomic lineage, characterized by sequence type 40 (ST40), the presence of the Salmonella pathogenicity island 23, and showing resistance to streptomycin, sulphonamides, and tetracycline (STR-SSS-TET), is pork associated. Here, we describe the complete genome sequence of a strain from this lineage isolated in France.

2018

Découvrir la station expérimentale de l’Ifip

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Eric Gault, Porc Mag (FRA), 2018, n° 536, novembre, p. 26

L’Ifip a publié sur sa chaîne You Tube une vidéo pour découvrir la station expérimentale de l’Ifip à Romillé (35).

2018

Les verrats terminaux Piétrain toujours premiers

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Claire Hassenfratz, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 263, novembre, p. 42-43

Les verrats terminaux de variétés piétrain sont plébiscités depuis les années 2000 par les éleveurs producteurs français. 2017 n’échappe pas à la règle.

PDF icon Claire Hassenfratz, Réussir Pprc -Tech Porc (FRA), 2018, n° 263, novembre, p. 42-43
2018

Le porc par les chiffres 2018-2019

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Les chiffres clés les plus récents des filières porcines dans le monde et l’UE (production, consommation, cheptel...) et de la filière porcine en France ; les données utiles pour se repérer tout au long de l’année et à avoir toujours sous la main : un outil indispensable à tous !

  • les échanges (import/export),
  • les élevages de porcs (cheptel/régions, commerce et signes de qualité),
  • les coûts des bâtiments, le secteur de l’aliment pour porc,
  • la sélection (truies, insémination, évolutions génétiques),
  • l’abattage (entreprises, classement des carcasses, paiement au TMP),
  • le secteur de la charcuterie (entreprises et produits),
  • la consommation des viandes et la distribution des produits du porc

sous forme de tableaux, cartes, graphiques. 

Un fichier powerpoint contenant les principaux graphiques complète la brochure ; les visuels présentant chaque maillon de la filière peuvent directement servir à la préparation d’interventions techniques. Il vous sera envoyé sur simple demande : ifip@ifip.asso.fr

Edition IFIP, 38 pages, 16 X 24

25,00 €
2018

An online phenotype database: first step towards breeding programs in local pig breeds

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Marie-José Mercat et al., 69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, le 27-31 août 2018, visuels d'intervention

In order to further allow implementation of breeding programs in local pig breeds, with selection objectives defined for each local breed, we aimed at developing a standardised recording of carcass and meat quality traits. These data have to be connected with herdbooks to estimate genetic parameters of the traits (heritabilities and genetic correlations) which are necessary to define breeding objectives. Today the situation is very different from one local breed to another. No or very few phenotypes are recorded in some of them, while breeding programs already exist for a few breeds. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed in the frame of the TREASURE project. First, the required variables have been collected for six local breeds: Basque (FR), Bísaro (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopoljski (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total 74 variables have been identified dealing with animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers used in the different countries: animal IDs, breed, farm… codifications. Major attention has been paid to the description of measurement methods of traits. Thus, each carcass and meat quality phenotype is associated to a method description representing 35 additional variables. The website can be easily translated into several languages. The website and database are currently on test until the end of the TREASURE project. All the breeds studied in TREASURE are free to use these tools. The database can be duplicated so that each partner can host its own data. Funded by European Union H2020 RIA program (grant agreement no. 634476).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 69th EAAP, Dubrovnik, Croatie, le 27-31 août 2018
2018

La Pologne sur un fil, entre potentiels et menaces ?

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Visuels d'intervention présentés par Elisa Husson et Boris Duflot, aux Matinales au Space IFIP, le 11-14 septembre 2018, Rennes

PDF icon Visuels d'Elisa Husson et Boris Duflot, Matinales au Space IFIP, le 11-14 sept 2018, Rennes
2018

Développement de nouveaux outils haut débit pour l’évaluation précoce de la qualité de la viande de porc

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Visuels d'intervention présentés par Antoine Vautier, à la 7ème journée de restitution des programmes de R&D financés par le Casdar "Innovation et partenariat" et "Recherche finalisée et innovation", le 17 janvier 2018, Paris

PDF icon visuels de Antoine Vautier, journée CASDAR du 17 janvier 2018, Paris
2018

Filière porcine ukrainienne : Illusions perdues

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Baromètre Porc (FRA), 2018, n° 489, synthèse du mois, septembre, p. 8, par Boris Duflot

Avec son potentiel de productions végétales, ses faibles coûts de main d’oeuvre et une tradition de consommation de porc, l’Ukraine pouvait devenir un acteur majeur du commerce international. Mais la propagation de la peste porcine africaine empêche quasiment toute exportation, tandis que le marché intérieur s’est réduit depuis la crise politique et économique de 2014.

PDF icon Baromètre Porc (FRA), 2018, n° 489, synthèse du mois, septembre, p. 8, par Boris Duflot
2018

Computed tomography for comparing the lean meat content of different genotypes of entire male pigs

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Gérard Dumas et al., 64rd International Congress of Meat Science and Technology (ICOMST), 12–17 août 2018, Melbourne, Australie, poster

From July 2018 the EU reference for pig grading is the lean meat percentage (LMP) based on total dissection of a half-carcass. Dissection can be replaced by an unbiased computed tomography (CT) procedure. Daumas et Monziols (2018) developed a pan-European CT procedure for determining this LMP. The hypothesis is such a procedure could be applied on very lean carcasses, issued from entire males of purebred used as terminal sires in production. The aim of this paper is to test this CT procedure to assess the LMP differences between several lean genetic groups and the three halothane genotypes.

PDF icon Gérard Dumas et al., 64rd ICOMST, 12–17 août 2018, Melbourne, Australie, poster
2018

TREASURE : Diversité des races locales de porcs et des systèmes de production pour des produits traditionnels de qualité élevée et des filières porcines durables

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Bénédicte Lebret (INRA), Marie José Mercat et Herveline Lenoir (IFIP),Salon International de l'Agriculture (SIA) 2018, 24 février-4 mars 2018, Paris, poster 

 

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2018

Using 1K SNP panel for genomic selection in 3 French pig breeds: Accuracy of Imputation and estimation of genomic breeding values using 1K SNP panel, designed for several breeds in French pig populations

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Céline Carillier-Jacquin (Université de Toulouse, INRA, INPTet ENVT)  et al., Proceedings of the World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, vol. Electronic Poster Session - Species - Porcine 1, Auckland, Nouvelle-Zélande, 11–16 février 2018, p. 294-298

The current cost of medium density SNP chips is a limit to the development of genomic selection in pig populations (Badke et al., 2014; Wellmann et al., 2013). To reduce the cost of genotyping, a low density (LD) SNP chip was designed in 2016 and has been used in routine.
This LD panel of around 1100 SNP was optimized for imputation accuracy in the French Landrace (Land) pig population using equally spaced SNP with minor allele frequency (MAF) larger than 0.2. In the present study, we proposed to adapt the panel to two other major French pig breeds i.e. Large White (LW) and Pietrain (PI) lines. Imputation accuracy as well as the impact on genomic estimated breeding value (GEBV) were estimated in the three breeds using this new SNP chip design.

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2018

Immunome differences between porcine ileal and jejunal Peyer’s patches revealed by global transcriptome sequencing of gut-associated lymphoid tissues

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T. Maroilley et al., Scientific Reports, 2018, volume 8, n° 1, 13 juin, 12 pages

The epithelium of the intestinal mucosa and the gut-associated lymphoid tissues (GALT) constitute an essential physical and immunological barrier against pathogens. In order to study the specificities of the GALT transcriptome in pigs, we compared the transcriptome profiles of jejunal and ileal Peyer’s patches (PPs), mesenteric lymph nodes (MLNs) and peripheral blood (PB) of four male piglets by RNA-Seq. We identified 1,103 differentially expressed (DE) genes between ileal PPs (IPPs) and jejunal PPs (JPPs), and six times more DE genes between PPs and MLNs. The master regulator genes FOXP3GATA3STAT4TBX21 and RORC were less expressed in IPPs compared to JPPs, whereas the transcription factor BCL6 was found more expressed in IPPs. In comparison between IPPs and JPPs, our analyses revealed predominant differential expression related to the differentiation of T cells into Th1, Th2, Th17 and iTreg in JPPs. Our results were consistent with previous reports regarding a higher T/B cells ratio in JPPs compared to IPPs. We found antisense transcription for respectively 24%, 22% and 14% of the transcripts detected in MLNs, PPs and PB, and significant positive correlations between PB and GALT transcriptomes. Allele-specific expression analyses revealed both shared and tissue-specific cis-genetic control of gene expression.

2018

Développement de nouveaux outils haut débit pour l’évaluation précoce de la qualité de la viande de porc (QualiPorc)

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Sandrine Schwob et al., Innovations Agronomiques (FRA), 2018, volume 63, janvier, p. 407-419

Les perspectives en matière d'amélioration génétique de la qualité de viande (QV) reposent sur la mise au point de nouveaux outils haut débit, de prédiction précoce, peu coûteux et non invasifs. Pour cela, de nouvelles méthodes de mesure de QV, s’appuyant sur des technologies émergentes, ont été développées et testées en routine. L’imagerie par résonance magnétique (IRM) permet de quantifier les teneurs en lipides intramusculaires (LIM) et caractériser le persillage dans le muscle Longissimus. La méthode d’analyse d’images a été automatisée pour améliorer les cadences de mesures (400 échantillons scannés par jour) et assurer la traçabilité des données. L’évolution du taux de LIM le long du muscle Longissimus analysée par IRM montre que l’échantillon prélevé au niveau de la 13ème côte est représentatif du taux de LIM moyen de la longe (R²=0.88). La spectroscopie visible et proche infrarouge (NIRS) permet, quant à elle, de prédire les rendements technologiques et les défauts de tranchage. Enfin, les données d’expression génique quantifiées dans le muscle Longissimus ont été exploitées afin d’identifier des biomarqueurs discriminant 3 classes de qualité technologique et sensorielle: à défaut, correct ou extra. Le meilleur modèle pour prédire l’appartenance d’un échantillon à une classe de qualité inclut 12 gènes.

ENG

Development of high throughput methods to predict pork quality at industrial scale

This project aimed at providing new early and non-invasive predictors of pork quality usable in slaughter houses, to orientate use of carcasses and cuts and optimize their economic value. For this purpose, the project included development, testing and validation of various methods under industrial conditions. Magnetic Resonance Imaging (MRI) technology was used to estimate the Longissimus muscle intramuscular fat (IMF) content and marbling. Image analysis method was automated to improve measurement rate (400 samples scanned per day) and ensure data traceability. MRI was also used to study the representativeness of IMF content determined at the 13th rib to assess average IMF of the whole Longissimus muscle. Results showed high repeatability and good predictive ability of Longissimus average IMF content with determination at the 13th rib level (R²=0.88). Near Infrared Spectroscopy (NIRS) was used to estimate cooking and slicing yields and structural defects. NIRS technology could predict slicing losses caused by paste-like and cohesion defects on processed loin slices. Finally, gene expressions quantified on Longissimus muscle were used to discriminate 3 pork quality classes: low, acceptable and extra technological and sensory quality levels. The best model to predict meat quality level of pork loins included expression levels of 12 genes.

2018

Survey of demographic and phenotypic data of local pig breeds of TREASURE project

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Riccardo Bozzi (Université Degli Studi di Firenze (Florence), Italie) et al., Arch. Zootec. PROCEEDINGS IX Simposio Internacional sobre el Cerdo Mediterráneo, 2018, p. 1-4

ENG

The paper reports the results of a survey on the demographic and phenotypic characterization of 20 European local pig breeds involved in the H2020 TREASURE project including information on: demographic parameters, main morphological features, reproductive information, additional information collected at herd-level (i.e. temperament, holding, mating practices), origins and development of the breeds. Almost all the breeds (18 out of 20) possess a herd book even if the starting year is highly variable (from 1980 to 2006). Number of breeding females ranged from 24 (Moravka) to over 200,000 heads (Ibérico). Male/female ratio varied greatly with the highest values for the Italian breeds probably due to the different policy of animal recording. Almost all the breeds undergo a conservation program whereas really few are interested by other conservation techniques and for less than five breeds data related to effective number and inbreeding coefficient are easily available. Average values for teat number, litter size and weaned piglets are 12, 8 and 6 respectively with a great potential for their improvement. The depicted scenario is highly diversified and the data collected represent the starting point for the achievement of a collective trademark under the umbrella of the TREASURE project.
 
ESP
 
Este trabajo presenta los resultados de una encuesta de datos demográficos y fenotípicos de 20 razas locales de cerdos en estudio en el proyecto H2020 TREASURE y incluí información de: parámetros demográficos, características morfológicas principales, parámetros reproductivos, informaciones adicionales a nivel de los efectivos (ex. Temperamento, instalaciones, prácticas de cubrición), orígenes y desarrollo de las razas. Casi todas las razas (18 de 20) tienen libro genealógico, aunque su fecha de inicio varía mucho (de 1980 a 2006). El número de hembras reproductoras varía de 24 (Moravka) a más de 200 mil cabezas (Ibérico). La relación macho/hembra varía mucho con los valores más altos verificados en las razas italianas muy probablemente debido a una política diferente relativamente al registro de animales. Casi todas las razas tienen programas de conservación, aunque pocas están interesadas en otras técnicas de conservación y sólo en menos que 5 razas los datos relativos a número de efectivos y de coeficiente de consanguinidad están fácilmente disponibles. Los valores medios para números de pezones, tamaño de camada y lechones destetados son de 12, 8 y 6, respectivamente con un grande potencial para mejora. El escenario descrito es altamente diversificado y esta colecta de datos representa el punto de partida para una marca colectiva debajo del parasol del proyecto TREASURE.
PDF icon Riccardo Bozzi (Université Degli Studi di Firenze (Florence), Italie) et al., Arch. Zootec. PROCEEDINGS IX Simposio Internaciona
2018

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 54-55

Dans le cadre du suivi de la gestion des ressources génétiques, l’IFIP veille à la mise en place et à la réalisation du programme de conservation des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.
Ce programme est axé sur la gestion des animaux vivants mais possède également une orientation ex situ avec l’adhésion au GIS Cryobanque Nationale. Par ailleurs, l’IFIP apporte sa contribution pour évaluer la gestion de la variabilité génétique intra-race des populations et calculer l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.

L’IFIP anime le Ligéral qui est l’association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs. Le Ligéral est l’organisme de sélection porcine qui a été agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour tenir les livres généalogiques des six races locales porcines.

PDF icon Herveline Lenoir, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 54-55, fiche n° 25
2018

Encadrement de la station de phénotypage du Rheu

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Claire Hassenfratz, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 51

A l’initiative de FG Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la nouvelle station de phénotypage a été bâtie en 2015. La gestion quotidienne de la station a été confiée à l’INRA -Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. Ce projet s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les professionnels de la sélection et la recherche: (1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ; (2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ; (3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection. L’IFIP, en partenariat avec l’INRA, est missionné par le Ministère l’Agriculture pour assurer son encadrement technique. Les informations recueillies sont complémentaires à celles recueillies par les OSP en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande. La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. C’est pourquoi elle est équipée d’une chaîne de distribution d’aliment multiphase permettant d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case d’une part et d’autre part de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Les DAC sont équipés de plateaux de pesée afin de suivre les cinétiques de croissance. Le tomographe à rayon X de l’IFIP pourra être utilisé sur les porcs en cours de contrôle.

La station constitue ainsi un outil de collecte de données à visées génétiques dont les résultats concernent l’ensemble de la filière. Compte tenu de l’intérêt collectif de ce projet, il a reçu le soutien financier des conseils régionaux de Basse Normandie, Bretagne et Pays de la Loire, ainsi que de France Agrimer. Uniquement consacrée au contrôle des collatéraux à des fins d’évaluation et de recueil de références en 2015 et 2016, elle
s’est ouverte à l’expérimentation dès 2017 en participant au projet européen Feeda-Gene qui étudie l’aspect génétique de l’aptitude à digérer l’aliment dans le cadre du Programme de Recherche et Innovation H2020. L’étude Microfeed (financement ANR), qui cherche à déterminer le rôle du microbiote intestinal sur l’efficacité alimentaire et la robustesse des animaux est menée en parallèle sur les mêmes animaux (cf. Valorisation de nouvelles données d’efficacité alimentaire pour la sélection). L’ensemble des données collectées sont sauvegardées dans la base de données nationale génétique et sont accessibles aux équipes de recherche.

PDF icon Claire Hassenfratz, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 51, fiche n° 22
2018

Valorisation de nouvelles données d’effi cacité alimentaire pour la sélection

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Alban Bouquet, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 46

L’efficacité alimentaire est un critère de sélection important pour la filière porcine. Depuis 2014, des investissements conséquents ont été réalisés par les entreprises de sélection françaises pour étendre la capacité de phénotypage des animaux sur ce critère grâce à l’installation de DAC en élevage. Le contrôle de candidats à la sélection sur l’efficacité alimentaire a pour but d’augmenter la précision de la sélection des futurs reproducteurs et donc le progrès génétique réalisé.
En parallèle, plusieurs programmes de recherche ont été mis en place sur cette thématique à la station de phénotypage FG Porc du Rheu (35). L’objectif de ces projets est d’acquérir des données sur de nouveaux caractères d’efficacité alimentaire mais aussi de mieux caractériser les interactions entre le type d’aliments et le travail de sélection.

PDF icon Alban Bouquet, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 46, fiche n° 18
2018

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