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Genetics of digestive efficiency in growing pigs fed a conventional or a high‐fibre diet

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Vanille Déru (Inrae) et al., Journal of Animal Breeding and Genetics, volume 138, n° 2, mars, p. 246-258

The use of diets with increased dietary fibre content (HF) from alternative feedstuffs is a solution to limit the impact of increased feed costs on pig production. This study aimed at determining the impact of an alternative HF diet on pig digestibility and at estimating genetic parameters of this trait. Digestibility coefficients (DC) of energy, organic matter and nitrogen were predicted from faecal samples analysed with near infrared spectrometry for 1,242 samples, and it represented 654 Large White pigs fed a conventional (CO) diet and 588 fed a HF diet. Growth and feed efficiency traits, carcass composition and meat quality traits were recorded. Pigs fed the HF diet had significantly lower DC than pigs fed the CO diet (−4.5 to 6.0 points). The DC were moderately to highly heritable (about 0.26 ± 0.12 and 0.54 ± 0.15 in the CO and the HF diet, respectively). Genetic correlations were favourable with feed conversion ratio, daily feed intake and residual feed intake, but unfavourable with average daily gain (ADG) and carcass yield (CY). To conclude, DC could be an interesting trait to include in future breeding objectives if pigs were fed diet with HF diets, but adverse genetic trends with ADG and CY would have to be taken into account.

source : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7891433/pdf/JBG-138-246.pdf

2021

No Cast : un projet de sélection sur les odeurs en lignée femelle

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Bruno Ligonesche (Nucléus) et Marie-José Mercat (Ifip), Porc Mag (FRA), 2021, n° 560, mars, p.17

Les investigations en matière de lutte contre les odeurs de mâles entiers de carcasses se poursuivent du côté des lignées femelles. Trois organisations de sélection porcine travaillent aujourd'hui en collaboration avec l'Ifip et l'Inrae. Leur collaboration vise à réduire le risque de carcasses olfactives sans détériorer les performances de reproduction des femelles.

2021

Journées de la Recherche Porcine 2021

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Le recueil des JRP permet la diffusion rapide des résultats de la recherche francophone sous forme d’articles de 6 pages ou 2 pages, comprenant tous un résumé en anglais. L’ouvrage 2021 de 440 pages en format numérique est organisé selon les sessions thématiques du congrès :
• génétique porcine et qualité des viandes de porc,
• bien-être animal, reproduction porcine et conduite de l'élevage,
• alimentation animale,
• économie et sociologie,
• environnement, 
• santé animale,
Au total, 121 restitutions d’études provenant de plus de 70 organismes (INRAE, IFIP, ANSES, Chambres d'agriculture...) et d'entreprises françaises ainsi que d'une vingtaine de pays étrangers (Belgique, Canada, Espagne, Pays Bas, Italie, Allemagne, Danemark, Brésil...)

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107,00 €
2021

Describing variability in pig genes involved in coronavirus infections for a One Health perspective in conservation of animal genetic resources

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Samuele Bovo (Université de Bologne, Italie) et al., Scientific Reports, 2021, 9 février, 14 pages

Coronaviruses silently circulate in human and animal populations, causing mild to severe diseases. Therefore, livestock are important components of a “One Health” perspective aimed to control these viral infections. However, at present there is no example that considers pig genetic resources in this context. In this study, we investigated the variability of four genes (ACE2ANPEP and DPP4 encoding for host receptors of the viral spike proteins and TMPRSS2 encoding for a host proteinase) in 23 European (19 autochthonous and three commercial breeds and one wild boar population) and two Asian Sus scrofa populations. A total of 2229 variants were identified in the four candidate genes: 26% of them were not previously described; 29 variants affected the protein sequence and might potentially interact with the infection mechanisms. The results coming from this work are a first step towards a “One Health” perspective that should consider conservation programs of pig genetic resources with twofold objectives: (i) genetic resources could be reservoirs of host gene variability useful to design selection programs to increase resistance to coronaviruses; (ii) the described variability in genes involved in coronavirus infections across many different pig populations might be part of a risk assessment including pig genetic resources.

source : https://www.nature.com/articles/s41598-021-82956-0.pdf

2021

Développement d’un outil d’enregistrement automatique de la maturité du porcelet

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Léa André et al., 53es Journées de la Recherche Porcine, 1, 2, 3 et 4 février 2021, Paris, p. 49-50, poster

Poster.

L’amélioration de la survie des porcelets pendant la période d’allaitement est une attente forte des producteurs comme de la société. Récemment, Matheson et al. (2018) ont montré que la proportion de porcelets immatures par portée était un caractère héritable. Ces porcelets, qui n’ont pas atteint leur plein développement à la naissance, ont un risque accru de mortalité avant sevrage (Hales et al., 2013). Ce nouveau critère pourrait être sélectionné avec des conséquences positives sur la survie des porcelets. Cependant, pour une utilisation à des fins de sélection génétique, le phénotype de maturité doit être enregistré sur tous les porcelets en élevage de sélection. Il est possible visuellement d’identifier un porcelet immature car celui-ci présente une morphologie caractéristique avec un crâne bombé, des yeux exorbités et une asymétrie tête/corps (Chevaux et al., 2010). Malheureusement, cette notation morphologique est difficile à mettre en place à grande échelle. Une approche par traitement d’images de type deep learning permettrait d’automatiser et d’homogénéiser ce phénotypage. L ’objectif de cette étude est de développer un algorithme de classification des porcelets selon leur degré de maturité à partir d’une photo de leur tête.

Poster.

Development of a tool to record piglet maturity automatically

Increasing piglet survival remains a priority for pig producers. In breeding programs, it can be increased by considering piglet maturity at birth, defined as the level of full development. Indeed, an immature piglet, which does not reach its intrauterine growth, has a lower chance of surviving during the first few days after birth. On the farm, it is possible to detect these piglets because they present an asymmetrical growth with a specific head morphology. However, it is necessary to record this phenotype routinely to use this new criterion in breeding programs. The aim of this study was to develop a deep learning algorithm to predict piglet maturity automatically using pictures of their head. A first step was to record maturity levels of piglets at birth using, on the one hand, morphological criteria such as head shape, bulging eyes, ear shape and, on the other hand, morphological measurements i.e. body length, head length and skull length. Each piglet head was then photographed from the side and from the front. From 1,100 pictures of piglet heads annotated with their maturity level, a prediction model was developed and validated using an additional 661 pictures. Currently, the algorithm can detect an immature piglet with a sensitivity of 89% and a specificity of 74%. These are encouraging initial results, and improvement is expected by increasing the size of the database. This new system has great potential to record piglet maturity automatically and provide new perspectives for genetic selection.

2021

Influence d'une alimentation avec une teneur accrue en fibres sur le microbiote intestinal du porc en croissance

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Vanille Déru (Inrae/France Génétique Porc) et al., 53es Journée de la Recherche Porcine (FRA), 2021, 1er, 2, 3 et 4 février 2021, poster

Poster.

Pour réduire le coût  : alimentaire  : nourrir les porcs avec des coproduits des industries agroalimentaires (teneur (teneur accrue en fibres)
La composition du microbiote intestinal est est-elle différente selon que les porcs sont nourris avec un régime conventionnel ou fibreux ?

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2021

Validation de biomarqueurs sanguins de l’efficacité alimentaire dans les lignées Large White, Duroc et Piétrain

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Alban Bouquet et al., 53es Journée de la Recherche Porcine (FRA), 2021, 1er, 2, 3 et 4 février 2021, poster

Poster.

Le phénotypage de l’efficacité alimentaire chez le porc a un coût élevé. Disposer de biomarqueurs sanguins, mesurables sur les jeunes, serait intéressant pour la sélection pour obtenir des mesures précoces sur un plus grand nombre d’animaux.

PDF icon Alban Bouquet et al., 53es Journée de la Recherche Porcine (FRA), 2021, 1er, 2, 3 et 4 février 2021, poster
2021

Evaluation de l'impact des perturbations sur l'estimation des paramètres et la prédiction des valeurs génétiques

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Vincent Le (Inrae et Alliance R&D) et al., 53es Journées de la Recherche Porcine, 1, 2, 3 et 4 février 2021, Paris, poster

Poster.

 

 

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2021

Validation de biomarqueurs sanguins de l’efficacité alimentaire dans les lignées Large White, Duroc et Piétrain

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Alban Bouquet, 53es Journée de la Recherche Porcine (FRA), 2021, 1er, 2, 3 et 4 février 2021, p. 51-52, poster

Poster.

Dans les schémas de sélection, la capacité de phénotypage de de l’efficacité alimentaire est limitée par le coût de mesures des ingérés. L’utilisation de biomarqueurs précoces est une approche intéressante pour améliorer l’efficacité de la sélection sur ce caractère. Elle permettrait d’avoir une mesure proxy pour sélectionner plus précisément les reproducteurs parmi un plus grand nombre de candidats. Les biomarqueurs de l’efficacité alimentaire ont été généralement mis en évidence dans des dispositifs expérimentaux de taille limitée. Une validation est alors nécessaire pour s’assurer qu’ils sont généralisables à d’autres races et d’autres contextes. L’objectif de cette étude était de valider deux biomarqueurs sanguins précoces de l’efficacité alimentaire, le facteur de croissance IGF1 (Bunter et al., 2010) et la leptine (Reyer et al., 2018), dans trois lignées Large White (LW), Duroc et Piétrain en sélection.

Validation of blood biomarkers of feed efficiency in the Large White, Duroc and Piétrain lines

The use of early biomarkers is an interesting approach to improve selection efficiency for traits that are difficult to measure. The aim of this study was to validate juvenile IGF1 and leptin as biomarkers of growth and feed efficiency in Large White (LW), Duroc and Piétrain purebred lines. To determine plasma concentrations of IGF1 and leptin, blood samples were obtained from 8-9-week-old piglets at the end of the post-weaning phase. After data curation, 337 LW, 192 Duroc and 189 Piétrain pigs had both plasma concentrations and production performance recorded during the growing-finishing phase, namely average daily gain (ADG), daily feed intake (DFI) and feed conversion ratio (FCR). Nested linear mixed models including successively the biomarker concentration and the weight at bleeding (BBW) as covariables in addition to the usual effects were compared using a likelihood ratio test. In the three lines, adding IGF1 concentration in prediction models of growth and feed efficiency traits increased the goodness-of-fit, with the covariable being significant (P < 0.001), except for FCR in the Piétrain line. Augmenting this model with BBW increased the model likelihood in the LW and Duroc breeds for any traits, as BBW was highly significant (P < 0.001) although IGF1 was not significant anymore. These results suggested that IGF1 is a biomarker of growth and feed efficiency that captured the same information as BBW. In the Piétrain line, IGF1 contributed to increase the likelihood of the model along with BBW for ADG and DFI. Hence, IGF1 seems to be a relevant biomarker for the Piétrain breed but to have limited utility for the LW and Duroc breeds if pigs can be weighed in the post-weaning phase. The same approach was applied to juvenile leptin, but it was found not to be a useful biomarker of growth or feed efficiency for the three lines.

2021

Des filières porcines qui s’internationalisent dans un contexte pourtant promoteur d’autonomie

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Jan-Peter Van Ferneij et Boris Duflot, 53es Journée de la Recherche Porcine (FRA), 2021, 1er, 2, 3 et 4 février 2021, p. 309-314

La crise de la COVID-19 a mis en exergue la dépendance extérieure française et européenne dans certains secteurs stratégiques. La résilience agroalimentaire a toutefois été saluée durant la crise, facilitée par la forte autosuffisance agricole française et européenne. Le contexte sanitaire imprévisible (Covid-19, peste porcine africaine-PPA), le ralentissement des échanges internationaux, le ravivement de tensions commerciales et diplomatiques (Brexit, USA-Chine), la dénonciation des conditions de vie des travailleurs de la viande, et la spécificité des attentes sociétales sur l’élevage et l’alimentation portées en France et en Europe sont autant de signaux annonciateurs d’une influence croissante des politiques nationales et locales dans les stratégies des filières agroalimentaires et d’une relocalisation de leurs activités.
Pourtant l’analyse du commerce international des produits du porc montre à la fois une croissance des échanges entre bassins de production mondiaux excédentaires (Union européenne-UE, Zone de l’Accord Canada Etats-Unis Mexique-ACEUM, Brésil) et déficitaires (Asie de l’Est dont Chine), mais aussi une internationalisation des chaînes de valeur dans les bassins de production les plus denses (UE, ACEUM). Cette évolution repose sur l’exploitation d’avantages comparatifs, générateurs d’efficacité économique par la baisse des coûts de production, l’adaptation des produits à la demande et la recherche d’un nécessaire équilibre de valorisation de toutes les parties de la carcasse et des coproduits du porc.
Pour ce qui est de la sécurisation de l‘approvisionnement, l’expérience récente de la PPA en Asie montre que le recours aux marchés internationaux fait partie de l’arsenal de gestion de ces risques. Les investissements à l’étranger d’entreprises du secteur sont à cet égard une voie originale. Mais ces stratégies d’internationalisation pourraient se heurter à des attentes sociétales grandissantes.

Pork chains internationalizing in a context that promotes self-sufficiency

The COVID-19 crisis has highlighted the dependence of France as well as the whole European Union (EU) on external resources in certain strategic sectors. Agri-food resilience, however, is welcomed during this crisis, facilitated by the strong agricultural self-sufficiency. The unpredictable health context (COVID-19, African swine fever (ASF)), slowdown in international trade, revival of trade and diplomatic tensions (Brexit, USA-China), denunciation of living conditions of slaughterhouse workers, and societal expectations of animal production and food raised in France and other European countries are all warning signs of greater control over the agri-food sector and probably of stronger localization of its activities. Analysis of international trade in pork products, however, shows growth in volumes traded between surplus-production areas (European Union, Canada-United States-Mexico Agreement-CUSMA, Brazil) and deficit areas (Eastern Asia, including China), but also internationalization of value chains in the densest production areas (EU, CUSMA). This development is based on exploiting comparative advantages, generating economic efficiency by decreasing production costs, adapting products to demand and searching for a necessary balance of using all parts of the pork carcass and by-products. In terms of supply security, the recent experience of ASF in Asia shows that connecting to international markets is part of a risk-management strategy. Foreign investment made by companies in the sector shows an original path in this regard. But these internationalisation strategies could come up against growing societal expectations.

2021

Influence d’une alimentation avec une teneur accrue en fibres sur le microbiote intestinal du porc en croissance

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Vanille Déru (Inrae/France Génétique Porc) et al., 53es Journée de la Recherche Porcine (FRA), 2021, 1er, 2, 3 et 4 février 2021, p. 251-252, poster

Poster.

Les performances et la santé des animaux sont influencés par la composition du microbiote intestinal (Fouhse et al., 2016). Réciproquement, des facteurs extérieurs à l’animal, tels que la composition de l’aliment, peuvent aussi modifier la composition du microbiote. Pour réduire le coût alimentaire et la compétition avec les autres usages des terres agricoles, il est envisagé de nourrir les porcs avec des quantités plus élevées de coproduits issus des industries agroalimentaires. Cependant, ces ingrédients ont souvent des teneurs accrues en fibres. L’objectif de cette étude était d’identifier les différences de composition du microbiote intestinal chez des porcs en croissance nourris avec un régime conventionnel (CO) et avec un régime dont la teneur en fibres est accrue (F).

Influence of a diet with increased fiber content on the intestinal microbiota of growing pigs

Poster.

This study compared the fecal microbiota of growing pigs fed a conventional diet (CO) or a diet with increased fiber content (F). For each animal, fecal microbiota were collected at sixteen weeks of age to sequence the V3-V4 region of the 16S RNA gene. Microbiota composition data were available for 752 Large White pigs fed the F diet and 812 full-siblings fed the CO diet, with a total of 14,366 identified Operational Taxonomic Units (OTUs) and 231 genera. Pigs fed the F diet had higher microbial diversity than pigs fed the CO diet according to the Shannon diversity index (P < 0.001). The genera Lactobacillus and Streptococcus, which belong to the Firmicutes phylum, were predominantly represented in the CO diet. Lactobacillus and Prevotella 9, which belong to the Firmicutes and Bacteroidetes phyla, respectively, were the genera predominantly represented in pigs fed the F diet. Differences in microbiota composition between diets were confirmed by an Adonis test (P < 0.001). The genera Ruminococcus 1, Lachnospira and Lachnoclostridium 12 discriminated most the individuals fed the two diets. Characterizing the diversity of the microbiota within and between the two diets is an important first step before assessing the role of gut microbiota on the variability in feed efficiency traits in various dietary contexts.

2021

Développement d’un outil d’enregistrement automatique de la maturité du porcelet

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Léa André et al., 53es Journée de la Recherche Porcine (FRA), 2021, 1er, 2, 3 et 4 février 2021, poster

L’objectif de ce projet est de développer un outil capable d’identifier les porcelets présentant un retard de croissance intra-utérin, dit immatures. Le prototype doit évaluer le degré de maturité des porcelets dans les élevages de sélection à partir d’une photo de la tête du porcelet. Ce projet s’appuie sur une approche d’analyse d’images type deep learning. A terme, ce phénotype de maturité sera enregistré en routine et servira comme nouveau critère de sélection.

PDF icon Léa André et al., 53es Journée de la Recherche Porcine (FRA), 2021, 1er, 2, 3 et 4 février 2021, poster
2021

Evaluation de l'impact des perturbations sur l'estimation des paramètres et la prédiction des valeurs génétiques

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Vincent Le (Inrae et Alliance R&D) et al., 53es Journées de la Recherche Porcine, 1, 2, 3 et 4 février 2021, Paris, p. 55-56, poster

Poster.

Les conditions d'élevage des animaux se diversifient en fonction des ressources alimentaires, des systèmes de production, des attentes sociétales et du changement climatique. Ces changements génèrent une diversité d'environnements de production sous-optimaux auxquels l'animal doit pouvoir s'adapter. La robustesse de l’animal (résistance (Bishop, 2012) et résilience (Berghof et al., 2018) face à une perturbation) correspond à son potentiel d’adaptation à ces changements. Le but de cette étude est d’évaluer, par simulation, l’impact de perturbations inconnues sur l’estimation des paramètres et la prédiction des valeurs génétiques du gain moyen quotidien (GMQ) et du poids à 100 jours (P100) en fonction du type de perturbation (bande, case, individuelle), de la corrélation génétique entre production et robustesse et entre les deux composantes de la robustesse.

Poster.

Evaluating the impact of disturbances on estimating parameters and predicting breeding values

Due to the diversification of farming systems and climate change, farm animals are increasingly exposed to disturbances to which they respond differently depending on their robustness. The aim of this study was to evaluate by simulation the impact of these unknown disturbances on the estimation of parameters and the prediction of genetic values of production traits. Different sets of simulations were considered depending on the type of disturbance (at the level of the batch, pen or individual), the genetic correlation between production and robustness (negative, neutral or positive) and between resistance and resilience, and the heritability of robustness. A population of 6120 individuals over 10 generations divided into 4 batches of 10 pens was generated (1000 replicates per set). A longitudinal phenotype that mimicked a production trait was simulated for each individual in two situations: a population subjected to disturbances or not. In the second case, the phenotype was modified according to the robustness of the animal. An animal model that included the pen-intra-batch effect was used to estimate the genetic parameters. As expected, the presence of disturbances led to significant underestimation of the heritability of production traits (by -7.6% to -6.6% depending on the production trait of interest: slope or fixed-age value) and worse prediction of genetic values (a 2.0-2.5% decrease in the correlation between true and predicted genetic values). This impact was greater when the genetic correlation between robustness and production was negative. However, the model did not predict any influence of the type of disturbance and the correlation between resistance and resilience on this impact.

2021

Quantifier les matières premières utilisées par l’alimentation animale en France et segmenter les flux jusqu’aux filières consommatrices

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Cécile Cordier et al., 3R, Rencontre eRecherche Ruminant, 20 janvier 2021, Paris, 4 pages

PDF icon Cécile Cordier et al., 3R, Rencontre eRecherche Ruminant, 20 janvier 2021, Paris, 4 pages
2021

Impact of a high-fibre diet on genetic parameters of production traits in growing pigs

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Vanille Déru (Inrae) et al., Animal, 2020, volume 14, n° 11, novembre, p. 2236-2245

The use of diets with increased fibre content from alternative feedstuffs less digestible for pigs is a solution considered to limit the impact of increased feed costs on pig production. This study aimed at determining the impact of an alternative diet on genetic parameters for growth, feed efficiency, carcass composition and meat quality traits. A total of 783 Large White pigs were fed a high-fibre (HF) diet and 880 of their sibs were fed a conventional (CO) cereal-based diet. Individual daily feed intake, average daily gain, feed conversion ratio and residual feed intake were recorded as well as lean meat percentage (LMP), carcass yield (CY) and meat quality traits. Pigs fed the CO diet had better performances for growth and feed efficiency than pigs fed the HF diet. They also had lower LMP and higher CY. In addition, pigs fed the CO diet had lower loin percentage and ham percentage and higher backfat percentage. No differences were observed in meat quality traits between diets, except for a* and b* values. For all traits, the genetic variances and heritability were not different between diets. Genetic correlations for traits between diets ranged between 0.80 ± 0.13 and 0.99 ± not estimable, and none were significantly different from 0.99, except for LMP. Thus, traits in both diets were considered as mainly affected by similar sets of genes in the two diets. A genetic correlation lower than 0.80 would justify redesigning the breeding scheme; however, some genetic correlations did not differ significantly from 0.80 either. Therefore, larger populations are needed for a more definitive answer regarding the design of the breeding scheme. To further evaluate selection strategies, a production index was computed within diets for the 29 sires with estimated breeding value reliability higher than 0.35. The rank correlation between indices estimated in the CO and in the HF diet was 0.72. Altogether, we concluded that limited interaction between feed and genetics could be evidenced, and based on these results there is no need to change pig selection schemes to adapt to the future increased use of alternative feedstuffs in production farms.

source : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7538339/pdf/S1751731120001275a.pdf

2020

Consumers' expectations and liking of traditional and innovative pork products from European autochthonous pig breeds

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Mauro Vitale (IRTA, Monells, Espagne) et al., Meat Science, 2020, volume 168, octobre, p. 108-179

The aim of the study was to ascertain the acceptability of Traditional (T) and Innovative (IT) pork products by European consumers considering also the influence of the sensory properties. The tests were performed in Barcelona, Bologna, Toulouse and Zagreb, with products from autochthonous pig breeds Porc Negre Mallorquí (patties), Cinta Senese (dry-fermented sausages), Gascon-Noir de Bigorre (dry-cured hams) and Turopolje (dry-cured hams), respectively. The methodological approach relied on the expectancy-disconfirmation model and the assimilation theory (blind, expected and informed tests). All consumers had a similar behaviour: higher expectations of T and IT differentiating them significantly from the remaining products, except in Barcelona test, because consumers in this city were not acquainted with the production system. Innovation in T products focusing on healthy and process innovation highlighted the need to provide information about the breed and the production system, but we can conclude that the sensory quality had a significant role on the preferences of consumers.

2020

Genetics of digestive efficiency in growing pigs fed a conventional or a high‐fibre diet

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Vanille Déru (Inrae) et al., Journal of animal breeding and genetics, 2020, septembre, 13 pages

The use of diets with increased dietary fibre content (HF) from alternative feedstuffs is a solution to limit the impact of increased feed costs on pig production. This study aimed at determining the impact of an alternative HF diet on pig digestibility and at estimating genetic parameters of this trait. Digestibility coefficients (DC) of energy, organic matter and nitrogen were predicted from faecal samples analysed with near infrared spectrometry for 1,242 samples, and it represented 654 Large White pigs fed a conventional (CO) diet and 588 fed a HF diet. Growth and feed efficiency traits, carcass composition and meat quality traits were recorded. Pigs fed the HF diet had significantly lower DC than pigs fed the CO diet (−4.5 to 6.0 points). The DC were moderately to highly heritable (about 0.26 ± 0.12 and 0.54 ± 0.15 in the CO and the HF diet, respectively). Genetic correlations were favourable with feed conversion ratio, daily feed intake and residual feed intake, but unfavourable with average daily gain (ADG) and carcass yield (CY). To conclude, DC could be an interesting trait to include in future breeding objectives if pigs were fed diet with HF diets, but adverse genetic trends with ADG and CY would have to be taken into account.

source : https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/jbg.12506

2020

Genome‐wide detection of copy number variants in European autochthonous and commercial pig breeds by whole‐genome sequencing of DNA pools identified breed‐characterising copy number states

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Samuelo Bovo (Université de Bologne, Italie) et al., Animal Genetics, 2020, volume 51, n° 4, août, p. 541-556

In this study, we identified copy number variants (CNVs) in 19 European autochthonous pig breeds and in two commercial breeds (Italian Large White and Italian Duroc) that represent important genetic resources for this species. The genome of 725 pigs was sequenced using a breed‐specific DNA pooling approach (30–35 animals per pool) obtaining an average depth per pool of 42×. This approach maximised CNV discovery as well as the related copy number states characterising, on average, the analysed breeds. By mining more than 17.5 billion reads, we identified a total of 9592 CNVs (~683 CNVs per breed) and 3710 CNV regions (CNVRs; 1.15% of the reference pig genome), with an average of 77 CNVRs per breed that were considered as private. A few CNVRs were analysed in more detail, together with other information derived from sequencing data. For example, the CNVR encompassing the KIT gene was associated with coat colour phenotypes in the analysed breeds, confirming the role of the multiple copies in determining breed‐specific coat colours. The CNVR covering the MSRB3 gene was associated with ear size in most breeds. The CNVRs affecting the ELOVL6 and ZNF622 genes were private features observed in the Lithuanian Indigenous Wattle and in the Turopolje pig breeds respectively. Overall, the genome variability unravelled here can explain part of the genetic diversity among breeds and might contribute to explain their origin, history and adaptation to a variety of production systems.

2020

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

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Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 108

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique pour l’ensemble de la filière porcine française. Ce travail d’amélioration génétique consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération pour les garder comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique/génomique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains. L’information du génome des animaux est également prise en compte dans les lignées maternelles Large White (LW) et Landrace (LR). Chaque semaine, les meilleurs candidats de ces populations sont génotypés sur puces ADN basse ou haute densité. Puis les génotypages haute densité sont reconstitués par imputation, pour tous les animaux évalués.

PDF icon Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 108
2020

Accéléromètre pour enregistrer les postures des truies en maternité

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Pauline Brenaut, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 113

La mortalité néonatale des porcelets reste un challenge considérable pour la production porcine tant sur le plan du bien-être animal que sur le plan économique. Ces pertes surviennent principalement dans les 48 premières heures après la mise-bas. Ce serait le résultat d’un ensemble d’interactions complexes entre la truie, le porcelet et l’environnement. Parmi les causes de mortalité identifiées, l’écrasement des porcelets par la truie ressort comme une des raisons principales. Le comportement de la truie au cours de ses changements de position peut avoir un impact non négligeable sur les chances de survie du porcelet. L’enregistrement de ces comportements au cours du temps permettrait d’identifier les truies dites plus maternelles. Cependant, ce suivi du comportement se base principalement sur des analyses vidéo qui limitent le nombre d’animaux observés et nécessitent du temps de traitement. Automatiser la classification des postures et des changements de postures chez la truie offrirait de nouvelles potentialités. Le capteur de type accéléromètre semble être un outil adapté pour répondre à cette problématique. Avec le soutien financier des entreprises de sélection Nucléus et Choice et en relation avec la société RF-Track, l’IFIP travaille sur la mise au point d’une solution pour enregistrer les postures de la truie avant, pendant et après la mise-bas à l’aide d’un accéléromètre.

PDF icon Pauline Brenaut, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 113
2020

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