La base documentaire de l'IFIP

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Animation technique pour le compte de l’Agence de la Sélection Porcine

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Joël Bidanel et Claire Hassenfratz, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 106

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique porcine, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie
l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP. La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Etablissements de Sélection Porcine (ESP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des ESP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs
de références.

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2020

Gestion de la diversité génétique des races porcines sélectionnées

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Alban Bouquet, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 111

Dans un schéma de sélection, la création de progrès génétique suppose d’utiliser les meilleurs reproducteurs à chaque génération. Toutefois, une utilisation non raisonnée des reproducteurs est susceptible d’entrainer, à terme, une augmentation importante de la consanguinité dans la population.
Des problèmes liés à cette augmentation de consanguinité peuvent alors apparaître : baisse des performances de production et de reproduction, apparition d’anomalies congénitales, etc. Des mesures sont appliquées dans les schémas de sélection pour gérer au mieux la diversité génétique des
populations porcines sélectionnées et un bilan annuel est réalisé par l’IFIP pour évaluer l’efficacité des mesures. De nouvelles approches ont été développées pour mieux gérer la diversité génétique dans les populations sélectionnées. Parmi elles, la méthode des contributions génétiques optimales (ou OCS) fait consensus pour concilier efficacement progrès génétique et gestion de la diversité génétique (Meuwissen, 1997). Cette
méthode permet d’optimiser le choix des reproducteurs et de moduler leur utilisation pour créer le progrès génétique en utilisant au mieux les ressources génétiques disponibles. La disponibilité de données génomiques collectées en routine sur l’ensemble des reproducteurs est une opportunité pour gérer de façon plus fine la diversité génétique des populations.

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2020

Conservation des ressources génétiques et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 109

L’Ifip contribue à la gestion des ressources génétiques porcines et à l’encadrement des programmes de conservation des races locales. Il accompagne les programmes des races Pie Noir du Pays Basque, Bayeux, Gascon, Cul Noir Limousin, Blanc de l’Ouest et Nustrale, : suivi des reproducteurs en élevage et participation à la Cryobanque Nationale. L’Ifip gère la variabilité génétique intra-race des populations et la consanguinité des populations porcines. L’animation du Ligéral, association des livres généalogiques collectifs des 6 races locales de porcs, organisme de sélection porcine agréé par le Ministère de l’Agriculture, est assurée par l’Ifip.

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2020

Encadrement de la station porcine de phénotypage

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Claire Hassenfratz, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 107

A l’initiative de France Génétique Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la station porcine de phénotypage a été bâtie en 2015. Sa gestion quotidienne a été confiée à l’INRAE Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. L’IFIP assure son encadrement technique. Cette installation de phénotypage s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les acteurs de la sélection porcine française et la recherche : 1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ; 2) développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ; 3) assurer la mise en application des phénotypages et des résultats des travaux dans les programmes de sélection. Les données recueillies dans cette station sont complémentaires à celles recueillies en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande. La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. Ses équipements permettent d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case et de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Ils permettent également de suivre la cinétique de croissance de chaque animal. La station constitue ainsi un outil de collecte de caractères d’intérêt pour l’ensemble de la filière.

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2020

Etude génétique de l’efficacité digestive (aptitude à digérer les aliments fibreux) des races porcines

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Alban Bouquet, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 112

En conditions normales d’élevage, un porc absorbe entre 75 et 85% des nutriments et de l’énergie contenus dans les aliments. Ainsi, 15 à 25% des nutriments sont excrétés et ne sont pas utilisés par l’animal pour sa croissance. Ceci constitue à la fois une perte économique mais aussi un rejet néfaste pour l‘environnement. L’absorption par l’intestin des nutriments contenus dans les aliments, appelée digestibilité, est bien connue des nutritionnistes pour formuler les aliments. Elle varie fortement entre aliments selon leur composition physico-chimique. Mais la capacité à digérer dépend aussi pour partie de l’individu. Jusqu’à présent, l’efficacité digestive a été peu étudiée sous l’angle génétique parce qu’il n’existait pas de méthodes de mesure applicables à grande échelle. La digestibilité est évaluée par le biais du coefficient d’utilisation digestive (ou CUD), qui représente la proportion de l’énergie ou des nutriments absorbés par l’intestin. Son évaluation suppose de connaître les quantités d’aliments, et donc de nutriments, ingérées, et les quantités de nutriments excrétés par une collecte et une analyse chimique des fèces. Ces mesures contraignantes sont généralement effectuées sur un faible nombre de porcs isolés en loge individuelle. Les travaux scientifiques se sont donc limités à des comparaisons de races ou de lignées sur des effectifs restreints. Dans le projet Feed-A-Gene, financé par l’Union Européenne, une nouvelle méthode d’analyse des fèces a été élaborée pour permettre une mesure haut débit de l’utilisation digestive de l’énergie et de l’azote par les porcs en conditions d’élevage. Cette méthode a été appliquée pour mesurer l’efficacité digestive de deux lots d’environ 800 animaux Large White nourris avec soit un aliment conventionnel, soit un aliment à teneur élevée en fibres pour estimer la variabilité génétique de ce nouveau caractère et les corrélations génétiques et phénotypiques existant avec les autres caractères.

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2020

Séroprévalence de la Diarrhée Epidémique Porcine (DEP) dans les élevages de sélection en France

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Isabelle Corrégé, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 102

La virulence de la Diarrhée Epidémique Porcine (DEP) se différencie selon les souches concernées : les premières hautement virulentes, dites «non InDel», et les secondes moyennement virulentes, dites «InDel». Des cas de DEP moyennement virulente ont été décrits dans plusieurs pays de l’Union Européenne depuis 2014. En France, 7 cas de DEP InDel ont été déclarés entre 2014 et 2019. L’enquête sérologique réalisée en élevages de production par l’ANSP indique une prévalence de la DEP en France inférieure à 0,6 %. L’objectif de cette étude est d’estimer cette séroprévalence vis-à vis du virus de la DEP dans les élevages de sélection et de multiplication français.

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2020

Caractérisation génomique des races locales

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Marie-José Mercat, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 110

L’objectif du projet Caraloporc était de réaliser une caractérisation génomique des collections de semences de races locales de la Cryobanque Nationale (CBN) et de vérifier leur représentativité par rapport aux populations actuelles.

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2020

Controverse sur l’élevage : les filières répondent aux attentes des consommateurs

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Christine Roguet, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 58

De manière croissante depuis le début des années 2010, l’élevage en France est la cible de nombreuses critiques émanant de différents acteurs sociaux et adressées tant aux filières qu’aux éleveurs, directement interpelés ainsi sur le sens de leur métier. Pour ‘décrypter’ cette controverse et ‘outiller’ les acteurs de la filière porcine française, l’ifip conduit depuis une dizaine d’années des travaux alliant économie et sociologie (GIS élevages demain 2012-2014, projet ACCEPT 2014-2018…). L’ifip a aussi choisi de se doter de compétences reconnues en sociologie en finançant la thèse en sociologie d’une ingénieure en poste partagé avec l’Itavi et l’Idele. Les thèmes et sujets de débats entourant l’élevage sont multiples : environnement,
bien-être animal, santé, système d’élevage. Pour y répondre, les filières animales - nord européennes depuis 10-15 ans, française depuis quelques années - mobilisent différents leviers :
● La communication, physique (visites à la ferme) et virtuelle (réseaux sociaux), individuelle (éleveur, entreprise) ou collective (interprofession)
● Le dialogue avec les parties prenantes (ONG notamment)
● La différenciation des systèmes d’élevage
● La segmentation des marchés.
Autrefois portées surtout par les ONG, les attentes en matière de bien-être animal ont largement pénétré la société.

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2020

Marché du porc dans le monde : renforcement des cours tirés par l’export

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Elisa Husson, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 36

Le suivi des marchés du porc constitue une des activités de base permanente de l’IFIP.

Une veille nationale, européenne et mondiale permet de collecter des données et des informations sur les divers évènements qui façonnent les marchés. Elle permet de livrer aux opérateurs de la filière les analyses pour comprendre et anticiper, et ainsi piloter leur activité. Conjoncturellement, les résultats des différents maillons de la filière porcine dépendent de la transmission des évolutions de prix.

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2020

Défauts technologiques des viandes blanches : amélioration par la génétique et l’alimentation

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Antoine Vautier, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 45

Le projet TECNOVIA est à né à l’initiative d’un consortium de recherche et d’acteurs industriels composé de l’IFIP, l’Unité de Recherche Avicole de l’INRA de Tours, de l’ITAVI, de l’IRSET INSERM de Rennes, et des entreprises Fleury Michon, Hubbard, France Génétique Porc, et Gâtine Viandes. Il s’intéresse à la qualité technologique de la viande de porc et de volaille et tout particulièrement à certains défauts touchant leur structure musculaire, à leur caractérisation et à la mise au point de stratégies correctrices afin d’en réduire leur incidence. Cette fiche dresse le bilan des travaux menés pour la viande de porc.
La viande de jambon de porc à l’état frais présente une proportion d’environ 20% d’un défaut de qualité dénommé « déstructuré». Lors de sa transformation en jambon cuit supérieur, le défaut se traduit par des rendements de cuisson et de tranchage dégradés mais aussi une texture dite « pommade » sur les produits remis au consommateur. Le tri sur le pH permet néanmoins d’écarter les jambons à risque, qui subissent une perte importante (30%) de leur valeur économique du fait de leur orientation vers des circuits de transformation moins valorisants. Les mécanismes et les gènes à l’origine de ce défaut de structure restent en grande partie inconnus à l’exception du gène majeur halothane HAL. Dans un contexte de limitation des apports en sels aggravant les défauts technologiques, l’amélioration de la qualité initiale des viandes devient primordiale. Ce projet vise à mobiliser les nouvelles avancées technologiques en termes analytiques (protéomique, métabolomique, microscopie biphotonique de seconde harmonique, imagerie moléculaire MALDI-TOF) pour identifier l’origine biochimique du défaut de déstructuration (volet 1). Les volets 2 et 3 se sont ensuite intéressés au développement de stratégies alimentaires susceptibles de réduire l’importance du défaut de structure et de valider ses solutions au niveau industriel.

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2020

Purebred and crossbred genomic evaluation and mate allocation strategies to exploit dominance in pig crossbreeding schemes

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David González-Diéguez (Inrae) et al., Genes Genomes Genetics (G3), 2020, volume 10, n° 8, 5 août, p. 2829-2841

We investigated the effectiveness of mate allocation strategies accounting for non-additive genetic effects to improve crossbred performance in a two-way crossbreeding scheme. We did this by computer simulation of 10 generations of evaluation and selection. QTL effects were simulated as correlated across purebreds and crossbreds, and (positive) heterosis was simulated as directional dominance. The purebred-crossbred correlation was 0.30 or 0.68 depending on the genetic variance component used. Dominance and additive marker effects were estimated simultaneously for purebreds and crossbreds by multiple trait genomic BLUP. Four scenarios that differ in the sources of information (only purebred data, or purebred and crossbred data) and mate allocation strategies (mating at random, minimizing expected future inbreeding, or maximizing the expected total genetic value of crossbred animals) were evaluated under different cases of genetic variance components. Selecting purebred animals for purebred performance yielded a response of 0.2 genetic standard deviations of the trait “crossbred performance” per generation, whereas selecting purebred animals for crossbred performance doubled the genetic response. Mate allocation strategy to maximize the expected total genetic value of crossbred descendants resulted in a slight increase (0.8%, 4% and 0.5% depending on the genetic variance components) of the crossbred performance. Purebred populations increased homozygosity, but the heterozygosity of the crossbreds remained constant. When purebred-crossbred genetic correlation is low, selecting purebred animals for crossbred performance using crossbred information is a more efficient strategy to exploit heterosis and increase performance at the crossbred commercial level, whereas mate allocation did not improve crossbred performance.

source : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7407463/pdf/2829.pdf

2020

Prospects for sustainability of pig production in relation to climate change and novel feed resources

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Wendy W Rauw (Inia, Madrid, Espagne) et al., Journal of the science of food and agriculture, 2020, volume 100, n° 9, juillet, p. 3575-3586

Pig production systems provide multiple benefits to humans. However, the global increase in meat consumption has profound consequences for our earth. This perspective describes two alternative scenarios for improving the sustainability of future pig production systems. The first scenario is a high input–high output system based on sustainable intensification, maximizing animal protein production efficiency on a limited land surface at the same time as minimizing environmental impacts. The second scenario is a reduced input–reduced output system based on selecting animals that are more robust to climate change and are better adapted to transform low quality feed (local feeds, feedstuff co‐products, food waste) into meat. However, in contrast to the first scenario, the latter scenario results in reduced predicted yields, reduced production efficiency and possibly increased costs to the consumer. National evaluation of the availability of local feed and feedstuff co‐product alternatives, determination of limits to feed sourced from international markets, available land for crop and livestock production, desired production levels, and a willingness to politically enforce policies through subsidies and/or penalties are some of the considerations to combine these two scenarios. Given future novel sustainable alternatives to livestock animal protein, it may become reasonable to move towards an added general premium price on ‘protein from livestock animals’ to the benefit of promoting higher incomes to farmers at the same time as covering the extra costs of, politically enforced, welfare of livestock animals in sustainable production systems. 

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/jsfa.10338
2020

Genetic determinism of boar taint and relationship with growth traits, meat quality and lesions

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C. Dugué (Inrae) et al., Animal, 2020, volume 14, n° 7, 1er juillet, p. 1333-1341

Breeding entire males is an alternative to surgical castration to improve their welfare. However, entire males may have a major quality defect called boar taint. Boar taint is partly due to the presence of androstenone in fat. In this study, we estimated the genetic parameters between androstenone and production traits to evaluate the consequences of selection against boar taint for traits of interest. We focused on growth traits, meat quality, lesions, hormone levels and computerised tomography measurements in purebred Piétrain (P) or Piétrain cross Large White (X) entire males. The number of measured animals varied from 670 P and 734 X for hormones concentrations to 553 P and 645 X for computerised tomography measurements. Skin lesions were measured on live pigs shortly after mixing, at the end of the fattening period, and on carcasses. Heritabilities of traits measured by tomography ranged from low to high: femur density (P: 0.34, X: 0.69), loin eye area (P: 0.53, X: 0.88) and loin eye density (P: 0.12, X: 0.18). The mean number of lesions at each stage was lower in purebred pigs than in crossbreds (entering the fattening stage 4.01 in P and 4.68 in X; before slaughter 3.72 in P and 4.22 in X; on carcass 4.50 in P and 4.96 in X). We also observed a decrease in the average number of lesions between the two stages in live pigs. We found high genetic correlations between stages in purebred pigs (0.74 to 0.76) but low correlations (−0.30 to 0.29) in crossbred pigs. Selection aiming to decrease fat androstenone is feasible ( h2 = 0.57 in P and h2 = 0.71 in X). It would have overall positive effects on meat production and quality traits. Selection aiming to reduce plasma oestradiol would strongly reduce the level of fat androstenone (rg = 0.89 in P and rg = 0.84 in X). Selection against oestradiol is easier and less invasive since it would only require a blood sample rather than a fat biopsy in live animals.

https://www.cambridge.org/core/services/aop-cambridge-core/content/view/8B114317EA6ABC332DE746DF180ED846/S1751731120000105a.pdf/genetic_determinism_of_boar_taint_and_relationship_with_growth_traits_meat_quality_and_lesions.pdf

2020

Whole-genome sequencing of European autochthonous and commercial pig breeds allows the detection of signatures of selection for adaptation of genetic resources to diferent breeding and production systems

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Samuele Bovo (Université de Bologna, Italie) et al.,Genetics Selection Evolution, 2020, volume 52, n° 1, juin, 19 pages

Background: Natural and artifcial directional selection in cosmopolitan and autochthonous pig breeds and wild boars have shaped their genomes and resulted in a reservoir of animal genetic diversity. Signatures of selection are the result of these selection events that have contributed to the adaptation of breeds to diferent environments and production systems. In this study, we analysed the genome variability of 19 European autochthonous pig breeds (Alentejana, Bísara, Majorcan Black, Basque, Gascon, Apulo-Calabrese, Casertana, Cinta Senese, Mora Romagnola, Nero Siciliano, Sarda, Krškopolje pig, Black Slavonian, Turopolje, Moravka, Swallow-Bellied Mangalitsa, Schwäbisch-Hällisches Schwein, Lithuanian indigenous wattle and Lithuanian White old type) from nine countries, three European com&‚09; mercial breeds (Italian Large White, Italian Landrace and Italian Duroc), and European wild boars, by mining wholegenome sequencing data obtained by using a DNA-pool sequencing approach. Signatures of selection were identi&‚09; fed by using a single-breed approach with two statistics [within-breed pooled heterozygosity (HP) and fxation index (FST)] and group-based FST approaches, which compare groups of breeds defned according to external traits and use/ specialization/type.
Results: We detected more than 22 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) across the 23 compared populations and identifed 359 chromosome regions showing signatures of selection. These regions harbour genes that are already known or new genes that are under selection and relevant for the domestication process in this species, and that afect several morphological and physiological traits (e.g. coat colours and patterns, body size, number of vertebrae and teats, ear size and conformation, reproductive traits, growth and fat deposition traits). Wild boar related 

source : https://gsejournal.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12711-020-00553-7.pdf

2020

Bilan d'activité de l'IFIP-Institut du porc en 2019

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Au Sommaire :

PDF icon bilan_ifip_2019_web.pdf
2020

Le Covid-19 affectera peu le commerce mondial du porc

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Jan-Peter Van Ferneij, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 278, mai, p. 6-7

Selon l’Ifip, le commerce mondial du porc pourrait être peu affecté à long terme par la crise du Covid-19. Même si, pour certains, la dépendance à l’égard des exportations ou des importations est désormais considérée comme une vulnérabilité.

PDF icon Jan-Peter Van Ferneij, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 278, mai, p. 6-7
2020

Bilan des échanges porcins français : amélioration du solde commercial

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Elsa Husson, Baromètre Porc (FRA), 2020, n° 508, mai, synthèse du mois, p. 8

L’intensification des importations chinoises en 2019 a permis d’améliorer la balance commerciale française en volume et en valeur. Stimulée par la demande internationale, la hausse du prix du porc à la production en France et dans le monde, a fait rebondir la valeur des exportations françaises. Néanmoins, le solde commercial des échanges français de porc reste déficitaire en valeur.

PDF icon Elsa Husson, Baromètre Porc (FRA), 2020, n° 508, mai, synthèse du mois, p. 8
2020

Le marché du porc britannique dans l'incertitude après le Brexit

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Elisa Husson, Réussir Porc/Tech Porc (FRA), 2020, n° 277, avril, p. 12-13

En février, le Royaume-Uni est officiellement sorti de l’Union européenne. Ce pays est un marché d’importance pour les exportateurs européens et les conséquences de ce retrait restent incertaines.

PDF icon Elisa Husson, Réussir Porc/Tech Porc (FRA), 2020, n° 277, avril, p. 12-13
2020

L'efficacité digestive est un caractère héritable

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Alban Bouquet, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 277, avril, p. 24-25

Une sélection sur l’aptitude des porcs à digérer permettrait de produire des animaux qui valorisent mieux les rations et qui s’adaptent à une plus grande diversité des matières premières.

PDF icon Alban Bouquet, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 277, avril, p. 24-25
2020

Arrêt de la sélection collective en France

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Joël Bidanel, directeur du pôle Génétique, Réussir Porc/Tech Porc, 2020, n° 277, avril, p. 10

Pour plus de lisibilité sur la scène internationale,...

PDF icon Joël Bidanel, directeur du pôle Génétique, Réussir Porc/Tech Porc, 2020, n° 277, avril, p. 10
2020

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