La base documentaire de l'IFIP

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Runs of homozygosity provide a genome landscape picture of inbreeding and genetic history of European autochthonous and commercial pig breeds

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Giuseppina Schiavo (Université de Bologne, Italie) et al., Animal Genetics, 2021, volume 52, n° 2, avril, p. 155-170

ROHs are long stretches of DNA homozygous at each polymorphic position. The proportion of genome covered by ROHs and their length are indicators of the level and origin of inbreeding. Frequent common ROHs within the same population define ROH islands and indicate hotspots of selection. In this work, we investigated ROHs in a total of 1131 pigs from 20 European local pig breeds and in three cosmopolitan breeds, genotyped with the GGP Porcine HD Genomic Profiler. plink software was used to identify ROHs. Size classes and genomic inbreeding parameters were evaluated. ROH islands were defined by evaluating different thresholds of homozygous SNP frequency. A functional overview of breed-specific ROH islands was obtained via over-representation analyses of GO biological processes. Mora Romagnola and Turopolje breeds had the largest proportions of genome covered with ROH (~1003 and ~955 Mb respectively), whereas Nero Siciliano and Sarda breeds had the lowest proportions (~207 and 247 Mb respectively). The highest proportion of long ROH (>16 Mb) was in Apulo-Calabrese, Mora Romagnola and Casertana. The largest number of ROH islands was identified in the Italian Landrace (n = 32), Cinta Senese (n = 26) and Lithuanian White Old Type (n = 22) breeds. Several ROH islands were in regions encompassing genes known to affect morphological traits. Comparative ROH structure analysis among breeds indicated the similar genetic structure of local breeds across Europe. This study contributed to understanding of the genetic history of the investigated pig breeds and provided information to manage these pig genetic resources.

source : https://zenodo.org/record/4575247/files/ROH_TREASURE_pig_breeds_Animal_Genetics_v23_OA.pdf

2021

Caractérisation génomique des races locales

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Marie-José Mercat, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 110

L’objectif du projet Caraloporc était de réaliser une caractérisation génomique des collections de semences de races locales de la Cryobanque Nationale (CBN) et de vérifier leur représentativité par rapport aux populations actuelles.

PDF icon Marie-José Mercat, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 110
2020

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 104

L’IFIP participe à l’encadrement du programme de conservation des ressources génétiques : gestion des animaux vivants et adhésion à la Cryobanque Nationale.

L’IFIP suit et gère la variabilité génétique intra-race des populations et l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection. L’IFIP anime le Ligéral, livres généalogiques des races locales.

Le Ligéral, agréé par le Ministère de l’Agriculture, détient les livres généalogiques des 6 races locales porcines : Pie Noir du Pays Basque, Bayeux, Gascon, Cul Noir Limousin, Blanc de l’Ouest et Nustrale.

PDF icon Herveline Lenoir, Bilan 2016, mai 2017, p. 104, fiche n° 64
2017

Conservation des ressources génétiques

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Fiche n° 069 : des actions de R&D pour répondre aux politiques publiques

L’IFIP contribue à la préservation des ressources génétiques des populations porcines, par l’encadrement qu’il apporte au programme de conservation
in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale). L’IFIP assure le suivi de la variabilité génétique intrarace et de l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection. L’IFIP participe au fonctionnement du Ligéral (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs). Le Ligéral est l’OSP agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

PDF icon fiche_bilan2015_069.pdf
2016

Analyse de la variabilité génétique des 6 races locales porcines / Analysis of genetic variability in 6 regional-heritage pig breeds

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Les Cahiers de l'IFIP, 2(1), 19-25 - La revue R&D de la filière porcine française

L’analyse de la variabilité génétique des six races locales de porcs, réalisée à partir des informations généalogiques disponibles, a été étudiée selon deux approches : estimation de la consanguinité et des probabilités d’origine des gènes. Pour ces populations fermées, l’augmentation de la consanguinité est inéluctable. La consanguinité moyenne des races locales est comprise entre 10,2 % pour le Blanc de l’Ouest et 21,8 % pour le Bayeux. Les coefficients de consanguinité observés mettent en avant une gestion efficace des accouplements sur les 10 dernières années. L’analyse des probabilités d’origine des gènes montre une relative stabilité de la variabilité génétique des races Basque, Bayeux et Limousin entre 2000 et 2013. Le porc Gascon a perdu un peu de diversité génétique entre 2000 et 2010 mais s’est stabilisé depuis. Pour le Blanc de l’Ouest, les chiffres de 2013 sont inquiétants, cependant la diminution de la taille de la population de référence et le faible nombre de portées peuvent expliquer ces résultats ; un nouveau bilan en 2015 s’impose. Les résultats pour la race Nustrale sont à considérer avec précaution car, dans cette race, une large partie des naissances n’est pas enregistrée dans la base de données. La réalisation régulière de ce type de bilan permet de limiter les dérives.

PDF icon version_francaise.pdf, PDF icon english_version.pdf
2015

Conservation des ressources génétiques : cryobanque nationale et appui aux races locales

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L’IFIP participe au programme de conservation des ressources génétiques in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale).

Ce programme vise à préserver la variabilité génétique intra-race et à limiter l’augmentation du taux de consanguinité tant pour les races locales que pour les races en sélection.
PDF icon Conservation des ressources génétiques : cryobanque nationale et appui aux races locales
2010

Gestion de la variabilité génétique au sein des populations collectives porcines : nouveaux outils et premières actions

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La variabilité génétique est un paramètre important à prendre en considération par les schémas de sélection. Cette diversité est à la base du progrès génétique à long terme et sa perte augmente la fréquence des anomalies génétiques et dégrade les performances techniques. Auparavant la variabilité était analysée annuellement au sein des quatre races collectives porcines. Depuis 2005, de nouveaux outils comme les bilans de consanguinité par élevage et les notes d’intérêt génétique (NIG) ont été mis en place. Ces outils permettent aux acteurs de la sélection un suivi et une maîtrise plus
PDF icon Gestion de la variabilité génétique au sein des populations collectives porcines : nouveaux outils et premières actions
2006