La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

RN gene polymorphism effects in a family-based scheme in French purebred pig populations

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The study was based on performance recording (with 23 meat quality traits) in progeny testing station of half-sib families composed of 50 offspring (castrates and females) from purbred sires. The aim of this scheme was to estimate, in French purebred pig populations, the effect  of polymorphisms. Data will be presented for 1,740 genotyped anmals belonging to 4 groups of breeds : LW (3 Large-White type populations), LF (French Landrace), D (3 Duroc populations) and CH (4 Chinese-European lines). Eight polymorphisms in RN (PRKG3) gene were analyzed : R200Q, V1991, G52S, K131R, P134L, T30N, V41I, L53P. No polymorphism was found for R200Q and L53P. Six haplotypes were defined with the remaining mutations. Effect of haplotypes was estimated with MIXED procedure (SAS software) with sex and slaughter date as fixed effects, mother and father as random effects and carcass weight as covariate. Most significant results were observed for pHSM (semi-membraneous pH 24 h post mortem) and MQI (Meat Quality Index combining pHSM, Minolta L* and water holding capacity both on gluteus superficialis) in LW, LF, and D, for drip loss in LW and LF and for color traits (Minolta L*, a*, b*) in LW, LF and CH. Results will be illustrated focusing on 2 meat quality traits (MQI, and drip loss) and 2 haplotypes. Haplotypic frequencies estimated on parents are 26% and 10% in LW, 64% and 20% in LF, 40% and 47% in D and 12% and 21% in CH for haplotype 1 and 2 respectively. haplotype 1 is favorable for the 2 considered traits. Regarding combinations of haplotypes, 11 is significantly better than 16 in LW, LF and D and even more than 66 in D. Estimated effects between 11 and 16 are between 0.2 and 0.8 phenotpic standard deviation; the highest being observed in LW. In D, differences between 11 and 66 animals are estimated to be 0.9 phenotypic standard deviation for MQI.

PDF icon eaap_mercat.pdf
2013

Génétique : les enjeux du contrôle de performances

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La sélection génomique ouvre la possibilité de sélectionner de nouveaux caractères. Son développement passera par la capacité que la recherche et les OSP auront à réaliser de nouvelles mesures. Pour se préparer à ces nouveaux enjeux, FG Porc* et l'Inra se mobilisent pour la création d'une nouvelle station de contrôle de performance, tout en consolidant l'expertise du contrôle en ferme.
*FG Porc (France Génétique Porc) regroupe les OSP ADN, GENE+, NUCLEUS et l'IFIP

PDF icon techporc_bidanel_n8_2012.pdf
2012

Détection de QTL avec la puce PorcineSNP60 pour les indicateurs de la qualité technologique de la viande dans une population Large White

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De nombreux locus à effets quantitatifs (QTL) ont été détectés à l’aide de marqueurs microsatellites chez le porc

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2012

Fine mapping of production and meat quality QTL in Large White pigs using the PorcineSNP60 Beadchip

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About 500 Large White pigs (106 sire families) were genotyped using the PorcineSNP60 Beadchip and controlled for feed intake, growth, carcass composition and meat quality. Of the 64,432 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) of the chip, 44,412 passed the quality control and were thus used for genome-wide association analyses (GWAS) with the FASTA method (individual effects of SNP and polygenic effect are estimated jointly). A total of 45 regions with significant effects (P<10-4) have been identified for SNP distributed on all chromosomes (SSC) except on SSC5 and SSC12.

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2012

Estimation, dans un dispositif familial issu des populations porcines françaises en sélection, de l’effet quantitatif de mutations dans des gènes majeurs et des gènes candidats

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L’étude repose sur le contrôle de performances en station (croissance, composition corporelle et qualité de viande) de familles composées d’une cinquantaine de descendants (mâles castrés et femelles) d’un même père de race pure. Ce dispositif a vocation à estimer, dans les populations porcines françaises en sélection, l’effet de mutations publiées dans la bibliographie, certaines parfois exploitées commercialement.
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2012

Cartographie fine de régions QTL à l'aide de la puce Porcine SNP60 pour l'ingestion, la croissance, la composition de la carcasse et la qualité de la viande en race Large White

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Près de 500 porcs Large White (106 familles de pères) ont été génotypés pour la puce PorcineSNP60 et contrôlés pour 21 caractères d’ingestion, de croissance, de composition de carcasse et de qualité de la viande. Sur les 64432 marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) de la puce, 44412 ont passé le contrôle qualité et ont donc été utilisés pour des analyses d’association avec la méthode FASTA (estimation conjointe des effets individuels des SNP et de l’effet polygénique).

PDF icon g2jrp44.pdf
2012

Biologie moléculaire et génomique : de nouveaux outils pour la sélection

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Les programmes de sélection animale reposent de plus en plus sur des données d’analyses moléculaires.

L’IFIP gère ces informations pour les organisations de sélection partenaires.

Il coordonne et assure le suivi de projets de recherche en génomique, à l’interface entre les professionnels de la sélection regroupés au sein de BIOPORC et les organismes de recherche.

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2011

Immunity Traits in Pigs: Substantial Genetic Variation and Limited Covariation

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Background: Increasing robustness via improvement of resistance to pathogens is a major selection objective in livestock breeding. As resistance traits are difficult or impossible to measure directly, potential indirect criteria are measures of immune traits (ITs). Our underlying hypothesis is that levels of ITs with no focus on specific pathogens define an individual’s immunocompetence and thus predict response to pathogens in general. Since variation in ITs depends on genetic, environmental and probably epigenetic factors, our aim was to estimate the relative importance of genetics.
2011

Deciphering the genetic control of innate and adaptive immune responses in pig: a combined genetic and genomic study

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Improving animal robustness and resistance to pathogens by adding health criteria in selection schemes is one of the challenging objectives of the next decade. In order to better understand the genetic control of immunity in French Large White pigs, we have launched a program combining genetic and genomic studies not focussing on any particular pathogen.
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2011

Sélection génomique : quelles perspectives réalistes chez le porc ?

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Méthode de sélection basée exclusivement sur des données moléculaires, la sélection génomique révolutionne actuellement la sélection laitière. Pour adapter cette méthode aux spécificités de la production porcine, un ambitieux programme de recherche, appelé Utopige, vient d’être lancé par Bioporc* et l’Inra. Ce programme intègre des mesures originales (comme l’analyse aux rayons X des carcasses) et surtout, tient compte de la production d’animaux issus de croisements entre différentes races.

* Bioporc regroupe ADN, Gène +, Nucléus, Pen Ar Lan, et l’Ifip.
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2011

Recherche de causes génétiques des anomalies congénitales majeures chez le porc

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Bien que la fréquence des anomalies congénitales soit relativement faible (environ 1%), leur impact en production porcine est significatif. Elles provoquent le plus souvent un mal‐être des animaux et une dépréciation des carcasses à l’abattoir induisant des pertes économiques. Les anomalies les plus courantes chez le porc sont les hernies inguinales/scrotales, la cryptorchidie et l’intersexualité.
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2011

Synthèse - La sélection génomique : principes et perspectives d'utilisation pour l'amélioration des populations porcines

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L’évaluation génomique est une nouvelle méthodologie d’estimation de la valeur génétique des animaux d’élevage. Son principe est de subdiviser le génome en un très grand nombre de segments chromosomiques (SC) déterminés par un ou plusieurs marqueurs SNP (Single Nucleotide Polyrphism), d’estimer l’effet de chacun de ces SC sur les caractères d’intérêt dans une population de référence (PR) phénotypée et génotypée pour ces marqueurs, puis de calculer la valeur génomique d’individus non phénotypés en sommant les effets estimés des SC portés par ces individus.
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2011

Décryptage du contrôle génétique des réponses immunitaires innées et adaptatives chez le porc Large White : une étude combinant des approches génétiques et fonctionnelles

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Un programme d'analyse fine du contrôle génétique de la réponse immunitaire (RI) combinant des approches génétiques et fonctionnelles a été développé. Plus de 400 animaux de race Large White mesurés pour des caractères de production ont été caractérisés pour un large éventail de paramètres de l'immunité trois semaines après vaccination contre Mycoplasma hyopneumoniae.
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2011

Genetic variability, structure and assignment of Spanish and French pig populations based on a large sampling

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The Spanish and French pig populations share the common practice of quasi systematic paternity control of pure breed and composite line males. Ten microsatellite markers are in common between Spain and France controls, among the 17 markers used in France and the 13 used in Spain. After the adjustment of allele sizes, it is possible to merge the two datasets and to obtain a set of 5791 animals, including the vast majority of the males in the Duroc, Landrace, Large White and Piétrain French and Spanish breeds. Twelve French composite lines are also available.
2010

Développement des outils de la sélection génomique

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L’IFIP coordonne et assure le suivi de projets de recherche sur le thème de la génomique, à l’interface entre les professionnels de la sélection regroupés au sein de BIOPORC et les organismes de recherche.

L’action est prioritairement conduite auprès des opérateurs responsables de la diffusion du progrès génétique, mais l’acquisition de nouvelles connaissances sur le génome de l’espèce porcine et le développement d’outils de sélection grâce à la génomique présentent un intérêt pour l’ensemble de la filière.
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2010

Deciphering the genetic control of innate and adaptive immune responses in pig: a combined genetic and genomic study

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Improving animal robustness and resistance to pathogens by adding health criteria in selection schemes is one of the challenging objectives of the next decade. In order to better understand the genetic control of immunity in French Large White pigs, we have launched a program combining genetic and genomic studies not focussing on any particular pathogen.
2010

DéLiSus : variabilité haplotypique et phénotypage haut-débit chez le porc

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Le projet DéLiSus est un projet intégré ayant pour but l'étude de la variabilité haplotypique du génome porcin à haute densité (puce SNP 60k). Les principales races francaises, et les races synthétiques dérivées détenues par les sélectionneurs de BIOPORC sont étudiées. Les animaux des races principales sont phénotypés au sein de la station de contrôle du Rheu. Outre les paramètres zootechniques détaillés et une analyse metabolomique du sérum, une mesure de paramètres de la réponse immune est réalisée sur certains animaux.
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2010

SwAn (Swine Anomalies) - Anomalies congénitales chez le porc : Cartographie fine des gènes sous-jacents. (2009-12)

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Les anomalies congénitales les plus courantes chez le porcelet sont les hernies (ombilicale, scrotale ou inguinale), la cryptorchidie, l’intersexualité. La fréquence d’animaux atteints est de 1 à 3% dans les populations commerciales porcines. En plus d’une perte économique directe, ces défauts ont un impact réel sur la santé et le bien-être des animaux. Certaines anomalies sont létales, d’autres nécessitent l’abattage des animaux. Pour toutes ces anomalies de nombreux arguments plaident en faveur d’un déterminisme génétique sous-jacent.
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2010

A genetic and functional analysis of innate and adaptive immunity in pigs

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2010

Effects of 6 QTL regions on growth carcass composition and meat quality traits in 65 pig sire families

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PDF icon Effects of 6 QTL regions on growth carcass composition and meat quality traits in 65 pig sire families
2010

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