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Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection des lignées de race pure

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Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87

Malgré l’utilisation prépondérante du croisement en production porcine, les outils de sélection n’exploitent que des performances d’animaux de race pure pour réaliser le choix des reproducteurs des lignées parentales. Pourtant, à l’étage de production, certains éleveurs enregistrent en routine les performances de reproduction des truies croisées pour la réalisation d’analyses technico-économiques. Ces données constituent donc un gisement important de nouvelles informations qui pourrait être mis à profit pour augmenter la précision des outils de sélection génomique. L’objectif de cette étude était donc d’évaluer les paramètres génétiques des performances de reproduction des truies croisées et leurs corrélations génétiques avec les caractères exprimés en race pure. Une étude de validation croisée a permis d’estimer le gain de précision des index génomiques obtenu par l’intégration de performances de truies croisées LW x LR dans l’évaluation génomique des critères de reproduction des 2 lignées parentales Landrace et Large White.

PDF icon Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87
2019

Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection en race pure de caractères de reproduction de la lignée maternelle Large White

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51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 309-314, par Raphaël Boré et al.

L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt des performances de reproduction de truies croisées Large White x Landrace pour l’évaluation génomique de la lignée maternelle Large White Français (LW). Les performances de 24 771 truies croisées (103 305 portées) ayant eu une carrière dans un élevage de production entre 2007 et 2017 ont été analysées conjointement avec les performances de 24 377 femelles LW de race pure utilisées sur la même période (69 415 portées). Deux caractères ont été considérés : le nombre de porcelets nés vivants (NbNv) et le nombre de mort-nés (NbMn). Les performances exprimées en race pure et en croisement ont été analysées comme deux caractères différents génétiquement corrélés. Les composantes de la variance de chaque caractère ont été estimées par Gibbs Sampling en remontant cinq générations de pedigree pour construire les matrices de parenté et en intégrant l’information génomique de 1 439 reproducteurs LW. Pour les deux caractères les héritabilités estimées sont faibles en race pure (h²NbNv=0,12 ± 0,01 et h²NbMn=0,11 ±0,01%-) et en croisement (h²NbNv=0,07 ± 0,01 et h²NbMn=0,06 ± 0,01). Des corrélations génétiques élevées (rg > 0,90) ont été estimées entre la performance exprimée en race pure et en croisement. Ce résultat confirme que le progrès génétique cumulé dans le schéma de sélection de race pure est pour l’essentiel transféré à la truie croisée sur les critères de reproduction. Une étude de validation croisée suggère que l’intégration de cet échantillon de performances en croisement dans l’évaluation génomique de race pure permettrait d’obtenir un gain de fiabilité (CD) modéré des index génomiques des candidats à la sélection. Ce gain de CD d’environ 2 points de pourcentage correspondrait à une augmentation de 10% de la fiabilité actuelle des index.

Interest of crossbred sow performance for the selection of reproduction traits in the purebred Large White maternal line

The objective of this study was to evaluate benefits of use of Large White x Landrace sow reproduction performance for genomic evaluation of the French Large White (LW) dam line. The performances of 24 771 crossbred sows (103 305 litters) used on production farms from 2007-2017 were analysed along with those of 24 377 purebred LW sows used during the same period (69 415 litters). Two traits were considered: the number of live born piglets (NbNv) and the number of stillbirths (NbMn). The purebred and crossbred performances were analysed as two different traits that are genetically correlated. Variance components were estimated for each breed by Gibbs Sampling using five generations of pedigree to construct relationship matrices and integrate the genomic information of 1 439 LW breeding animals. Estimated heritabilities were low for purebred (h²NbNv= 0.12 ± 0.01 and h²NbMn=0.11 ± 0.01) and crossbred performances (h²NbNv= 0.07 ± 0.01 and h²NbMn=0.06 ± 0.01). For both traits, high genetic correlations (rg > 0.90) were estimated between purebred and crossbred performances. This result confirms that most of the genetic progress cumulated in purebred parental lines should be transferred to the crossbred sows. A cross-validation study suggested that integration of crossbred performances into the purebred genomic evaluation could provide a slight increase in reliability of the genomic indices for selection candidates. This increase in index reliability of approximately 2 points of percentage would correspond to a 10% increase compared to the current reliability of the indices.

2019

Genomic data reveals large similarities among Canadian and French maternal pig lines

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Raphaël Boré et al., Canadian Journal of Animal Science, volume 98, n° 4, décembre, p. 809-817

Combiner des populations de référence provenant de différents pays ou de différentes races peut être un moyen abordable d’agrandissement de la taille de la population de référence pour les prédictions génomiques. Par conséquent, les principaux objectifs de cette étude sont d’évaluer la diversité génomique entre et au sein des deux races porcines françaises et canadiennes (Landrace et Yorkshire) ainsi que l’apparentement des populations afin d’évaluer la faisabilité de combiner les populations de référence des deux pays en une population de référence commune pour la sélection génomique porcine. Un total de 14,756 animaux ont été génotypés sur deux puces à ADN commerciales (~ 65K SNPs). L’analyse en composantes principales discrimine clairement les deux races Landrace et Yorkshire, et dans une moindre mesure les populations de chacun des deux pays. Le déséquilibre de liaison (LD) entre les SNPs adjacents est similaire dans les populations Yorkshire. En revanche, les niveaux de LD sont légèrement différents pour les populations Landrace. La persistance de phase gamétique entre les populations Yorkshire est très élevée (0.96 à une distance de 0.05 Mb) et élevée entre les populations Landrace (0.88 à une distance de 0.05 Mb). Ces persistances de phase gamétique élevées suggèrent que les lignées maternelles canadiennes et françaises sont génétiquement proches les unes des autres. Ces résultats sont prometteurs et indiquent que la précision des valeurs génomiques estimées pourrait augmenter avec une population de référence commune entre le Canada et la France.

https://www.nrcresearchpress.com/doi/pdf/10.1139/cjas-2017-0103

Genomic data reveals large similarities among Canadian and French maternal pig lines

Combining reference populations from different countries and breeds could be an affordable way to enlarge the size of the reference populations for genomic prediction of breeding values. Therefore, the main objectives of this study were to assess the genetic diversity within and between two Canadian and French pig breeds (Landrace and Yorkshire) and the genomic relatedness among populations in order to evaluate the feasibility of an across-country reference population for pig genomic selection. A total of 14,756 pigs were genotyped on two SNP chip panels (~65K SNPs). A principal component analysis clearly discriminated Landrace and Yorkshire breeds, and also, but to a lesser extent, the Canadian and French purebred pigs of each breed. Linkage disequilibrium (LD) between adjacent SNPs was similar within Yorkshire populations. However, levels of LD were slightly different for Landrace populations. The consistency of gametic phase was very high between Yorkshire populations (0.96 at 0.05 Mb) and high for Landrace (0.88 at 0.05 Mb). Based on consistency of gametic phase, Canadian and French pig maternal lines are genetically close to each other.
These results are promising, as they indicate that the accuracy of estimated genomic breeding values may increase by combining reference populations from the two countries.

https://www.nrcresearchpress.com/doi/pdf/10.1139/cjas-2017-0103

2018