La base documentaire de l'IFIP

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An online phenotype database: first step towards breeding programs in local pig breeds

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Marie-José Mercat et al., 69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, le 27-31 août 2018, visuels d'intervention

In order to further allow implementation of breeding programs in local pig breeds, with selection objectives defined for each local breed, we aimed at developing a standardised recording of carcass and meat quality traits. These data have to be connected with herdbooks to estimate genetic parameters of the traits (heritabilities and genetic correlations) which are necessary to define breeding objectives. Today the situation is very different from one local breed to another. No or very few phenotypes are recorded in some of them, while breeding programs already exist for a few breeds. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed in the frame of the TREASURE project. First, the required variables have been collected for six local breeds: Basque (FR), Bísaro (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopoljski (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total 74 variables have been identified dealing with animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers used in the different countries: animal IDs, breed, farm… codifications. Major attention has been paid to the description of measurement methods of traits. Thus, each carcass and meat quality phenotype is associated to a method description representing 35 additional variables. The website can be easily translated into several languages. The website and database are currently on test until the end of the TREASURE project. All the breeds studied in TREASURE are free to use these tools. The database can be duplicated so that each partner can host its own data. Funded by European Union H2020 RIA program (grant agreement no. 634476).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 69th EAAP, Dubrovnik, Croatie, le 27-31 août 2018
2018

Analyse de la variabilité génétique des 6 races locales porcines / Analysis of genetic variability in 6 regional-heritage pig breeds

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Les Cahiers de l'IFIP, 2(1), 19-25 - La revue R&D de la filière porcine française

L’analyse de la variabilité génétique des six races locales de porcs, réalisée à partir des informations généalogiques disponibles, a été étudiée selon deux approches : estimation de la consanguinité et des probabilités d’origine des gènes. Pour ces populations fermées, l’augmentation de la consanguinité est inéluctable. La consanguinité moyenne des races locales est comprise entre 10,2 % pour le Blanc de l’Ouest et 21,8 % pour le Bayeux. Les coefficients de consanguinité observés mettent en avant une gestion efficace des accouplements sur les 10 dernières années. L’analyse des probabilités d’origine des gènes montre une relative stabilité de la variabilité génétique des races Basque, Bayeux et Limousin entre 2000 et 2013. Le porc Gascon a perdu un peu de diversité génétique entre 2000 et 2010 mais s’est stabilisé depuis. Pour le Blanc de l’Ouest, les chiffres de 2013 sont inquiétants, cependant la diminution de la taille de la population de référence et le faible nombre de portées peuvent expliquer ces résultats ; un nouveau bilan en 2015 s’impose. Les résultats pour la race Nustrale sont à considérer avec précaution car, dans cette race, une large partie des naissances n’est pas enregistrée dans la base de données. La réalisation régulière de ce type de bilan permet de limiter les dérives.

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2015

Analyse de la variabilité génétique des races porcines collectives et des races locales en conservation à partir de l'information généalogique

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L’analyse généalogique de quatre races porcines en sélection (Large White lignée femelle, Large White lignée mâle, Landrace français et Piétrain) et de cinq races locales en conservation (Basque, Gascon, Blanc de l’Ouest, Limousin et Bayeux) a été réalisée à partir de l’étude des pédigrees.
PDF icon Analyse de la variabilité génétique des races porcines collectives et des races locales en conservation à partir de l'information généalogique
2001

Basque pig

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Marie José Mercat et al., In: Candek-Potokar M et Nieto R, European local breeds – Diversity and performance. A study of project Treasure, ed. IntechOpen, 2019, p. 81-88

Local pig breeds are adapted to the specific local environment and fed with various locally available feedstuffs. Besides their genetic merit for agro-biodiversity, they represent the basis for sustainable local pork chains. The present chapter aims to present history and current status of the Basque pig breed, its exterior phenotypic characteristics, geographical location, production system and main products. This French autochthonous breed of pigs, which almost disappeared few decades ago, seems now consolidated, thanks to a chain organization and recognised high-quality products (Protected Designation of Origin).
Reproductive performance data reviewed from the literature and estimated from the LIGERAL database (herdbook) are presented. Available data on production traits including growth (early, middle, late and overall growth), feed intake, body composition and carcass traits are also summarized. Meat quality traits (pH, colour, intramuscular fat content and fatty acid composition) and back fat tissue characteristics (fatty acid profile) are also described. Studies on the Basque pig breed are scarce. Different production systems, feeding regimes and feed composition used among studies can explain differences observed between studies, especially for productive traits. However, the current review gives insight into the reproduction, production and carcass and meat quality traits of this local pig breed.

https://www.intechopen.com/chapter/pdf-download/65352

2019

Bilan des effectifs, des performances de reproduction et de la variabilité génétique des 6 races locales

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Les données extraites de la base informatique du LIGERAL permettent de dresser un bilan sur les 10 dernières années tant sur les effectifs, les performances de reproduction que sur la variabilité génétique des 6 races locales porcines françaises agréées. Concernant les évolutions du cheptel, les races Gasconne et Basque se distinguent par leur fort développement alors que les races Bayeux, Limousine et Porc Blanc de l'Ouest affichent une légère baisse. La race Nustrale, récemment agréée, présente des effectifs intermédiaires.
PDF icon Bilan des effectifs, des performances de reproduction et de la variabilité génétique des 6 races locales
2008

Caractérisation génomique des races locales

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Marie-José Mercat, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 110

L’objectif du projet Caraloporc était de réaliser une caractérisation génomique des collections de semences de races locales de la Cryobanque Nationale (CBN) et de vérifier leur représentativité par rapport aux populations actuelles.

PDF icon Marie-José Mercat, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 110
2020

Caractérisation génomique des races locales porcines et de leurs semences stockées en Cryobanque Nationale

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Marie-José Mercat et al., 52e Journée de la Recherche Porcine, 4 et 5 février 2020, Paris, p. 1-6

Des semences de races locales porcines sont conservées dans la Cryobanque Nationale (CBN) sous forme de pellets (59 verrats) ou de paillettes (78 verrats). Elles ont vocation à servir aux programmes de conservation. Une caractérisation génomique des collections de la CBN d’une part et d’animaux récents (240 animaux) d’autre part est réalisée par génotypage (puce 70K). Les races Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest et Nustrale sont ainsi étudiées sur trois périodes : années de naissance moyennes 1986 (pellets), 1998 (paillettes) et 2014 (animaux récents). L’analyse multidimensionnelle des données de génotypage montre un regroupement des animaux par race. Quelques erreurs de traçabilité des semences les plus anciennes (pellets) sont décelées. L’apparentement génomique moyen entre les animaux d’une même race est le plus faible en race Nustrale et le plus élevé en race Basque. Dans les échantillonnages d’animaux récents, l’absence de certains allèles trouvés dans l’ADN des semences plus anciennes souligne l’intérêt de la CBN. L’évolution dans le temps du statut halothane des races locales diffère en fonction des pratiques régulières ou non de génotypage. Enfin, la consanguinité génomique (FROH) des animaux, définie comme la proportion de génome dans des segments chromosomiques homozygotes, est estimée. La race Bayeux, considérée comme la plus consanguine sur la base des pedigrees, se positionne dans une situation plus favorable que les races Basque et Cul Noir Limousin au niveau génomique. Des valeurs de FROH supérieures à 0,22 semblent associées à des échecs de reproduction plus fréquents avec les semences de la CBN. Grâce à cette caractérisation, le choix des semences de la CBN à utiliser peut désormais reposer sur de nouveaux critères génomiques.

ENG

Genomic characterisation of local pig breeds and of their semen stocked in the national gene bank

Local pig breed semen is maintained in a National Gene Bank (NGB) in pellets (59 boars) or straws (78 boars) to be used in preservation programs. A genomic characterisation both of the NGB collections and of recent animals (240 animals) has been performed through genotyping (70K chip). The Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest and Nustrale breeds were thus studied for three average birth periods: 1986 (pellets), 1998 (straws) and 2014 (recent animals). Multidimensional analysis of genotyping data shows a clustering of animals by breed. Some traceability errors were detected with the oldest semen (pellets). Average genomic relatedness between animals of the same breed was the lowest in the Nustrale and highest in the Basque breed. Some of the alleles found on NGB semen DNA were no longer present in the recent animal samples, stressing the value of the NGB. Over time evolution of the halothane status of the breeds differs according to the regular genotyping practise. Lastly, genomic inbreeding (FROH), defined as the proportion of the genome in homozygote chromosomal segments, was estimated. The Bayeux breed, which is viewed as the most inbred based on pedigrees, is in a more favourable position than the Basque and the Cul Noir Limousin breeds at the genomic level. FROH values greater than 0.22 seemed to be associated with more frequent reproductive failure when using NGB semen. Because of this characterisation, the use of NGB semen can now rely on new genomic criteria.

PDF icon Marie-José Mercat et al., 52e Journée de la Recherche Porcine, 4 et 5 février 2020, Paris, p. 1-6
2020

Comparaison au Large White de quatre races locales porcines françaises pour les performances de croissance, de carcasse et de qualité de viande

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Le but de cette étude est de comparer les performances de croissance, carcasse et qualité de la viande de quatre races porcines locales (Gasconne, Basque, Limousine et Blanc de l’Ouest) par rapport à un témoin Large-White. Cette comparaison a été effectuée dans deux conditions d’élevages différentes et pour deux poids d’abattage (100 et 150 kg).

Après engraissement, un tiers des animaux ont été abattus à 100 kg. Les autres ont été répartis entre deux types de finition - semi-claustration ou extensive - et ont été abattus vers un poids de 150 kg.
PDF icon Comparaison au Large White de quatre races locales porcines françaises pour les performances de croissance, de carcasse et de qualité de viande
2000

Conservation des races locales

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Fiche n° 82 : Contribution aux politiques publiques

L’IFIP contribue au programme de conservation des ressources génétiques in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale) notamment en veillant à la variabilité génétique intra-race et en limitant l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP apporte son soutien à l’animation et au fonctionnement du LIGERAL (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs). Le LIGERAL a reçu l’agrément du Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des six races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

PDF icon fiche_bilan2013_82.pdf
2014

Conservation des ressources génétiques

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Fiche n° 069 : des actions de R&D pour répondre aux politiques publiques

L’IFIP contribue à la préservation des ressources génétiques des populations porcines, par l’encadrement qu’il apporte au programme de conservation
in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale). L’IFIP assure le suivi de la variabilité génétique intrarace et de l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection. L’IFIP participe au fonctionnement du Ligéral (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs). Le Ligéral est l’OSP agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

PDF icon fiche_bilan2015_069.pdf
2016

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 104

L’IFIP participe à l’encadrement du programme de conservation des ressources génétiques : gestion des animaux vivants et adhésion à la Cryobanque Nationale.

L’IFIP suit et gère la variabilité génétique intra-race des populations et l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection. L’IFIP anime le Ligéral, livres généalogiques des races locales.

Le Ligéral, agréé par le Ministère de l’Agriculture, détient les livres généalogiques des 6 races locales porcines : Pie Noir du Pays Basque, Bayeux, Gascon, Cul Noir Limousin, Blanc de l’Ouest et Nustrale.

PDF icon Herveline Lenoir, Bilan 2016, mai 2017, p. 104, fiche n° 64
2017

Conservation des ressources génétiques : cryobanque nationale et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 89-90

Le programme de conservation des races locales porcines est destiné à suivre les races Porc Pie Noir du Pays Basque, Porc de Bayeux, Porc Gascon, Porc Cul Noir Limousin, Porc Blanc de l’Ouest et Porc Nustrale.
L’IFIP intervient dans la réalisation et la mise en place de ce programme à 2 niveaux : in situ en suivant les animaux présents en élevage et ex situ en adhérant au GIS Cryobanque Nationale.
L’IFIP contribue également à évaluer la gestion de la variabilité génétique intra-race des populations et calculer l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP est en charge de l’animation de l’association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs : LIGERAL.
Ce dernier est agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture comme organisme de sélection porcine pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines.
PDF icon Herveline Lenoir, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 89-90
2019

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales

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Fiche n° 024 : contribution aux politiques publiques

L’IFIP participe au programme de conservation des ressources génétiques in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale) par un suivi de la variabilité génétique intra-race et de l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP apporte son soutien technique pour le fonctionnement du LIGERAL (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs).
Le LIGERAL est agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

PDF icon fiche_bilan2014_024.pdf
2015

Conservation des ressources génétiques : cryobanque nationale et appui aux races locales

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L’IFIP participe au programme de conservation des ressources génétiques in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale).

Ce programme vise à préserver la variabilité génétique intra-race et à limiter l’augmentation du taux de consanguinité tant pour les races locales que pour les races en sélection.
PDF icon Conservation des ressources génétiques : cryobanque nationale et appui aux races locales
2010

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 54-55

Dans le cadre du suivi de la gestion des ressources génétiques, l’IFIP veille à la mise en place et à la réalisation du programme de conservation des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.
Ce programme est axé sur la gestion des animaux vivants mais possède également une orientation ex situ avec l’adhésion au GIS Cryobanque Nationale. Par ailleurs, l’IFIP apporte sa contribution pour évaluer la gestion de la variabilité génétique intra-race des populations et calculer l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.

L’IFIP anime le Ligéral qui est l’association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs. Le Ligéral est l’organisme de sélection porcine qui a été agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour tenir les livres généalogiques des six races locales porcines.

PDF icon Herveline Lenoir, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 54-55, fiche n° 25
2018

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales

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L’IFIP contribue au bon déroulement du programme de conservation des ressources génétiques in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale).

Ce programme a pour objectif de préserver la variabilité génétique intra-race et de limiter l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.

L’IFIP apporte également son appui à l’Association des Livres Généalogiques Collectifs des Races Locales de porcs (LIGERAL).
PDF icon Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales
2011

Conservation des ressources génétiques et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 109

L’Ifip contribue à la gestion des ressources génétiques porcines et à l’encadrement des programmes de conservation des races locales. Il accompagne les programmes des races Pie Noir du Pays Basque, Bayeux, Gascon, Cul Noir Limousin, Blanc de l’Ouest et Nustrale, : suivi des reproducteurs en élevage et participation à la Cryobanque Nationale. L’Ifip gère la variabilité génétique intra-race des populations et la consanguinité des populations porcines. L’animation du Ligéral, association des livres généalogiques collectifs des 6 races locales de porcs, organisme de sélection porcine agréé par le Ministère de l’Agriculture, est assurée par l’Ifip.

PDF icon Herveline Lenoir, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 109
2020

Consumers' expectations and liking of traditional and innovative pork products from European autochthonous pig breeds

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Mauro Vitale (IRTA, Monells, Espagne) et al., Meat Science, 2020, volume 168, octobre, p. 108-179

The aim of the study was to ascertain the acceptability of Traditional (T) and Innovative (IT) pork products by European consumers considering also the influence of the sensory properties. The tests were performed in Barcelona, Bologna, Toulouse and Zagreb, with products from autochthonous pig breeds Porc Negre Mallorquí (patties), Cinta Senese (dry-fermented sausages), Gascon-Noir de Bigorre (dry-cured hams) and Turopolje (dry-cured hams), respectively. The methodological approach relied on the expectancy-disconfirmation model and the assimilation theory (blind, expected and informed tests). All consumers had a similar behaviour: higher expectations of T and IT differentiating them significantly from the remaining products, except in Barcelona test, because consumers in this city were not acquainted with the production system. Innovation in T products focusing on healthy and process innovation highlighted the need to provide information about the breed and the production system, but we can conclude that the sensory quality had a significant role on the preferences of consumers.

2020

Cryobanque nationale et appui aux races locales

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L’IFIP participe au programme de conservation des ressources génétiques par la gestion des animaux vivants et en adhérant au GIS Cryobanque Nationale.

PDF icon bilan_2012web_62.pdf
2013

Des résultats variables dans l'utilisation de semence congelée chez les races locales porcines

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Marie-José Mercat et al., La Lettre de La Cryobanque Nationale (FRA), 2018, n° 13, juillet, 2 pages

L'insémination animale (IA) est très peu utilisée en races locales porcines. En dehors de la race Basque, elle se limite aux programmes de décongélation des semences de la Cryobanque Nationale (CBN) : doses en pellets ou en paillettes congelées il y a une trentaine ou une vingtaine d’années respectivement. A la décongélation, peu de spermatozoïdes sont mobiles dans les pellets. Aussi, nos prédécesseurs ont-ils été visionnaires et volontaires de mettre en place ces stocks qui ont tout de même déjà donné naissance à quelques porcelets de races locales. La congélation en paillettes a constitué une amélioration technique significative. Bien que peu pratiquée, y compris en sélection, l’IA avec des paillettes donne désormais des performances de reproduction satisfaisantes.

2018

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