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Complete genome sequence of Salmonella enterica subsp. enterica Serotype Derby, associated with the pork sector in France

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Yann Sévellec et al., Microbiology Resource Announcements, volume 7, n° 12, septembre, 4 pages

In the European Union, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby is the most abundant serotype isolated from pork. Recent studies have shown that this serotype is polyphyletic. However, one main genomic lineage, characterized by sequence type 40 (ST40), the presence of the Salmonella pathogenicity island 23, and showing resistance to streptomycin, sulphonamides, and tetracycline (STR-SSS-TET), is pork associated. Here, we describe the complete genome sequence of a strain from this lineage isolated in France.

2018

Plus de flexibilité pour les transformateurs à la ferme

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Arnaud Bozec, Réussir Porc  - Tech Porc (FRA), 2018, n°263, novembre, p.14

La réglementation sanitaire pour les ateliers de transformation à la ferme va évoluer fin 2018...

PDF icon Arnaud Bozec, Réussir Porc-Tech Porc (FRA), 2018, n°263, novembre, p.14
2018

Population Genetic Structure of Listeria monocytogenes Strains Isolated From the Pig and Pork Production Chain in France

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Benjamin Félix (Anses) et al., Frontiers in Microbiology, 2018, n° 9, 6 avril, 11 pages

Listeria monocytogenes is an ubiquitous pathogenic bacterium, transmissible to humans through the consumption of contaminated food. The pork production sector has been hit hard by a series of L. monocytogenes-related food poisoning outbreaks in France. An overview of the diversity of strains circulating at all levels of the pork production chain, from pig farming (PF) to finished food products (FFP), is needed to identify the contamination routes and improve food safety. Until now, no typing data has been available on strains isolated across the entire pig and pork production chain. Here, we analyzed the population genetic structure of 687 L. monocytogenes strains isolated over the last 20 years in virtually all the French départements from three compartments of this production sector: PF, the food processing environment (FPE), and FFP. The genetic structure was described based on Multilocus sequence typing (MLST) clonal complexes (CCs). The CCs were obtained by mapping the PFGE profiles of the strains. The distribution of CCs was compared firstly between the three compartments and then with CCs obtained from 1106 strains isolated from other food production sectors in France. The predominant CCs of pig and pork strains were not equally distributed among the three compartments: the CC37, CC59, and CC77 strains, rarely found in FPE and FFP, were prevalent in PF. The two most prevalent CCs in the FPE and FFP compartments, CC9 and CC121, were rarely or never detected in PF. No CC was exclusively associated with the pork sector. Three CCs (CC5, CC6, and CC2) were considered ubiquitous, because they were observed in comparable proportions in all food production sectors. The two most prevalent CCs in all sectors were CC9 and CC121, but their distribution was disparate. CC9 was associated with meat products and food products combining several food categories, whereas CC121 was not associated with any given sector. Based on these results, CC121 is likely able to colonize a larger diversity of food products than CC9. Both CCs being associated with the food production suggests, that certain processing steps, such as slaughtering or stabilization treatments, favor their settlement and the recontamination of the food produced. 

2018

Selection procedure of bioprotective cultures for their combined use with High Pressure Processing to control spore-forming bacteria in cooked ham.

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Mihanta Ramaroson et al., International journal of food microbiology, 2018, voluime 276, 2 juillet, p. 28-38

High Pressure Processing (HPP) and biopreservation can contribute to food safety by inactivation of bacterial contaminants. However these treatments are inefficient against bacterial endospores. Moreover, HPP can induce spore germination. The objective of this study was to select lactic acid bacteria strains to be used as bioprotective cultures, to control vegetative cells of spore-forming bacteria in ham after application of HPP. A collection of 63 strains of various origins was screened for their antagonistic activity against spore-forming Bacillus and Clostridium species and their ability to resist to HPP. Some safety requirements should also be considered prior to their introduction into the food chain. Hence, the selection steps included the assessment of biogenic amine production and antibiotic resistance. No strain produced histamine above the threshold detection level of 50 ppm. From the assessment of antibiotic resistance against nine antibiotics, 14 susceptible strains were kept. Antagonistic action of the 14 strains was then assessed by the well diffusion method against pathogenic or spoilage spore-forming species as Bacillus cereusClostridium sp. like botulinum, Clostridium frigidicarnis, and Clostridium algidicarnis. One Lactobacillus curvatus strain and one Lactococcus lactis strain were ultimately selected for their widest inhibitory spectrum and their potential production of bacteriocin. A Lactobacillus plantarum strain was included as control. Their resistance to HPP and ability to regrow during chilled storage was then assessed in model ham liquid medium. Treatments of pressure intensities of 400, 500, and 600 MPa, and durations of 1, 3, 6, and 10 min were applied. After treatment, cultures were incubated at 8 °C during 30 days. Inactivation curves were then fitted by using a reparameterized Weibull model whereas growth curves were modelled with a logistic model. Although the two Lactobacillus strains were more resistant than L. lactis to HPP, the latter was the only strain able to regrow following HPP. The absence of biogenic amine production of this strain after growth on diced cube cooked ham was also shown. In conclusion this L. lactis strain could be selected as representing the best candidate for a promising preservative treatment combining biopreservation and HPP to control spore-forming bacteria in cooked ham.

 
2018

Validation de l’utilisation des éponges sur carcasses pour vérifi er le respect des critères d’hygiène des procédés et le pilotage de l’hygiène

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Alain Le Roux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 85

De nombreuses études ont été publiées ces dernières décennies sur la comparaison des méthodes destructives et non destructives pour l’analyse de la contamination microbiologique de surface des carcasses. Le Règlement Européen 2073/2005 impose aux opérateurs de respecter les critères d’hygiène des procédés, définis pour les carcasses de bovins (BV), d’ovins (OV) et de porcins (PC) en termes de log moyen quotidien (LMQ) de nombre de colonies aérobies (FAM) et d’entérobactéries (ENT), calculé sur 5 carcasses prélevées le même jour. Bien que ces limites réglementaires
s’appliquent uniquement aux carcasses prélevées par excision, d’autres méthodes de prélèvement peuvent être utilisées s’il est démontré, à la satisfaction de l’autorité compétente, qu’elles fournissent des garanties au moins équivalentes. En France, depuis 20 ans, la méthode de prélèvement par excision est la méthode de référence. Les entreprises des filières viandes s’interrogent sur l’utilisation de cette méthode non destructive pour réaliser également les dénombrements de FAM et ENT. Cette étude a ainsi été conçue pour pouvoir évaluer sur carcasses de bovins, ovins et porcins, l’impact de la méthode par éponge sur le calcul des critères d’hygiène des procédés réglementaires, comparativement à la méthode de référence par excision.

PDF icon Alain Le Roux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 85, fiche n° 47
2018

Impact de sel nitrité ou de bouillon de nitrate fermenté sur la croissance de germes dans le jambon cuit

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Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 78

Le nitrite en tant qu’additif, contribue à la sécurité microbiologique, à la saveur, la couleur et à la stabilité antioxydative des produits à base de viande. Pour certaines charcuteries vulnérables sur le plan microbiologique comme le jambon cuit, son utilisation combinée à celle du sel (chlorure de sodium, NaCl) permet de garantir un niveau de sécurité suffisant, notamment vis-à-vis de C. botulinum. Deux procédés sont aujourd’hui employés pour incorporer du nitrite dans le jambon cuit. Il peut être introduit directement dans la saumure sous forme de sel nitrité (sel ordinaire + nitrite de sodium NaNO2, E250 ou de potassium KNO2, E249) ou généré en cours de procédé à partir de nitrate d’un bouillon de légumes fermenté par une flore technologique inoculée volontairement.
Cette étude visait à caractériser les fonctionnalités de conservation et sensorielle du nitrite d’origine fermentaire en comparaison au sel nitrité. Pour cela, différentes teneurs en nitrite et en NaCl ont été combinées, et leurs impacts étudiés vis-à-vis du devenir de germes d’intérêt (pathogène ou d’altération) durant la fabrication et la conservation du jambon cuit. Une analyse sensorielle des jambons issus des différentes formulations a en parallèle été réalisée par un panel d’experts IFIP.

PDF icon Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 78, fiche n° 41
2018

Prévalence des Staphylococcus aureus résistants à la méticilline (SARM) sur carcasses de porc en abattoirs

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Carole Feurer, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 82-83

En France en 2015, l’agent responsable de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) le plus fréquemment suspecté ou avéré était l’entérotoxine staphylococcique (33% des 1 390 foyers de TIAC) (InVS, 2015).
Staphylococcus aureus appartient au groupe des staphylocoques à coagulase positive (SCP), pathogènes pour l’Homme. S. aureus est un germe commensal de la peau et des muqueuses de l’homme et de la plupart des animaux.
Staphylococcus aureus peut être considéré comme un agent zoonotique, cependant les souches isolées lors d’intoxinations ont très majoritairement une origine humaine (contamination de l’aliment par l’homme au cours du procédé ou lors de sa préparation avant consommation) (Anses, 2011). Le rôle pathogène de S. aureus est lié à la production d’entérotoxines (ES) staphylococciques. Vingt-six ES (SEA à SEY) ont été décrites et sont toutes hautement toxiques.
Il existe un Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM), ce variant est pratiquement résistant à toutes les bétalactamines.
En France, les résultats des différentes enquêtes disponibles montrent que les porcs sont d’importants réservoirs de souches de SARM.
En 2014, une étude menée par l’Ifip a montré que dans un abattoir, sur 189 carcasses prélevées par chiffonnage d’une demi-carcasse (1 m²) avant entrée en découpe, réparties sur 10 journées d’abattage, les staphylocoques à coagulase positive (SCP) étaient dénombrés sur 43,4% [36,5 - 50,5] des carcasses, avec des nombres très faibles compris entre 0,01 et 2 UFC/cm2. Cependant, les souches isolées n’ont pas été caractérisées pour leur appartenance à l’espèce S. aureus ni leur capacité de production d’entérotoxines.
Les SARM étaient quant à eux isolés sur 87,3% [82 - 91,5] des carcasses. La très forte fréquence de SCP et de SARM observée sur carcasse dans cet abattoir nous a amené à nous interroger sur l’origine de cette contamination : liée à un portage cutané ou à des contaminations croisées localisées lors de la manipulation des têtes en sortie de réfrigération.
Ces résultats préliminaires nécessitaient d’être confirmés dans un plus grand nombre d’abattoirs.
Ainsi ce projet visait à déterminer le taux de prévalence de SCP et SARM sur carcasses en fin de chaîne d’abattage, avant réfrigération dans 4 abattoirs afin de consolider les résultats obtenus dans un seul abattoir.
Il visait également à caractériser les souches de SCP isolées pour : (1) leur appartenance à l’espèce S. aureus et (2) leur capacité de production d’entérotoxines, afin de confirmer le risque d’intoxination lié à la présence de Staphylococcus aureus d’origine porcine.

PDF icon Carole Feurer, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 82-83, fiche n° 45
2018

Développement d’une méthode alternative de quantifi cation de Pseudomonas par PCR quantitative dans les produits carnés

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Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 40

Les Pseudomonas sont les principales bactéries psychrotrophes retrouvées sur les carcasses après refroidissement. La réfrigération permet leur multiplication et la production d’enzymes protéolytiques et lipolytiques responsables d’altérations (rancissement, putréfaction). Pseudomonas est principalement utilisée comme indicateur d’altération des viandes fraîches ou d’un défaut de conditionnement.
La FCD impose des critères microbiologiques relatifs aux Pseudomonas pour certains produits à la distribution, dont les pièces de découpe réfrigérées porcines, les viandes piécées de porc ou les saucisses à cuire. La méthode de référence NF EN ISO 13720 relative au dénombrement de Pseudomonas dans les viandes et produits à base de viande repose sur l’utilisation de la gélose sélective CFC (cétrimide, fucidine, céphaloridine). Sa sélectivité est toutefois controversée ; des essais antérieurs réalisés par l’IFIP ayant montré que jusqu’à 40% des colonies caractéristiques isolées sur CFC sont en fait des entérobactéries, surévaluant ainsi la concentration réelle de Pseudomonas dans les produits analysés. Cette étude visait à développer une méthode de dénombrement des Pseudomonas, alternative à la norme NF EN ISO 13720 par PCR quantitative, afin de proposer aux professionnels une méthode plus robuste. Ses performances ont été confrontées à celles de la norme NF EN ISO 13720 et celles de la méthode RHAPSODY Agar® validée en 2015 par l’AFNOR (validation NF) pour le dénombrement des Pseudomonas dans les produits carnés et les produits laitiers.

PDF icon Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 40, fiche n° 12
2018

Interface Web pour le contrôle des dangers chimiques et physiques dans les viandes porcines : PDC

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Alain Le Roux, Bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 26

En 2015, financer par l’interprofession porcine INAPORC, l’IFIP a conçu une plateforme Web pour la collecte, l’analyse et la diffusion des résultats des autocontrôles des entreprises, avec la mise au point de quelques outils d’interprétation personnalisée (carte de contrôle, comparaison statistique de prévalence en Salmonelles,…).
Au regard de l’intérêt porté par les entreprises d’abattage-découpe au site : http://pdc.ifip.asso.fr, l’IFIP a développé une interface complémentaire pour la collecte et le traitement des analyses réalisées par les industrielles concernant les dangers chimiques et physiques.

PDF icon Alain Le Roux, Bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 26, fiche n° 1
2018

Micropollutants and chemical residues in organic and conventional meat

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Gaud Devilly-Pinel et al., Food Chemistry,, 2017, volume 232, 1er octobre, p. 218-228

The chemical contamination levels of both conventional and organic meats were assessed. The objective was to provide occurrence data in a context of chronic exposure. Environmental contaminants (17 polychlorinated dibenzodioxins/dibenzofurans, 18 polychlorinated biphenyls (PCBs), 3 hexabromocyclododecane (HBCD) isomers, 6 mycotoxins, 6 inorganic compounds) together with chemical residues arising from production inputs (75 antimicrobials, 10 coccidiostats and 121 pesticides) have been selected as relevant compounds. A dedicated sampling strategy, representative of the French production allowed quantification of a large sample set (n = 266) including both conventional (n = 139) and organic (n = 127) raw meat from three animal species (bovine, porcine, poultry). While contamination levels below regulatory limits were measured in all the samples, significant differences were observed between both species and types of farming. Several environmental contaminants (Dioxins, PCBs, HBCD, Zn, Cu, Cd, Pb, As) were measured at significantly higher levels in organic samples.

2017

Accumulation of -hexabromocyclododecane ( -HBCDD) in muscles of fast- and slow-growing broiler

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Catherine Jondreville et al., XVIIth European Symposium on the Quality of Eggs and EGG Products, XXIIIth European Symposium on the Quality of Poultry Meat, 3-5 septembre 2017, Edimbourgh, Ecosse, abstract

Hexabromocyclodecane (HBCDD is a brominated flame retard included in some insulating materials used in livestock buildings, which has been detected in meat. The aim of the current study is to investigate the of this lipohilic contaminant in fast- (FG) and slow-growing (SG) broilers. First, an experiment involving FG and SG broilers exposed to HBCDD through feed during 42 and 82 days, respectiively, showed that breast muscle (BM, Pectoralis major) is similary concentrated in HBCDD in the two strains, while leg muscles (LM, thigh + drumstick including intermusclar fat) was 5 and 10 times more concentrated than BM in FG and SG broilers, respectively. Second, a physiogically based pharmacokinetic model was developed and validated using the previous data.
Different compartments (total and lipid weights) were represented : plasma, liver, BM  and LM, adipose tissue and the rest of the animal. After ingested HBCDD was absorbed and one part was eliminated by hepatic metabolism, it was distributed to tissues by the plasma, through a partition coefficient defined as the ratio between their respective neutral lipid concentrations. The model, calibrated for different strains and sex, will be used to assess the risk of meat contamination by HBCDD in different chicken production systems.

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2017

Projet Innovant et Collaboratif d’Amélioration de la Recyclabilité des Emballages de Charcuterie : PICAREC

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Arnaud Bozec, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 92

A l’heure actuelle, les emballages de charcuterie ne sont pas intégrés dans une filière de recyclage.

C’est un manque à gagner certain dans un objectif national de massifier les flux post-consommateur d’emballages alimentaires en plastique vers les filières de recyclage existantes. Les professionnels du secteur sont motivés pour identifier des solutions permettant de rendre leurs emballages plus recyclables.

OBJECTIF 1

Développer des solutions concrètes afin d’améliorer la recyclabilité des barquettes de charcuterie et travailler plus particulièrement sur :

Le film inférieur : lever les freins techniques pour permettre la massification du déploiement du film MonoAPET inférieur

Le film supérieur : développer un film supérieur soudable sur du monoAPET, facilement et totalement pelable par le consommateur afin de ne pas perturber le recyclage du film inférieur en Mono APET

Le film supérieur : développer un film supérieur en monoAPET soudable sur du monoAPET et qui ne perturbe pas le recyclage en fin de vie de l’emballage.

PDF icon Arnaud Bozec, Bilan 2016, mai 2017, p. 92, fiche n° 53
2017

Maîtrise des Salmonelles dans la filière porcine

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Isabelle Corrégé, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 58

Les salmonelles sont une des principales causes de zoonoses alimentaires.

Même si les œufs et les ovoproduits restent les aliments les plus souvent incriminés, le nombre de cas humains dûs à ces aliments diminue avec, pour conséquences la baisse du nombre de Salmonella enteritidis et l’augmentation de la part relative de Salmonella typhimurium et la mise en cause plus fréquente des viandes de porc et des produits de charcuterie.

Dans ce contexte, de nombreux pays poursuivent ou développent des programmes de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine.

En France, l’émergence de nouveaux sérotypes de Salmonella, les récentes épidémies dues à des produits de salaison sèche ainsi que les enjeux commerciaux incitent la filière porcine à accentuer la vigilance et à mettre en œuvre des mesures de maîtrise.

PDF icon Isabelle Corrégé, Bilan 2016, mai 2017, p. 58, fiche n° 25
2017

Application de la Recherche pour la Maîtrise des Dangers dans les Aliments : UMT Armada

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Carole Feurer, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 55-56

Les travaux de l’UMT Armada agréée par la DGER pour une durée de 5 ans se sont clôturés fin 2016.

L’UMT fédérait 3 équipes du laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses Maisons-Alfort ainsi que 2 instituts techniques ACTIA (IFIP et ACTALIA). Elle a permis de mettre en commun les expertises et les compétences techniques des partenaires dans un objectif de préservation d’un haut niveau de qualité sanitaire de nos productions nationales, au service de l’ensemble des acteurs publics et privés de la sécurité sanitaire.

3 actions ont été menées dans le cadre de cette UMT : (1) le développement et le transfert de méthodes d’évaluation de la pathogénicité de souches de STEC, (2) le développement et le transfert de connaissances sur le danger lié aux toxines de Bacillus cereus et (3) l’épidémiosurveillance de Salmonella et Listeria monocytogenes.

Les résultats visés pour ce projet autour des 3 actions associées, sont :

- Une expertise (information, sensibilisation, contacts, méthodologie d’observation, alerte) transférable auprès des centres techniques partenaires et de l’Anses.

- Des méthodes et des outils de diagnostic pour les agents d’intérêt sanitaire, directement transférables au bénéfice de l’ensemble des industriels et des réseaux de laboratoires de contrôles officiels.

- Une capacité d’expertise renforcée et de haut niveau au plan national en matière d’évaluation des risques et de surveillance des dispositifs de production.

L’Ifip et l’unité SEL (Salmonella, E. coli, Listeria) de l’Anses étaient impliqués dans l’action 3 qui visait à optimiser la surveillance nationale de Salmonella et de Listeria monocytogenes par la mise en commun des données de typage caractérisant les souches isolées de la chaîne alimentaire et collectées aujourd’hui parallèlement par l’Anses (bases nationales multi-filières) et les instituts techniques via les professionnels (bases spécifiques de filière).

Le premier axe de travail consistait à mettre en place une base de données nationale pour la caractérisation moléculaire de Listeria monocytogenes et Salmonella enterica, ouverte aux instituts techniques et laboratoires Anses.

L’architecture de ces bases de données a été calquée sur celle établie par l’Anses pour la base de données européenne de typage de Listeria qu’ils pilotent.

Le deuxième axe de travail consistait à évaluer et transférer aux instituts techniques les méthodes moléculaires de caractérisation alternatives (MLVA) à la technique d’électrophorèse en champs pulsés (PFGE), technique de référence au niveau international en épidémiologie pour Salmonella et Listeria monocytogenes.

PDF icon Carole Feurer, Bilan 2016, mai 2017, p. 55-56, fiche n° 23
2017

Maîtrise des Salmonelles : gestion précoce des incidents à l’abattoir

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Alain Le Roux, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 59

Selon l’EFSA, l’agence européenne de sécurité des aliments, 10 à 30% des salmonelloses humaines seraient dues à la consommation de viande de porc en Europe (EFSA, 2010b, 2011).

La maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française constitue un enjeu majeur en termes de Santé Publique, mais également pour sa compétitivité économique au niveau européen et international.

L’abattage constitue le maillon principal auquel les salmonelles sont introduites directement ou indirectement sur les carcasses, essentiellement via les matières fécales (EFSA 2010a, 2010b), et de nombreuses études ont été conduites et publiées depuis le début des années 80 pour déterminer l’importance des différentes étapes du procédé d’abattage dans la maîtrise de cette contamination.

Lors du process d’abattage, certaines étapes sensibles (détourage de la rosette, ouverture abdominale, éviscération…) sont susceptibles de transférer des matières fécales sur la carcasse, et des Salmonelles potentiellement présentes dans ces matières fécales.

Les configurations actuelles des chaînes d’abattage et leurs cadences élevées ne permettent généralement pas une gestion suffisamment précoce des carcasses souillées, ce qui favorise les contaminations croisées.

En effet, les carcasses présentant des matières fécales sur des zones étendues (lors d’un incident d’éviscération par exemple) (souillures étendues) ou sur des zones réduites (souillures spot) sont essentiellement traitées en fin de chaine, après la pesée.

Elles ont donc préalablement suivi toutes les étapes du process (bien que certaines opérations ne soient pas réalisées) et potentiellement généré des contaminations croisées avec le matériel, les structures et le personnel.

PDF icon Alain Le Roux, Bilan 2016, mai 2017, p. 59, fiche n° 26
2017

Yersinia enterocolitica : qualité des maigres de tête pour la fabrication de charcuteries

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Carole Feurer, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 57

Yersinia enterocolitica est une entérobactérie psychrotrophe régulièrement mise en cause dans les pathologies humaines digestives et extra-digestives d’origine alimentaire dans les pays tempérés et froids. En 2014 en Europe, la yersiniose est la 3ème cause de maladie d’origine alimentaire chez l’homme, avec un total de 6 625 cas confirmés (EFSA, 2015). Yersinia enterocolitica est transmissible par la voie oro-fécale. Le porc est considéré comme le principal réservoir, pour héberger les biotypes pathogènes pour l’homme.

L’infection a généralement comme source l’ingestion de viande contaminée, notamment la viande porcine mal cuite ou crue ou des produits de charcuterie.

Du fait de son tropisme principalement oro-pharyngé, Y. enterocolitica est fréquemment isolée dans la cavité buccale, au niveau des amygdales et de la langue même si les porcs ne développent pas de signes cliniques. En France, en 2010-2011, la prévalence sur amygdales était estimée à 13.7% [10,1-17,3] au niveau individuel, et à 74,3% [65-84] à l’échelle des lots (élevage) (Fondrevez et al, 2014).

Les carcasses et les abats peuvent être contaminés durant le processus d’abattage, par des contaminations fécales durant l’éviscération et plus généralement par les contaminations croisées via l’équipement, le personnel et l’environnement de l’abattoir.

Par ailleurs, la contamination peut avoir lieu pendant les opérations ultérieures de la découpe, transformation et distribution lors de la vente de la viande et des abats. L’incorporation des muscles de la tête et des muqueuses pharyngées du porc dans les produits de charcuteries est considérée comme un facteur de risque pour le consommateur.

En effet, en raison de leur nature psychrotrophe, les souches pathogènes de Y. enterocolitica présentes dans la viande et les sous-produits peuvent se multiplier pendant leur conservation, dans les conditions habituelles de bonne maîtrise de la chaîne du froid.

L’objectif de cette étude était d’estimer la contamination qualitative de Yersinia enterocolitica issus de muscles de tête, ceci afin d’évaluer s’il existait un risque de transmission de Yersinia des amygdales aux muscles de tête, et s’il était important.

PDF icon Carole Feurer, Bilan 2016, mai 2017, p. 57, fiche n° 24
2017

Impact des teneurs en nitrites et en sel sur le développement de Clostridium botulinum dans le jambon cuit

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Bastien Frémaux, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 54

Le botulisme d’origine alimentaire est une infection rare mais sévère causée par l’ingestion d’aliments contenant des neurotoxines sécrétées par Clostridium botulinum. Le jambon cuit, de par sa durée de vie relativement longue (plusieurs semaines), figure parmi les charcuteries à risque. L’utilisation de nitrites combinée à celle du sel (NaCl) permet de garantir un niveau de sécurité suffisant vis-à-vis de C. botulinum (EFSA, 2010).

Les préconisations nutritionnelles actuelles, appuyées par une volonté règlementaire,

visent à réduire les niveaux de nitrite et de sodium dans les charcuteries.

Leur diminution dans le jambon cuit pourrait favoriser le développement microbien, et notamment des formes végétatives de C. botulinum psychrotrophe durant la conservation. L’objectif de cette étude était de mesurer l’impact de la teneur en nitrites et en sel (NaCl) sur le développement de C. botulinum groupe II type B (psychrotrophe) et la production de toxine botulique lors de la fabrication et de la conservation du jambon cuit, en partant d’un modèle jambon cuit (selon approche de Redondo-Solano et al, 2013). 5 formulations (0, 80 et 120 ppm avec 1,8% NaCl ainsi que 80 et 120 ppm avec 1,35% NaCl) ont été comparées.

2 scénarios de conservation ont été testés : l’un visant à simuler la conservation de barres de jambon cuit non destinées au tranchage (81 j sous vide à 4°C) ; l’autre de barres de jambon cuit destinées au tranchage et du produit tranché (28 j sous vide à 4°C suivis de 29 j sous 70% N2/30% CO2 selon 1/3 à 4°C et 2/3 à 8°C et incluant une rupture de la chaîne du froid de 2 h à 20°C).

PDF icon Bastien Frémaux, Bilan 2016, mai 2017, p. 54, fiche n° 22
2017

MLVA_Normalizer: Workflow for Normalization of MLVA Profiles and Data Exchange between Laboratories

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Paul Bachelerie et al., Journal of proteomics & bioinformatics, 2016, volume 9, n° 2, janvier, p. 025-026

Motivation: MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) is a typing method used today to characterize several major pathogens such as Brucella, Mycobacterium tuberculosis or Salmonella. It takes advantage from the comparison of the size of specific genomic loci constituted by tandem repeat sequences. Unfortunately the raw size estimate is instrument dependent and consequently the results obtained cannot be compared without normalization between laboratories involved in disease monitoring, surveillance and official controls.
Results: To overcome this problem we developed a workflow tool, MLVA_normalizer, conceived to normalize MLVA results. This normalization workflow tool is designed to be applied to any bacterial genera and does not depend on the MLVA protocol used.

2017

Modélisation générique du devenir d’un retardateur de flammes bromé (HBCD) : application au poulet de chair

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Bertrand Meda et al., 12es Journées de la Recherche Avicole et palmpidèdes à foie gras, le 5 et 6 avril 2017, Tours, p. 1064-1069

L’hexabromocyclododécane (HBCD) est un retardateur de flammes ajouté dans certains polystyrènes utilisés comme isolants dans les bâtiments d’élevage. Ce composé, qui est un perturbateur endocrinien, est quantifié à des concentrations pouvant atteindre plusieurs centaines de ng g-1 lipides dans les denrées alimentaires d’origine animale (DAOA pour une médiane inférieure à 0,5 ng g-1 lipides. Des méthodes pour quantifier le transfert de l’HBCD vers les DAOA doivent être développées. Cette étude présente un modèle générique de type PBPK (pharmacocinétique basé sur la physiologie), développé pour les animaux en croissance, et son application chez le poulet de chair. Ce modèle, simulant l’accumulation d’HBCD dans les tissus, repose sur deux sous-modèles. Le sous-modèle physiologique représente différents compartiments (poids total et poids de lipides) : le plasma, le foie, deux muscles ayant des teneurs en lipides différentes (filet et cuisse), le tissu adipeux de réserve (gras abdominal) et un compartiment représentant le reste de l’animal. Dans le sous-modèle ADME (absorption, distribution, métabolisme, excrétion), l’HBCD ingéré, une fois absorbé, est dirigé vers le foie où une fraction est métabolisée (clairance hépatique). La partie non métabolisée est distribuée dans les tissus via la circulation sanguine à l’aide de deux paramètres : l’irrigation sanguine et le coefficient de partage. Le modèle a été paramétré pour tenir compte des vitesses de croissance différentes entre tissus (allométries) ainsi que des teneurs en lipides variables selon la génétique et le sexe. Le modèle a été validé avec des données expérimentales où des poulets de chair ont été contaminés par de l’HBCD. Ce modèle pourra être utilisé pour évaluer le niveau de contamination de produits avicoles selon différents modes d’élevage ou conditions d’exposition. 

Fate of a brominated flame retardant in chickens and pigs: a generic modelling approach

Hexabromocyclododecane (HBCD) is an endocrine disruptor both for humans and animals. It is widely used as a flame retardant in building materials of livestock housing and has been detected in animal products at levels sometimes reaching several hundreds of ng g-1 lipids, while the median is below 0.5 ng g-1 lipids. Thus, there is a great need for methods to investigate the contamination of animal products by HBCD. This study proposes a generic Physiologically Based PharmacoKinetic (PBPK) model for growing farm animals, and its application for broilers. It consists in the connection of two sub-models. The physiological sub-model represents differen  compartments (total weight and lipid weights): plasma, liver, breast muscle, leg muscles, abdominal fat and one compartment representing the rest of the animal. In the ADME sub-model (absorption, distribution, metabolism, excretion), HBCD is absorbed in digestive tract, before being distributed in the organism by the plasma considering differences in blood irrigation between tissues. Since HBCD is a lipophilic and non polar compound, a partition coefficient (Kp), defined as the ratio between neutral lipid concentrations in a tissue and in plasma, was used to predict its distribution in each tissue. In the liver, a fraction of HBCD is eliminated by metabolization (hepatic clearance). Model was calibrated to take into account differences in tissue growth (allometric growth) and lipid contents according to species, genetics and sex, before being validated using experimental data where animals were exposed to HBCD through feed. This model will be used to assess the risk of meat contamination by HBCD in different broiler production systems. 

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2017

Une base de données moléculaires partagée au service de la surveillance de Listeria monocytogenes dans la chaîne alimentaire en France

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Benjamin Félix et al., Bulletin Epidémiologique Santé Animale - Alimentation (FRA), numéro spécial : sécurité sanitaire des aliments, janvier 2017, n° 77, p. 82-87

 Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie ubiquitaire responsable d’une infection rare mais grave : la listériose. Transmise par la consommation d’aliments contaminés, la listériose s’avère mortelle dans 20 à 30 % des cas. Elle touche principalement les personnes immunitairement affaiblies. De ce fait, la surveillance des souches isolées de la chaîne alimentaire et de l’environnement de production est essentielle. Un dispositif efficace de surveillance sanitaire de la chaîne alimentaire nécessite la centralisation de données de qualité et la production d’informations utiles et accessibles. L’Anses, au titre de ses mandats de Laboratoire de référence national (LNR) et de l’Union européenne (LRUE) pour Lm, fournit un appui scientifique et technique en amont de cette collecte de données. Elle assure notamment l’harmonisation des méthodes de typage des souches isolées de la chaîne alimentaire, l’organisation de formations et d’essai inter-laboratoires d’aptitude pour les laboratoires des réseaux français et européen. En France, dans le cadre de l’unité mixte technologique (UMT) Armada, l’Anses et l’Institut du Porc (Ifip) ont travaillé depuis quatre ans au développement d’une base de données nationale pour la centralisation et le partage des données épidémiologiques et génétiques des souches détenues par les deux organismes. A terme, elle sera partagée avec quatre autres instituts techniques français ainsi que les laboratoires de l’Anses impliqués dans la surveillance de Lm. Cette base de données est interconnectée avec le système de base de données européen mis en place par le LRUE et l’Autorité européenne de sécurité des aliments et permet la remontée au niveau européen des données collectées au niveau national. La base de l’UMT Armada contient actuellement 1 200 souches typées par PFGE, partageant 256 profils combinés ApaI/AscI. Cet outil permet une surveillance plus fine des souches circulant en France dans les différentes filières alimentaires.

ENG

A shared molecular database for the surveillance of Listeria monocytogenes in the food chain in France

Listeria monocytogenes (Lm) is a ubiquitous bacterium responsible for a rare but serious infection: listeriosis. Transmitted through the consumption of contaminated food, listeriosis is fatal in 20% to 30% of cases. It mainly affects people with a weakened immune system. Therefore, the surveillance of strains isolated from the food chain and the environment is essential. An effective food chain surveillance system requires the centralisation of high-quality data and the production of useful and accessible information. ANSES, under its mandates as National Reference Laboratory (NRL) and European Union Reference Laboratory (EURL) for Lm, provides scientific and technical support prior to this data collection. In particular, it harmonises typing methods for strains isolated from the food chain, and organises training and inter-laboratory proficiency tests for laboratories in the French and European networks. In France, as part of the ARMADA Joint Technological Unit (UMT), ANSES and the French Pork and Pig Institute (IFIP) have been working for four years on the development of a national database for the centralisation and sharing of epidemiological and genetic data on the strains held by the two organisations. Over time, it will be shared with four other French technical institutes and the ANSES laboratories involved in Lm surveillance. This database is interconnected with the European database system developed by the EURL and the European Food Safety Authority, which makes it possible to report data collected nationwide at European level. The database of the ARMADA UMT currently contains 1,200 strains typed by PFGE, sharing 256 combined ApaI/AscI profiles. This tool is enhancing the surveillance of strains circulating in the various food sectors in France.

2017

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