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Genomic data reveals large similarities among Canadian and French maternal pig lines

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Raphaël Boré et al., Canadian Journal of Animal Science, volume 98, n° 4, décembre, p. 809-817

Combiner des populations de référence provenant de différents pays ou de différentes races peut être un moyen abordable d’agrandissement de la taille de la population de référence pour les prédictions génomiques. Par conséquent, les principaux objectifs de cette étude sont d’évaluer la diversité génomique entre et au sein des deux races porcines françaises et canadiennes (Landrace et Yorkshire) ainsi que l’apparentement des populations afin d’évaluer la faisabilité de combiner les populations de référence des deux pays en une population de référence commune pour la sélection génomique porcine. Un total de 14,756 animaux ont été génotypés sur deux puces à ADN commerciales (~ 65K SNPs). L’analyse en composantes principales discrimine clairement les deux races Landrace et Yorkshire, et dans une moindre mesure les populations de chacun des deux pays. Le déséquilibre de liaison (LD) entre les SNPs adjacents est similaire dans les populations Yorkshire. En revanche, les niveaux de LD sont légèrement différents pour les populations Landrace. La persistance de phase gamétique entre les populations Yorkshire est très élevée (0.96 à une distance de 0.05 Mb) et élevée entre les populations Landrace (0.88 à une distance de 0.05 Mb). Ces persistances de phase gamétique élevées suggèrent que les lignées maternelles canadiennes et françaises sont génétiquement proches les unes des autres. Ces résultats sont prometteurs et indiquent que la précision des valeurs génomiques estimées pourrait augmenter avec une population de référence commune entre le Canada et la France.

https://www.nrcresearchpress.com/doi/pdf/10.1139/cjas-2017-0103

Genomic data reveals large similarities among Canadian and French maternal pig lines

Combining reference populations from different countries and breeds could be an affordable way to enlarge the size of the reference populations for genomic prediction of breeding values. Therefore, the main objectives of this study were to assess the genetic diversity within and between two Canadian and French pig breeds (Landrace and Yorkshire) and the genomic relatedness among populations in order to evaluate the feasibility of an across-country reference population for pig genomic selection. A total of 14,756 pigs were genotyped on two SNP chip panels (~65K SNPs). A principal component analysis clearly discriminated Landrace and Yorkshire breeds, and also, but to a lesser extent, the Canadian and French purebred pigs of each breed. Linkage disequilibrium (LD) between adjacent SNPs was similar within Yorkshire populations. However, levels of LD were slightly different for Landrace populations. The consistency of gametic phase was very high between Yorkshire populations (0.96 at 0.05 Mb) and high for Landrace (0.88 at 0.05 Mb). Based on consistency of gametic phase, Canadian and French pig maternal lines are genetically close to each other.
These results are promising, as they indicate that the accuracy of estimated genomic breeding values may increase by combining reference populations from the two countries.

https://www.nrcresearchpress.com/doi/pdf/10.1139/cjas-2017-0103

2018