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Evaluation de l'impact des perturbations sur l'estimation des paramètres et la prédiction des valeurs génétiques

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Vincent Le (Inrae et Alliance R&D) et al., 53es Journées de la Recherche Porcine, 1, 2, 3 et 4 février 2021, Paris, p. 55-56, poster

Poster.

Les conditions d'élevage des animaux se diversifient en fonction des ressources alimentaires, des systèmes de production, des attentes sociétales et du changement climatique. Ces changements génèrent une diversité d'environnements de production sous-optimaux auxquels l'animal doit pouvoir s'adapter. La robustesse de l’animal (résistance (Bishop, 2012) et résilience (Berghof et al., 2018) face à une perturbation) correspond à son potentiel d’adaptation à ces changements. Le but de cette étude est d’évaluer, par simulation, l’impact de perturbations inconnues sur l’estimation des paramètres et la prédiction des valeurs génétiques du gain moyen quotidien (GMQ) et du poids à 100 jours (P100) en fonction du type de perturbation (bande, case, individuelle), de la corrélation génétique entre production et robustesse et entre les deux composantes de la robustesse.

Poster.

Evaluating the impact of disturbances on estimating parameters and predicting breeding values

Due to the diversification of farming systems and climate change, farm animals are increasingly exposed to disturbances to which they respond differently depending on their robustness. The aim of this study was to evaluate by simulation the impact of these unknown disturbances on the estimation of parameters and the prediction of genetic values of production traits. Different sets of simulations were considered depending on the type of disturbance (at the level of the batch, pen or individual), the genetic correlation between production and robustness (negative, neutral or positive) and between resistance and resilience, and the heritability of robustness. A population of 6120 individuals over 10 generations divided into 4 batches of 10 pens was generated (1000 replicates per set). A longitudinal phenotype that mimicked a production trait was simulated for each individual in two situations: a population subjected to disturbances or not. In the second case, the phenotype was modified according to the robustness of the animal. An animal model that included the pen-intra-batch effect was used to estimate the genetic parameters. As expected, the presence of disturbances led to significant underestimation of the heritability of production traits (by -7.6% to -6.6% depending on the production trait of interest: slope or fixed-age value) and worse prediction of genetic values (a 2.0-2.5% decrease in the correlation between true and predicted genetic values). This impact was greater when the genetic correlation between robustness and production was negative. However, the model did not predict any influence of the type of disturbance and the correlation between resistance and resilience on this impact.

2021