La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

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Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 84

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique pour l’ensemble de la filière porcine française. Ce travail d’amélioration génétique consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération pour les garder comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains. L’information du génome des animaux est également prise en compte dans les lignées femelles Large White (LW) et Landrace français (LF). Chaque semaine, les meilleurs candidats LW et LF sont génotypés sur puces ADN basse densité. Puis les génotypages haute densité sont reconstitués par imputation, permettant ainsi d’optimiser les coûts. Pour consolider les populations de référence, les reproducteurs les plus utilisés en sélection sont de nouve

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2019

Encadrement de la station de phénotypage du Rheu

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Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 85

A l’initiative de France Génétique Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la station porcine de phénotypage a été bâtie en 2015. Sa gestion quotidienne a été confiée à l’INRA -Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. L’IFIP assure son encadrement technique. Cette installation de phénotypage s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les acteurs de la sélection porcine française et la recherche :
1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ;
2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ;
3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection.
Les données recueillies dans cette station sont complémentaires à celles recueillies en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande.
La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. Ses équipements permettent d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case et de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Ils permettent également de suivre la cinétique de croissance de chaque animal. Le tomographe à rayon X de l’IFIP peut être utilisé sur les porcs en cours de contrôle. La station constitue ainsi un outil de collecte de caractères d’intérêt pour l’ensemble de la filière.
PDF icon Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 85
2019

Animation technique pour le compte de l'Agence de la Sélection Porcine

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Joël Bidanel et Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 86

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique porcine, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’œuvre de ses travaux à l’IFIP. La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références.

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2019

Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection des lignées de race pure

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Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87

Malgré l’utilisation prépondérante du croisement en production porcine, les outils de sélection n’exploitent que des performances d’animaux de race pure pour réaliser le choix des reproducteurs des lignées parentales. Pourtant, à l’étage de production, certains éleveurs enregistrent en routine les performances de reproduction des truies croisées pour la réalisation d’analyses technico-économiques. Ces données constituent donc un gisement important de nouvelles informations qui pourrait être mis à profit pour augmenter la précision des outils de sélection génomique. L’objectif de cette étude était donc d’évaluer les paramètres génétiques des performances de reproduction des truies croisées et leurs corrélations génétiques avec les caractères exprimés en race pure. Une étude de validation croisée a permis d’estimer le gain de précision des index génomiques obtenu par l’intégration de performances de truies croisées LW x LR dans l’évaluation génomique des critères de reproduction des 2 lignées parentales Landrace et Large White.

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2019

Pesée individuelle des porcelets de la naissance au sevrage

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Yvonnick Rousselière, Michel Marcon et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 88

De récentes études sur des pesées individuelles  des porcelets au sevrage ont mis en évidence des résultats prometteurs dans la définition de nouveaux critères de sélection. Ces informations collectées à l’échelle du porcelet permettent de mieux appréhender les qualités laitières des truies, les caractéristiques pondérales des portées durant la phase d’allaitement, mais aussi la croissance globale des futurs porcs charcutiers. Malheureusement, la pénibilité de la mesure sur le porcelet limite le nombre de données collectées et leur utilisation en routine dans les schémas de sélection.
Avec le soutien financier de France Génétique Porc et Choice Genetics et en partenariat avec la société Asserva, l’IFIP a travaillé sur la mise au point de 2 prototypes: (1) un caisson de pesée suspendu à positionner devant les abreuvoirs des porcelets dans les cases de maternité et (2) un chariot mobile ergonomique de pesée automatique permettant de récupérer les poids individuels des animaux sans effort.

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2019

Conservation des ressources génétiques : cryobanque nationale et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 89-90

Le programme de conservation des races locales porcines est destiné à suivre les races Porc Pie Noir du Pays Basque, Porc de Bayeux, Porc Gascon, Porc Cul Noir Limousin, Porc Blanc de l’Ouest et Porc Nustrale.
L’IFIP intervient dans la réalisation et la mise en place de ce programme à 2 niveaux : in situ en suivant les animaux présents en élevage et ex situ en adhérant au GIS Cryobanque Nationale.
L’IFIP contribue également à évaluer la gestion de la variabilité génétique intra-race des populations et calculer l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP est en charge de l’animation de l’association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs : LIGERAL.
Ce dernier est agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture comme organisme de sélection porcine pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines.
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2019

Détecter précocement les maladies des porcelets à partir de leurs consommations d'eau et d'aliment

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Yvonnick Rousselière, Anne Hémonic et Michel Marcon, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 92

En production porcine, les traitements antibiotiques collectifs sont administrés par voie orale. Le respect effectif de la posologie dépend alors des quantités d’eau ou d’aliment ingérées par les animaux. Le premier objectif de cette étude était de suivre les consommations individuelles d’eau et d’aliment des animaux en post-sevrage, pour en évaluer la variabilité inter et intra-individuelle et les risques potentiels de sur- ou sous-dosage des antibiotiques lors d’un traitement ; en effet, à l’apparition d’une pathologie, un animal est susceptible de modifier son comportement alimentaire et d’abreuvement quelques heures avant l’apparition des premiers symptômes. Le deuxième objectif était de vérifier si une détection précoce des maladies était possible par le suivi individuel des consommations des porcelets. Pour ce faire, deux automates connectés, un abreuvoir et un nourrisseur, ont été mis au point pour des animaux en post-sevrage.

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2019

Vers une détection précoce et automatisée des pathologies chez le porcelet

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Michel Marcon, Yvonnick Rousselière et Anne Hémonic, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 93

La réduction de la consommation de médicaments en élevage est une attente forte de la société. Pour y parvenir, l’un des moyens est de réduire la survenue des pathologies, notamment en la détectant de manière précoce (pré-clinique), à l’échelle de l’individu : dans cet objectif, la valeur prédictive de signaux possiblement précurseurs, mais par nature difficiles à observer par les animaliers, tels qu’une modification du comportement hydrique ou alimentaire, a été explorée en mobilisant des méthodes d’intelligence artificielle. Les nouvelles technologies rendant possible l’enregistrement en temps réel des consommations d’aliment, d’eau, ainsi que du poids de porcelets, l’IFIP a travaillé, à partir de ces enregistrements, à la mise au point d’un algorithme capable de détecter les porcelets malades 24 à 48 heures avant l’apparition des premiers symptômes visibles.

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2019

Une pharmacie intelligente en élevage : SmartPharm

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Michel Marcon, Yvonnick Rousselière et Anne Hémonic, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 94

La demande des consommateurs s’exprime fortement pour une meilleure traçabilité des pratiques (jusqu’au produit), notamment en ce qui concerne les traitements vétérinaires. Le projet Smartpharm a pour objectif d’automatiser la collecte des informations relatives aux traitements sanitaires en les associant aux animaux traités. Il s’agit avant tout de proposer à l’éleveur un tableau de bord lui permettant de suivre l’évolution des traitements réalisés et de comparer ses propres pratiques à des références proposées par l’IFIP ; l’objectif étant de faire évoluer ces pratiques pour limiter le recours aux traitements curatifs. Les utilisateurs peuvent également éditer des fiches de traçabilité indiquant, pour un animal ou un lot d’animaux, l’ensemble des traitements reçus ; cette traçabilité, élément de rassurance du consommateur, permettant aussi le cas échéant de valoriser les animaux non traités dans des filières dédiées « sans antibiotiques », par exemple.

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2019

Une nouvelle méthode de prélèvement urinaire pour le monitoring des pathologies uro-génitales

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Sylviane Boulot, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 95

Entre 2010 et 2013, les truies étaient la seule catégorie de porcins pour lesquels les usages d’antibiotiques augmentaient. Alors que le mode de logement des truies est réputé protecteur vis-à-vis des infections urinaires, les pathologies uro-génitales représentent à la fois le motif de traitement antibiotique des truies le plus fréquent (71% des élevages) et la majorité des doses (65% du nombre de doses journalières /animal). La prévalence des pathologies urinaires n’a pas été évaluée en France au cours des 10 dernières années. Elle varie selon l’étude et le pays de 15 à plus de 40% des truies. Les conséquences des bactériuries font l’objet de controverses, avec des portages asymptomatiques sans conséquences cliniques. Au contraire, dans certains troupeaux les impacts sont réels : troubles de reproduction, problèmes de mise bas et mortalité. En élevage, le diagnostic repose sur des tests rapides (bandelettes Nitrite et examens visuels), confirmés en laboratoire. Après plusieurs années de monitoring régulier, ces examens sont moins prescrits. Faut-il y voir les bénéfices des mesures préventives mises en place ou au contraire un moindre suivi en élevage ? En effet, la collecte d’urines individuelles en fin de gestation est devenue plus chronophage depuis la mise en groupes. L’objectif de ce projet est de proposer une méthode permettant aux éleveurs de collecter de l’urine plus rapidement et de façon plus systématique à l’aide d’un tampon vaginal.

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2019

Analyser et maîtriser les pertes en maternité

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Sylviane Boulot, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 96

Avec en moyenne 20% de pertes sur nés totaux, la mortalité excessive des porcelets en maternité reste une préoccupation majeure, tant pour des raisons économiques que d’acceptation sociétale. La détermination précise du moment de survenue de cette mortalité et de ses causes est un préalable pour identifier les axes de progrès à mettre en oeuvre dans chaque élevage. Ainsi, la contribution des mort-nés peut être importante (36% des pertes) mais varie selon les troupeaux. Les pertes en allaitement dépendent de nombreux facteurs liés à la conduite et leur analyse doit reposer sur une approche multi-factorielle. Lorsque la mortalité néo-natale précoce est réduite, la bonne prise en charge des portées de grande taille et des porcelets «sur-numéraires» devient alors une vraie préoccupation pour un nombre croissant d’éleveurs.

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2019

Echographie en élevage : quels outils et quelles applications ?

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Sylviane Boulot, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 97

Les technologies à ultrasons sont largement répandues dans les élevages porcins et participent au bon pilotage de la reproduction et de la conduite alimentaire. Dans un souci de maîtrise de la biosécurité et des coûts, la majorité des élevages réalisent eux-mêmes les contrôles de gestation et plus de 20% d’entre eux disposent d’appareils de mesure de l’épaisseur du lard dorsal (ELD). Or, la qualité des contrôles dépend de nombreux facteurs : type d’équipement, sonde, stade ou site de mesure, technicité de l’opérateur… Une étude a été réalisée pour évaluer les performances de différents appareils de terrain utilisés dans les mêmes conditions, soit pour détecter précocement les gestations soit pour mesurer des ELD.

PDF icon Sylviane Boulot, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 97
2019

GT-Porc : un collectif pour la gestion des références techniques et technico-économiques des élevages de porcs

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Brigitte Badouard, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 98

L’année 2018 a été marquée par la mise en place de la nouvelle organisation du dispositif de références techniques et technico-économiques en production porcine GT-Porc. Les références sont gérées par un collectif professionnel ; les données et références produites sont désormais la copropriété exclusive des apporteurs de données. Un Comité Stratégique définit les règles de fonctionnement, en particulier concernant la diffusion des données. Un Comité Opérationnel réfléchit avec l’IFIP aux différentes valorisations souhaitées de la base GT-Porc.

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2019

Nouvelle version du Guide de Bonnes Pratiques d'Hygiène pour l'abattage et la découpe de porc

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Arnaud Bozec, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 50

L’IFIP en partenariat avec les organisations professionnelles d’abattage et de découpe, ont révisé le GBPH abattage découpe de porcs de manière à ce que les professionnels du secteur disposent d’un guide validé par l’Administration française.

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2019

Evaluation de l’efficacité de thermomètres pour la mesure de la température de surface des carcasses

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Alain Le Roux, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 51

C’est en se basant sur les avis de l’EFSA (European Food Safety Autority) et de l’ANSES (Agence Nationale de Sécurité Sanitaire) que le Règlement (UE) 2017/1981 a été publié le 31 octobre 2017 (JOCE du 1er novembre 2017). Ce règlement modifie l’annexe III du règlement (CE) n°853/2004 concernant les conditions de température pendant le transport de la viande, en introduisant un nouveau critère basé sur la température de surface des carcasses. Désormais, pour transporter les carcasses, les industriels peuvent, par dérogation, déroger au critère des 7°C maximum en tout point.
Le but de l’étude demandée par les industriels de la viande est de caractériser la mesure de température de surface des carcasses de viande en comparant les technologies existantes.
Dans ce but, des tests sur des matrices des espèces bovine et porcine, sur plusieurs carcasses et à différentes températures, ont été réalisés. Nous avons effectué ces tests avec 3 types de thermomètres : de contacts, infrarouges et de pénétration.
PDF icon Alain Le Roux, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 51
2019

Services aux entreprises à partir de la base de données des autocontrôles réalisés en abattage-découpe

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Alain Le Roux, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 52

En 2017, l’IFIP a développé dans le site internet PDC un module qui permet aux entreprises d’abattage-découpe de porcs de saisir les résultats de leurs contrôles concernant les contaminants chimiques (métaux lourds, radionucléides, les résidus médicamenteux), les contaminants microbiologiques et les dangers physiques (corps étrangers).
En 2018, l’interface de PDC a été ouverte aux ruminants.
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2019

Caractérisation des défauts technologiques des viandes blanches et recherche de voies d’amélioration par la génétique et l’alimentation

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Antoine Vautier, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 54-55

La viande de jambon de porc à l’état frais présente, à une fréquence de 10% à 15%, un défaut de qualité dénommé « défaut déstructuré ». Lors de sa transformation en jambon cuit supérieur, le défaut se traduit par des rendements de cuisson et de tranchage dégradés mais aussi une texture dite « pommade » sur les produits remis au consommateur.
Chez le porc, les génétiques nouvelles très conformées et très maigres peuvent, dans certaines conditions, accroître les défauts de structure.
Chez le poulet, il existe une forte composante génétique des caractéristiques technologiques et des différences marquées entre génotypes. Quelle que soit l’espèce considérée, les mécanismes et les gènes à l’origine des défauts de structure ou technologiques restent en grande partie inconnus (à l’exception des gènes RN et HAL pour le porc).
Dans un contexte de limitation des apports en sels aggravant les défauts technologiques, l’amélioration de la qualité initiale des viandes devient primordiale.
Ce projet vise à mobiliser les nouvelles avancées technologiques en termes analytiques (protéomique, métabolomique, microscopie biphotonique de seconde harmonique…) et génomique (RNAseq, puces SNP, …) pour identifier l’origine biochimique du défaut de déstructuration. Sa bonne connaissance et les techniques d’analyse développées chez le porc bénéficieront aux études chez le poulet grâce à l’approche comparée entre espèces.
Les facilités expérimentales et les lignées divergentes pour la qualité technologique de la viande chez le poulet permettront de mieux comprendre le déterminisme des défauts (gènes et mécanismes physiologiques) et de proposer, après validation dans les deux espèces, des stratégies de sélection, d’élevage et l’alimentation.
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2019

Identification de nouveaux facteurs d’élevage de variation de la qualité technologique de la viande

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Antoine Vautier, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 56

Un certain nombre de facteurs de risque d’apparition du défaut « jambon déstructuré » ont été mis en évidence par l’IFIP et l’INRA ces dernières années, tels que les conditions de préparation à l’abattage (durée de mise à jeun, durée de transport) ou le génotype halothane.
Néanmoins, l’hypothèse est faite qu’il existe des facteurs d’élevage non encore identifiés qui interviennent sur la qualité technologique du jambon.
Un projet a donc été construit afin de rechercher certains de ces facteurs d’élevage par le biais de l’exploitation statistique des bases de données collectées en routine par les abattoirs. A défaut de l’étude de la fréquence de déstructuration en abattoir (donnée non renseignée), les données de pH ultime ont été exploitées, cette mesure pouvant être utilisée comme prédicteur du défaut : plus le pH est bas plus le risque d’obtenir le défaut est important.
Une base de données conséquente (2,2 millions de mesure de pH ultime) en provenance de 2 abattoirs a ainsi été analysée. Le pH ultime moyen sur ces deux abattoirs est équivalent (5,71 et 5,70) et leur distribution est identique. Les facteurs d’influence du pH connus (durées de mise à jeun et de transport) n’expliquent dans cette base de données qu’une très faible part de la variabilité des pH, probablement du fait du niveau moyen de mise à jeun dépassant très nettement les recommandations (27h en moyenne). L’origine de l’élevage explique quant à lui environ 8 fois plus de variabilité du pH ultime que la préparation à l’abattage, ce qui confirme l’intérêt de l’exploration des facteurs d’élevage.
Malgré tout, entre 87 et 90% de la variabilité du pH n’est pas expliquée, ni par l’effet élevage, ni par les conditions de préparation à l’abattage.
Dans cette base de données, une soixantaine d’élevages ont été caractérisés comme ayant en moyenne des résultats pH soit supérieur soit inférieur à la moyenne. L’écart de pH moyen entre ces deux populations est de 0,14. L’analyse de données de préparation à l’abattage de ces élevages confirme les effets identifiés expérimentalement: les élevages du lot « supérieur » présentent une durée de mise à jeun des porcs plus longue et une durée de transport plus longue.
Suite à l’identification de 66 élevages d’intérêt appartenant aux groupes « supérieurs » ou « inférieurs », la stratégie adoptée consiste en la réalisation d’enquêtes terrain afin de récolter des informations sur les pratiques d’élevage, les équipements installés et le bien-être des animaux. Une analyse synthétique de ces données devrait aboutir à la construction d’un profil type d’élevage pour les deux groupes « supérieur » et « inférieur », la comparaison de ces profils permettra d’identifier des pratiques suffisamment contrastées dans ces bases de données pour envisager de les tester en station expérimentale.

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2019

Etude de la composante génétique du défaut « jambon déstructuré »

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Sandrine Schwob, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 57

Le défaut « jambon déstructuré » constitue un handicap majeur dans la technologie de fabrication du jambon cuit. Actuellement, il n’est détectable qu’après désossage du jambon, ce qui complique son élimination. Cette étude a pour objectif de mieux comprendre l’origine génétique du défaut afin de réduire la fréquence d’apparition par la voie génétique.

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2019

Élaboration d’un guide de Bonnes Pratiques Européen du transport des porcins

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Patrick Chevillon, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 58

Le Règlement CE 1/2005 relatif à la protection des animaux pendant le transport a redéfini la responsabilité des transporteurs face au bien-être animal. Ce règlement est entré en vigueur le 1er Janvier 2007.
La mise en place de guides de bonnes pratiques en cours de transport par les professionnels était vivement conseillée dans le Règlement CE 1/2005. A ce stade la France n’en dispose pas. Il n’en existe pas de reconnu à l’échelle européenne.
En Juin 2014, la DG SANCO poussée par le parlement européen a lancé un appel d’offre de 1 000 K€ visant à développer des guides de bonnes pratiques concertés pour la majorité des espèces transportées (bovins, moutons, porcins, volailles, équins).
L’IFIP est associé dans un consortium à 14 partenaires européens pour élaborer le guide porc (Leader : WUR Pays Bas, FLI Allemagne, IRTA Espagne, CRPA et IZS en Italie, IDELE IFIP ITAVI pour la France, NAGREF Grèce, SGGW Pologne, STRUC en UK, USAMVBT en Roumanie, FVE Belgique (Fédération des Vétérinaires Européens), IRU (International Road Transport Union) en UK, EUROGROUP for animal pour les associations de protection animales en Europe). Ce Guide reprend les principaux points de la réglementation ainsi que les meilleures pratiques à destination des transporteurs, abatteurs et donneurs d’ordre.
L’UECBV, Le COPA COGECA et l’association EYES On ANIMALS sont partis prenante du programme (Comité de suivi et représentation professionnel)

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2019

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