DéLiSus : variabilité haplotypique et phénotypage haut-débit chez le porc

Le projet DéLiSus est un projet intégré ayant pour but l'étude de la variabilité haplotypique du génome porcin à haute densité (puce SNP 60k). Les principales races francaises, et les races synthétiques dérivées détenues par les sélectionneurs de BIOPORC sont étudiées. Les animaux des races principales sont phénotypés au sein de la station de contrôle du Rheu. Outre les paramètres zootechniques détaillés et une analyse metabolomique du sérum, une mesure de paramètres de la réponse immune est réalisée sur certains animaux. L'analyse des hapotypes permet une analyse très détaillée de la diversité génétique des principales races françaises et la détection de traces de sélection révélant des régions ayant répondu à la sélection. Une analyse d'association est réalisée pour estimer les effets des haplotypes sur les différents caractères mesurés. Le projet inclut également la détection in silico de SNP à partir des séquences disponibles (notamment 1 million de séquences réalisées au CNS), le stockage et la gestion des données dans le système d'information de SIGENAE.