BIOMARK : Une évaluation minutieuse de plusieurs QTL en ségrégation dans les lignées commerciales françaises en vue de leur cartographie fine et de la mise en place d'une sélection assistée par marqueur

Des très nombreux QTL ont été détectés influençant pratiquement tous les caractères pour lesquels des QTL ont été recherchés (Bidanel et Rothschild, 2002). La plupart du temps, ces études ont été réalisées sur des animaux F2 issus du croisement entre animaux de races différentes voire très différentes afin de maximiser la probabilité d’identifier de tels QTL. Pour les QTL les plus importants, il convient ensuite de les cartographier précisément afin de chercher à identifier le gène responsable des effets observés, et de pouvoir sélectionner les animaux porteurs des allèles favorables. Il convient également dans les différentes races et éventuellement dans les types génétiques croisés utilisés en production, d’estimer les effets des différents allèles, afin de déterminer si l’importance de cet effet justifie la mise en place d’une sélection assistée par marqueur. Lorsqu’on a identifié dans une région un allèle favorable présentant un intérêt en sélection, il convient enfin de déterminer si d’autres haplotypes n’ont pas également des effets intéressants, de façon à savoir quels sont les haplotypes que l’on peut contre sélectionner. Pour répondre à ces questions, il est important de disposer de collection de familles permettant d’estimer sur descendance les effets des haplotypes portés par le père de chacune des familles. La comparaison des haplotypes associés à des effets similaires permettant de caractériser les haplotypes favorables, et de tenter d’identifier la mutation responsable de ces effets. Le programme Biomark a donc pour objectif : 1) de mettre en place une telle collection composée de verrats et de 50-100 descendants par verrat, en disposant de l’ADN du père et des descendants, et de performances des descendants, 2) de développer des jeux de marqueurs permettant d’étudier la variabilité haplotypique présente dans les 6 régions principales sélectionnées, 3) d’identifier les verrats pères hétérozygotes à certains des QTL, de cartographier finement ces QTL et d’estimer les effets des haplotypes en ségrégation.