Microbiote intestinal chez le porc : paramètres génétiques de sa composition et liens avec des caractères immunitaires

L’objectif de cette étude est d’estimer les paramètres génétiques de la composition du microbiote intestinal chez le porc Large White et d’étudier les covariations entre cette composition et des paramètres immunitaires et de croissance. Dans le cadre du projet Sus-Flora, nous avons caractérisé la diversité du microbiote fécal pour 518 porcelets âgés de 60 jours, par séquençage d’une région variable du gène bactérien codant l’ARNr 16S. Nos premiers résultats ont mis en évidence une prédominance des genres bactériens Prevotella puis Oscillibacter, Dialister, Roseburia et Treponema. Des valeurs d’héritabilité comprises entre 0,13 &a617; 0,08 et 0,55 &a617; 0,16 ont été estimées pour l’abondance relative de 19 genres bactériens parmi les plus fréquents, démontrant ainsi une part génétique significative de la composition du microbiote intestinal chez le porc. Des corrélations génétiques positives et négatives sont identifiées entre abondances des taxons bactériens. Des covariations positives et négatives ont été trouvées entre des paramètres de formule sanguine (taux de monocytes, éosinophiles, plaquettes) et l’abondance des genres Prevotella, Roseburia, Dialister. Nous montrons également, pour un sous-groupe de 31 animaux, que la composition du microbiote intestinal se stabilise après 36 jours d’âge et que les animaux se séparent en deux groupes sur la base de la composition de leur microbiote intestinal, évoquant les entérotypes identifiés chez l’homme. Ces deux groupes, dominés par le genre Prevotella ou les Ruminococcaceae, sont retrouvés à 60 jours d’âge, avec la cohorte des 518 porcelets.