Le Carnot France Futur Élevage (F2E) poursuit son engagement en faveur d’un élevage durable, capable de répondre aux défis environnementaux, sociétaux, économiques et sanitaires des filières. Dans cette dynamique, l’objectif est de faire émerger des recherches transversales, innovantes et en partenariat. Ouvert aux membres du Carnot F2E couvrant tous les animaux de rente, ce sont des projets collaboratifs à potentiel de valorisation et de coopération public-privé. Portés par des équipes d’INRAE, de l’IDELE, de l’ITAVI et de l’IFIP, ils répondent à des enjeux clés des filières : santé animale, pratiques d’élevage, génétique, bien-être animal et attentes sociétales. Sélectionnés après évaluation par le Comité Scientifique puis validation par le Comité de Pilotage du Carnot F2E, ces projets proposent des solutions opérationnelles à moyen terme.

Les modes de vie évoluent, la consommation alimentaire aussi : le « hors domicile » tend à se développer. Mais les achats de viande dans ces circuits s’orientent de plus en plus vers l’importation, contribuant au recul de la souveraineté alimentaire française. Il n’existe pas aujourd’hui de méthodologie adaptée au suivi du comportement d’achat dans le cadre « hors domicile ».

Le projet s’appuiera sur des outils complémentaires pour explorer et mieux appréhender les choix et préférences des actifs (travailleurs) vis-à-vis de leur consommation de produits carnés sur l’instant de la pause déjeuner méridienne. Différents scénarios de consommation de viande en RHD seront définis à horizon 10-15 ans, avec pour chacune les impacts sur les chaines de valeur et l’incidence possible sur les modes d’élevage. Des leviers seront identifiés pour éveiller la conscience du consommateur quant à l’impact de sa consommation de viande, pour accompagner l’organisation des filières animales et aboutir à une meilleure adéquation de l’offre en produits carnés en RHD, permettant in fine aux productions françaises de regagner des parts de marché vis-à-vis de l’import.

La consanguinité et la perte de diversité génétique sont connues pour réduire la résistance potentielle des populations aux maladies, en limitant leur capacité à s’adapter aux agents pathogènes récurrents et émergents.

Le projet I-PIG vise à renforcer la résistance des porcs aux maladies infectieuses en préservant la diversité génétique de loci immunitaires clés. Il combine analyses in silico et in vitro pour identifier et valider les variants clés de la réponse immunitaire, étudie l’impact sur la réponse aux coronavirus, et proposera des schémas de sélection conciliant productivité et maintien de la diversité. Cette preuve de concept scientifique et méthodologique, servira de base pour développer des collaborations avec les entreprises de sélection pour optimiser performance et diversité génétique, anticiper la résilience sanitaire des lignées et accroitre la fiabilité des programme de sélection. A moyen terme, cela permettra aux entreprises de développer des services personnalisés pour les éleveurs, tels que des analyses génomiques adaptées aux populations commerciales, la modélisation de scénarios de sélection avec un potentiel d’extension à d’autres espèces et pathogènes.

L’émergence régulière d’anomalies génétiques, chez les bovins ovins, caprins et porcins, affectent à la fois la santé animale, le bien-être, et la rentabilité des élevages. Malgré des outils génomiques avancés, leur détection reste fragmentée et peu intégrée aux décisions de sélection.

Le projet SynObs vise à en améliorer la détection, la compréhension et la gestion par la structuration d’un réseau inter-espèces, la  mutualisation des données et expertises, et la mobilisation des acteurs de terrain. Il permettra le développement d’outils et protocoles harmonisés pour le phénotypage, la détection précoce et une meilleure exploitation des données de données de sélection génomiques grâce à l’application de méthodes de génétique inverse. Ces avancées ouvriront la voie à des partenariats renforcés avec les sélectionneurs, les vétérinaires et les éleveurs, facilitant l’identification rapide des anomalies et leur intégration dans les décisions de sélection, notamment celle de la cryptorchidie qui sera étudié plus particulièrement.