Synthèse - La sélection génomique : principes et perspectives d'utilisation pour l'amélioration des populations porcines

L’évaluation génomique est une nouvelle méthodologie d’estimation de la valeur génétique des animaux d’élevage. Son principe est de subdiviser le génome en un très grand nombre de segments chromosomiques (SC) déterminés par un ou plusieurs marqueurs SNP (Single Nucleotide Polyrphism), d’estimer l’effet de chacun de ces SC sur les caractères d’intérêt dans une population de référence (PR) phénotypée et génotypée pour ces marqueurs, puis de calculer la valeur génomique d’individus non phénotypés en sommant les effets estimés des SC portés par ces individus. Les méthodes d’estimation des effets des SC sont nombreuses et variables en termes de précision et de temps de calculs. L’efficacité d’une sélection fondée sur cette méthodologie augmente avec l’héritabilité du caractère considéré, la taille de la PR et le niveau de déséquilibre de liaison entre marqueurs adjacents, mais est plus faible dans les populations de grand effectif génétique ou lorsque la distance génétique entre la PR et les individus évalués est grande. Chez le porc, la sélection génomique pourrait permettre d’améliorer les populations pour des caractères non mesurables en routine, d’augmenter la précision des valeurs génétiques estimées, et de sélectionner les individus de l’étage de sélection pour leur valeur en croisement et en milieu de production. Les coûts de mise en oeuvre d’une sélection génomique chez le porc seraient élevés, en raison principalement de la taille des PR nécessaires à une évaluation précise et du nombre élevé de candidats à génotyper. Le partage de PR par les différentes Organisations de Sélection et le recours aux techniques d’imputation génotypiques permettraient de maîtriser ces coûts.