Représentativité des races locales porcines stockées dans la Cryobanque Nationale

Six races locales porcines françaises sont reconnues par le ministère en charge de l’agriculture : races Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest (PBO) et Nustrale. Dans ces populations issues d’un trèsfaible nombre de fondateurs, lessemencesstockées en Cryobanque Nationale (CBN) peuvent pleinement contribuer au maintien des ressources génétiques in vivo. La race Nustrale est cependant absente de la CBN, faute de centre de collecte en Corse. Dans le cadre du projet Caraloporc, une collection d’ADN a été constituée afin de caractériser le génome de ces six races par génotypage (puce 70K). L’ADN a été extrait des semences de la CBN conservées sous forme de pellets (59 verrats) ou de paillettes (78 verrats) ; en complément, et afin de comparer les échantillons conservés aux populations actuelles, des prélèvements de sang ou de cartilage d’oreille ont été analysés pour 240 animaux. En moyenne, douze ans séparent les verrats avec de la semence congelée en pellets de ceux avec de la semence congelée en paillettes : années de naissance moyennes 1986 et 1998, respectivement. Avec les animaux récents nés en moyenne en 2014, l’étude couvre donc trois périodes de naissance. L’analyse multidimensionnelle des données de génotypage montre un regroupement clair des animaux par race. Les animaux les plus anciens (pellets) se situent parfois en périphérie des nuages de points, ce qui traduit une certaine évolution dans le temps des populations. C’est le cas notamment pour les verrats gascons, mais surtout PBO et Bayeux. Les races locales restent bien différenciables après ajout de données de génotypages d’animaux d’autres populations (Large White, Landrace, Piétrain, Duroc et Meishan). Par ailleurs, les animaux récents de l’étude présentent une perte de polymorphisme pour une proportion de SNP comprise entre 2,7% en Gascon et 8 ,7% en PBO par rapport aux animaux représentés en CBN. Cela traduit une probable perte d’allèles dans les populations sur pied, qui pourrait être corrigée par l’utilisation des semences de la CBN. En outre, la consanguinité génomique (FROH) des animaux, définie comme la proportion de segments chromosomiques homozygotes dans un génome, a été estimée. La race Bayeux, considérée comme la plus consanguine sur la base des pedigrees, se positionne dans une situation plus favorable que les races Basque et Cul Noir Limousin au niveau génomique. Ces résultats soulignent l’originalité de chacune des races locales françaises et la représentativité des collections anciennes stockées en CBN. Ainsi, grâce à cette caractérisation, le choix des semences à utiliser peut désormais reposer sur de nouveaux critères génomiques. Le projet Caraloporc a été financé par CRB&‚08;Anim. Une partie des données de génotypages sont issues d’autres programmes : H2020 TREASURE (GA n°634476) et Délisus (Projet&‚08;ANR&‚08;07&‚08;GANI&‚08;0001).