Caractérisation génomique des races locales porcines et de leurs semences stockées en Cryobanque Nationale

Des semences de races locales porcines sont conservées dans la Cryobanque Nationale (CBN) sous forme de pellets (59 verrats) ou de paillettes (78 verrats). Elles ont vocation à servir aux programmes de conservation. Une caractérisation génomique des collections de la CBN d’une part et d’animaux récents (240 animaux) d’autre part est réalisée par génotypage (puce 70K). Les races Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest et Nustrale sont ainsi étudiées sur trois périodes : années de naissance moyennes 1986 (pellets), 1998 (paillettes) et 2014 (animaux récents). L’analyse multidimensionnelle des données de génotypage montre un regroupement des animaux par race. Quelques erreurs de traçabilité des semences les plus anciennes (pellets) sont décelées. L’apparentement génomique moyen entre les animaux d’une même race est le plus faible en race Nustrale et le plus élevé en race Basque. Dans les échantillonnages d’animaux récents, l’absence de certains allèles trouvés dans l’ADN des semences plus anciennes souligne l’intérêt de la CBN. L’évolution dans le temps du statut halothane des races locales diffère en fonction des pratiques régulières ou non de génotypage. Enfin, la consanguinité génomique (FROH) des animaux, définie comme la proportion de génome dans des segments chromosomiques homozygotes, est estimée. La race Bayeux, considérée comme la plus consanguine sur la base des pedigrees, se positionne dans une situation plus favorable que les races Basque et Cul Noir Limousin au niveau génomique. Des valeurs de FROH supérieures à 0,22 semblent associées à des échecs de reproduction plus fréquents avec les semences de la CBN. Grâce à cette caractérisation, le choix des semences de la CBN à utiliser peut désormais reposer sur de nouveaux critères génomiques.