Biofilms en industries charcutières et développement d’un modèle multi-espèces

Les biofilms sont omniprésents dans l’industrie agroalimentaire. Ils se définissent par une communauté de micro-organismes adhérents à une surface et enrobés dans une matrice d’exopolymères. Cette structure permet notamment aux cellules bactériennes de pouvoir résister aux opérations d’hygiène, rendant problématique leur élimination. La maîtrise de la biocontamination surfacique des équipements constitue une préoccupation majeure des industriels charcutiers et transformateurs de viande. En particulier, ceux produisant des charcuteries cuites consommées en l’état sont fortement sensibilisés à cette problématique. Bien qu’une littérature abondante existe sur les biofilms, les données sont extrêmement limitées concernant les flores microbiennes qui les composent à l’état naturel. Ce travail visait à identifier et décrire les communautés bactériennes présentes sur les surfaces d’installations retrouvées dans les  zones sensibles de production de charcuteries cuites consommées en l’état via des méthodes culture-dépendantes et –indépendantes (métagénomique ciblées 16S). A cette fin, le bénéfice d’utiliser une solution enzymatique spécifique de décrochement préalablement aux procédures de prélèvements par frottis (chiffonnette, éponge) ou empreinte (apposition de boites contact) a été évalué. Sur la base des données générées, 3 genres bactériens contaminants trouvés majoritaires ont été sélectionnés pour la mise au point in vitrod’un modèle de biocontamination surfacique spécifique de l’industrie charcutière.