Evaluation d’un outil moléculaire pour valider les mesures de maîtrise des salmonelles dans la filière

En 2017, Salmonella spp. a été responsable de 30 % des toxi-infections alimentaires collectives selon Santé Publique France. Peu de données quantitatives sont disponibles aux différents maillons de la filière porcine. La méthode de référence (ISO/TS 6579-2:2012) pour le dénombrement de Salmonella spp. présente l’inconvénient d’être chronophage avec un délai de 5 jours avant obtention du résultats de dénombrement. Les méthodes alternatives sur milieux chromogènes sont utilisables sur certaines matrices pauvres en flore annexe et ne permettent pas une récupération optimale des bactéries présentes mais stressées. Or, le long de la chaîne de l’élevage à la transformation de produit en passant par l’abattage, les bactéries subissent des nombreux stress entrainant des changements physiologiques, et un passage à l’état de bactéries viables mais non cultivables (VNC). L’objectif de ce projet est, dans un premier temps, la mise au point d’une méthode de dénombrement des salmonelles pour les échantillons d’élevage (fèces) et les carcasses de porc basée sur une PCR TaqMan (qPCR) et avec un traitement par un marqueur de viabilité, le propidium monoazide (PMA) afin d’éliminer l’amplification d’ADN des bactéries mortes des matrices