Surveillance de Salmonella et de Listeria dans la filière porcine par approche génomique innovante

La sécurité sanitaire dans la filière porcine est un enjeu majeur pour sa compétitivité et sa pérennité. La surveillance des dangers microbiologiques dans la filière est effectuée par l’Ifip depuis plus de 15 ans au travers de bases de données moléculaires internes contenant à la fois les informations épidémiologiques et les données de typage de souches obtenues par la technique du pulsotypage.
La surveillance des dangers microbiologiques dans la chaîne alimentaire entre dans la nouvelle ère de la révolution génomique à haut-débit. C’est la raison pour laquelle, dans un proche avenir, l’utilisation à large échelle des techniques de séquençage génomique à haut débit, telles que le séquençage du génome entier (WGS) des souches est amenée à supplanter le pulsotypage. Outre son utilisation en tant qu’outil d’épidémiosurveillance, le WGS permet d’obtenir le sérotype, ainsi que les profils d’antibiorésistance et de virulence d’une souche bactérienne.
Il apparaissait donc incontournable que l’Ifip anticipe le remplacement progressif du pulsotypage par le WGS afin de pouvoir continuer à établir, en interne dans son laboratoire, la surveillance de Listeria monocytogenes (Lm) et Salmonella pour les professionnels de la filière.
Les objectifs de ce projet étaient (1) d’acquérir la méthode développée par l’Anses de typage des souches de Salmonella et Lm par séquençage de leur génome entier (WGS) et (2) d’établir à partir des séquences WGS d’un panel de souches, le sérotype et le profil d’antibiorésistance pour Salmonella et le complexe clonal pour Lm.