Base de données professionnelles de typage des salmonelles dans la filière porcine

En 2018 en Europe, Salmonella est la deuxième cause de maladie d’origine alimentaire chez l’homme avec 91,857 cas confirmés (Efsa, 2019). Le nombre de cas de salmonelloses s’est stabilisé ces cinq dernières années après une longue période de décroissance. S. Enteritidis reste le type le plus répandu (47,4% des cas dans l’UE) mais est principalement associé à la consommation d’oeufs, d’ovoproduits et de viande de volaille. Les sérotypes les plus isolés des cas humains sont ensuite S. Typhimurium, le variant monophasique de S. Typhimurium, S. infantis et S. Newport. S. Typhimurium et S. Derby sont principalement associés aux porcs, bovins et viandes qui en sont issues et dans une moindre mesure à la volaille. Le variant monophasique de S. Typhimurium (4,[5], 12 : i :-) est quant à lui principalement associé au porc et à la consommation de viande de porc. Sa progression dans le top 10 des isolements de salmonelles en France est constante depuis 2008, principalement dû à la dissémination internationale du clone multi-résistant aux antibiotiques, 4,5,12 : i :- « ASSuTe ». En 2019, le réseau Salmonella de l’Anses rapportait que 6% des 14025 souches de salmonelles d’origine non humaine reçues au laboratoire en 2017 étaient de sérotype 4,[5], 12 : i :-, contre 4% en 2015. L’Ifip possède une base de données de souches de salmonelles finement caractérisées au niveau de leur sérotype et de leur pulsotype (profil génétique). Cette base, qui date de 2007 est alimentée régulièrement soit de façon volontaire, soit par des souches collectées au travers d’études interprofessionnelles. Elle permet (i) d’obtenir une image de la diversité qualitative et quantitative des souches circulantes dans la filière porcine (2) de connaitre l’incidence du variant monophasique S. Typhimurium SI 4,[5], 12 : i : - dans la filière et (3) de constituer un souchier représentatif des souches circulant dans la filière, qui pourra être utilisé dans le cadre d’autres projets.