Salmonella dans la filière porcine : Base de Données professionnelle de typage

En 2022 en Europe, Salmonella est la 2ème cause de maladie d’origine alimentaire chez l’homme avec 65 208 cas confirmés (Efsa, 2023), après Campylobacter.
Le nombre de cas de salmonelloses s’est stabilisé comparé à celui de 2021. S. Enteritidis reste le sérotype le plus répandu dans les infections humaines (67,3% des cas dans l’UE) mais est principalement associé à la consommation d’œufs, d’ovoproduits et de viande de volaille.
Les sérotypes les plus isolés des cas humains sont ensuite S. Typhimurium (13,1%), le variant monophasique de S. Typhimurium (4,3%), S. Infantis (2,1%) et S. Derby (0,89%). Les sérotypes les plus isolés de la filière porcine sont le variant monophasique du sérotype S. Typhimurium (TMV) et S. Typhimurium. Les plans de contrôles sur carcasses de porc ont montré, en 2022, que sur 12 301 échantillons, 4% [3.7 ; 4.4] étaient positifs pour la présence de Salmonella en France (Efsa, 2023). S. Typhimurium et S. Derby sont principalement associés aux porcs, bovins et viandes qui en sont issues et dans une moindre mesure à la volaille. Le variant monophasique de S. Typhimurium (4,[5], 12 : i :-) est quant à lui principalement associé au porc et à la consommation de viande de porc. Sa progression dans le top 10 des isolements de salmonelles en France est constante depuis 2008 puis stable depuis 2019, principalement dû à la dissémination internationale du clone multi-résistant aux antibiotiques, 4,5,12 : i :- « ASSuTe ». Les données du réseau Salmonella de l’Anses montrent que le variant monophasique du sérotype Typhimurium, S. 4[5],12:i:- est le sérotype le plus identifié dans la filière porcine depuis 2013.
L’Ifip possède une base de données de souches de salmonelles finement caractérisées au niveau de leur sérotype et de leur pulsotype (profil génétique).
Cette base, qui date de 2007 est alimentée régulièrement soit de façon volontaire, soit par des souches collectées au travers d’études interprofessionnelles.
Elle permet (1) d’obtenir une image de la diversité qualitative et quantitative des souches circulantes dans la filière porcine, (2) de connaitre l’incidence du variant monophasique S. Typhimurium SI 4,[5], 12 : i : - dans la filière et,(3) de constituer un souchier représentatif des souches circulant dans la filière, qui pourra être utilisé dans le cadre d’autres projets.