Développement d'une base de données Salmonella pour la filière porcine

L’objectif de ce travail est d’enrichir, de gérer et de pérenniser la banque de données actuellement disponible en couvrant les différents acteurs de la filière. Cette base est alimentée soit de façon volontaire soit par des souches collectées au travers d’études interprofessionnelles afin de mieux connaître le danger Salmonella tout au long de la chaîne et mieux répondre aux interrogations des professionnels concernant la gestion de ce risque. 545 souches ont été analysées depuis l’initiation de la base de données. Elles proviennent d’entreprises partenaires du projet et sont issues des maillons abattage/découpe et transformation. Deux techniques de typage ont été utilisées : le sérotypage et le pulsotypage. En effet, le sérotype et le pulsotype ont été définis lors de la précédente étude comme informations essentielles à obtenir pour toute souche intégrant la base de données. Dix huit sérotypes sont actuellement représentés dans la base de données incluant les sérotypes généralement identifiés en filière porcine. Les résultats obtenus montrent une forte prévalence de deux sérotypes Derby et Typhimurium avec un isolement plus important des souches de sérotype Typhimurium cette année par rapport à 2007. Les sérotypes majoritairement identifiés et leurs prévalences sont en accord avec les données issues de la littérature. Deux sérotypes, Agona et Lansing, ont été nouvellement identifiés cette année. Au total, depuis la création de la base de données, 94 pulsotypes différents de Salmonella ont pu être identifiés. Au sein des sérotypes majeurs Typhimurium et Derby, on note une prédominance importante de deux pulsotypes Ty01 et Der03, représentant à eux seuls la moitié des isolats collectés dans le cadre de la base de données. Ceci montre une potentielle adaptation de ces deux types à la filière porcine. Il est à noter que la prévalence du type Ty-01 a diminué depuis l’an passé, même si elle reste importante. La forte prévalence du pulsotype Ty-01 (19,2 % des 545 souches analysées) montre, dans ce cas particulier, l’importance et l’utilité d’une base de données. Ce pulsotype est en effet régulièrement associé aux souches de type DT104. Ces dernières sont impliquées dans de nombreux cas humains de salmonellose, avec de surcroît une tendance à présenter de nombreuses antibiorésistances, tendance qui semble être à la hausse depuis quelques années. Le suivi de ce type de souches est donc d’un grand intérêt au sein de la filière porcine, de part son impact avéré en santé humaine, et nécessite l’emploi de méthodes d’analyse plus fines que la seule sérotypie. Afin de continuer à pouvoir établir une surveillance de Salmonella et tirer des conclusions utilisables pour les acteurs de la filière, il est nécessaire de continuer à incrémenter le souchier et si possible de pérenniser l’apport de souches dans l’avenir. L’utilisation d’une telle base n’a en effet d’intérêt que si elle est régulièrement alimentée par l’ensemble de la filière afin de pouvoir jouer son rôle d’observatoire et donc de gestion du risque Salmonella.Durant la campagne d’analyse 2009, des souches issues du maillon élevage seront analysées et compléteront les données actuellement disponibles.