Impact de la gestion des effluents d'élevage sur la dégradation des antibiotiques

Les Cahiers de l'IFIP, 2(1), 27-49 - La revue R&D de la filière porcine française.
Les antibiotiques sont très utilisés dans tous les pays et filières d’élevages. La bibliographie internationale montre que les molécules les plus souvent dosées dans les déjections animales et qui se retrouveront dans l’environnement, sont les tétracyclines, les sulfonamides, les macrolides, les quinolones et fluoroquinolones. Après leur administration, les antibiotiques peuvent favoriser le développement de bactéries et gènes de résistance tant qu’ils sont métaboliquement actifs. Le plan « Ecoantibio 2017 » ambitionne d’enrayer ce risque d’antibiorésistance et s’est fixé comme objectif phare une réduction de 25 % des usages d’antibiotiques en cinq ans. Leur utilisation qui a largement baissé dans la filière porcine française, demeurera une nécessité pour la santé et le bien-être animal. La littérature scientifique montre que l’organisme animal dégrade assez peu les antibiotiques puisque leur excrétion s’effectue en l’état et/ou sous forme de métabolites actifs, à hauteur de 30 à 90 % des quantités administrées. Au cours du stockage, la plupart des résidus d’antibiotiques forment des complexes avec des matières organiques et demeurent plutôt stables bien qu’une grande diversité de persistance puisse être observée. Après un épandage, les sols ont plutôt un effet protecteur. La contamination des eaux nécessite toutefois que l’antibiotique soit à la fois persistant et mobile. Les procédés de traitement pouvant être mis en œuvre peuvent également réduire les concentrations d’antibiotiques, c’est le cas notamment du compostage mais aussi, dans une moindre mesure et/ou d’une manière plus variable, le traitement biologique par boue activée et la méthanisation. Il demeure toutefois beaucoup d’incertitude quant à leur efficacité réelle compte tenu d’un manque de standardisation des protocoles expérimentaux. Il y a ainsi de fréquentes confusions entre adsorption et destruction. Pour juger des risques de développement de l’antibiorésistance, il serait par ailleurs nécessaire de faire le lien avec la prévalence des bactéries et des gènes de résistance aux antibiotiques dans les différents compartiments (effluents, eaux, sols).