Evolution du microbiote et de la résistance aux antibiotiques dans un abattoir porcin
Des équipes de l’Ifip et de l’Anses ont mené une étude originale dans un abattoir porcin breton, en prélevant des échantillons sur les différentes surfaces de la chaîne d’abattage à deux ans d’intervalle, en 2017 puis en 2019. En combinant isolement bactérien, séquençage génomique et métagénomique, ils dressent un tableau inédit de la stabilité et du potentiel de résistance du microbiote de ces environnements.
Les points clés analysés
Les chercheurs ont prélevé des surfaces en contact avec les carcasses à cinq points clés de la chaîne d’abattage-découpe : l’épileuse, la flagelleuse, la scie de la fendeuse, la goulotte abats blancs et la plateforme abats rouges. Ils ont combiné plusieurs approches — isolement bactérien classique, séquençage du génome de souches de Salmonella, et métagénomique shotgun — pour obtenir une image complète des communautés bactériennes et de leurs gènes de résistance.
Des souches de Salmonella transitoires et un microbiote résident, dominé par Acinetobacter
Trente-cinq souches de Salmonella Typhimurium ont été isolées sur l’ensemble de la chaîne. Leur analyse génétique indique cependant qu’elles ne persistent pas d’une année sur l’autre : elles sont vraisemblablement introduites de façon répétée via les animaux entrants.
À l’inverse, les bactéries colonisant durablement les surfaces se sont révélées stables entre 2017 et 2019, et fortement structurées selon la localisation dans les ateliers de l’abattoir. Le genre Acinetobacter domine, avec une présence croissante en aval de la chaîne d’abattage-découpe. C’est également ce genre qui concentre le plus grand nombre de gènes de résistance aux antibiotiques et aux biocides utilisés en nettoyage-désinfection.
Un point d’attention pour les professionnels
L’accumulation de gènes de résistance en aval de la chaîne suggère que les expositions répétées aux désinfectants pourraient sélectionner des bactéries tolérantes à la fois aux biocides et aux antibiotiques. La présence de ces gènes sur des éléments génétiques mobiles soulève par ailleurs la question de leur transmission potentielle vers des pathogènes transitoires comme Salmonella.
Conclusion
Si la présence de bactéries résistantes dans les abattoirs est connue, peu d’études avaient jusqu’ici combiné une approche longitudinale sur deux ans avec des techniques métagénomiques aussi complètes. La stabilité du microbiote résident — indépendante des lots d’animaux — et le rôle d’Acinetobacter comme réservoir de résistances croisées sont des résultats particulièrement utiles pour orienter les stratégies de surveillance.
Ce travail a été réalisé dans le cadre du plan EcoAntibio, financé par le ministère de l’Alimentation et de l’Agriculture.
Pour en savoir + :
Une étude complémentaire, financée par INAPORC, a été menée dans trois autres sites d’abattage. Les résultats ont été présentés au congrès Safepork en octobre 2025 : retrouvez la présentation ci-dessous.
Auteurs
Ingénieur d’étude - Expert des bonnes pratiques d'hygiène et la maîtrise des process d'abattage-découpe
Chargée de projets en microbiologie et experte pour la surveillance épidémiologique des contaminants dans la filière porcine - Partenaire du RMT ACTIA Florepro
