Génomique

Impact de l’information génomique sur les choix de reproducteurs préconisés par la méthode des contributions optimales appliquée à une population Landrace

Poster. La méthode de sélection selon les contributions génétiques optimales (OCS) développée par Meuwissen (1997) fait consensus dans la communauté scientifique pour préserver au mieux la diversité génétique dans les…

Utilisation d’une puce très basse densité (1 100 SNP) pour la sélection génomique chez 3 races porcines françaises

Poster. Le coût actuel des puces SNP constitue une limite au développement de la sélection génomique dans les populations porcines (Badke et al., 2014; Wellmann et al., 2013). Afin de…

Estimation, dans un dispositif familial issu des populations porcines françaises en sélection, de l'effet quantitatif de mutations dans des gènes majeurs et des gènes candidats

L’étude repose sur le contrôle de performances en station (croissance, composition corporelle et qualité de viande) de familles composées d’une cinquantaine de descendants (mâles castrés et femelles) d’un même père…

Cartographie fine de régions QTL à l'aide de la puce Porcine SNP60 pour l'ingestion, la croissance, la composition de la carcasse et la qualité de la viande en race Large White

Près de 500 porcs Large White (106 familles de pères) ont été génotypés pour la puce PorcineSNP60 et contrôlés pour 21 caractères d’ingestion, de croissance, de composition de carcasse et…

Importance du phénotypage pour maintenir la précision des prédictions génomiques des caractères mesurés en station

Poster. L’évaluation génomique dans les lignées porcines maternelles françaises a été mise en place en 2016 et a permis d’augmenter le progrès génétique, notamment pour les caractères de reproduction. Cependant,…

Estimation des effets de six QTL affectant les caractères de production dans des populations porcines commerciales françaises : premiers résultats du projet BIOMARK

Detection of quantitative trait loci for reproduction and production traits in Large White and French Landrace pig populations

Estimation dans des populations porcines françaises de l'effet du génotype MC4R sur les performances de quelques caractères de croissance, de composition de la carcasse et de qualité de la viande

Cette étude a pour objet de vérifier l’existence d’une association entre le polymorphisme du gène MC4R et les performances de quelques caractères de croissance, de composition de la carcasse et…

A genetic and functional analysis of innate and adaptive immunity in pigs

Décryptage du contrôle génétique des réponses immunitaires innées et adaptatives chez le porc Large White : une étude combinant des approches génétiques et fonctionnelles

Un programme d'analyse fine du contrôle génétique de la réponse immunitaire (RI) combinant des approches génétiques et fonctionnelles a été développé. Plus de 400 animaux de race Large White mesurés…

Genetic analysis of the immune response in pigs

Recherche de QTL pour des caractères de production et de reproduction dans les populations porcines Large White et Landrace Français à l'aide d'un dispositif grand-parental

Une recherche de QTL pour des caractères de production et de reproduction a été réalisée sur l’ensemble du génome dans les populations porcines collectives Large White et Landrace Français. Cette…

Deciphering the genetic control of innate and adaptive immune responses in pig: a combined genetic and genomic study

Improving animal robustness and resistance to pathogens by adding health criteria in selection schemes is one of the challenging objectives of the next decade. In order to better understand the…

Genome-wide association studies in purebred and crossbred entire male pigs

Hélène Gilbert et al., 66th EAAP, 31 août- 04 septembre 2015, Varsovie, Pologne, session 45 : pigs genetics, visuel d'intervention A total of 654 purebred Piétrain entire male pigs and…

Identification of transcriptional regulatory variants in pig duodenum, liver, and muscle tissues

In humans and livestock species, genome-wide association studies (GWAS) have been applied to study the association between variants distributed across the genome and a phenotype of interest. To discover genetic…

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique pour l’ensemble de la filière porcine française. Ce travail…

Perceptions of genome editing in farm animals by livestock stakeholders

The objective of this study was to better understand the positions of the stakeholders of the livestock sector with respect to the use of genome editing techniques. A qualitative survey…

Integrating blood transcriptome and immunity traits to identify markers of immune capacity in pigs

Impact of weaning age on gut microbiota composition in piglets

Prédire la qualité des viandes : mythe ou réalité ?

Cette revue (voir Viandes & Produits carnés (FRA), novembre 2016,14 pages) a pour objectif de faire un point sur les avancées récentes obtenues dans le domaine de la prédiction de…

Analyse métagénomique de la dynamique de l'écosystème bactérien de la viande de porc biopréservée

Cette étude vise à étudier la possibilité de conservation de viande de porc biopréservée conditionnée sous vide pendant 12 semaines à -1.5°C. Le challenge de la biopréservation est de pouvoir…

Estimación de la varianza aditiva y dominante en caracteres de cerdo medidos en población pura y cruzada usando G-GIBBS. Genomic estimation of dominance genetic variance in purebred and crossbred pig performances

Genomics to estimate additive and dominance genetic variances in purebred and crossbred pig traits

Using 1K SNP panel for genomic selection in 3 French pig breeds: Accuracy of Imputation and estimation of genomic breeding values using 1K SNP panel, designed for several breeds in French pig populations

Dynamique temporelle de la diversité génétique dans des lignées commerciales de porc

La détection des locus sous sélection positive dans le génome d'une population est une alternative intéressante aux approches de détection de QTLs. Elle permet d’identifier des zones du génome fonctionnellement…

Practical integration of genomic selection into dairy cattle breeding schemes

Towards the quantitative characterisation of piglets’ robustness to weaning: A modelling approach

Weaning is a critical transition phase in swine production in which piglets must cope with different stressors that may affect their health. During this period, the prophylactic use of antibiotics…

Nouvelle station collective de phénotypage FG Porc-Inra : un site dédié à la génomique

Outil central pour l'obtention de populations de référence dans le cadre de programmes d'amélioration génétique, la station collective FG Porc sera inaugurée fin juin. Présentation et enjeux.

Predictive microbiology combined with metagenomic analysis targeted on the 16S ribosomal DNA: A new approach for food quality

Mise en place de la sélection génomique dans le schéma de sélection de la population Landrace français

La sélection génomique est un nouvel outil permettant d’augmenter la précision du choix des reproducteurs porcins par la prise en compte de l’information de leur génome dans l’évaluation génétique. Une…

Gut microbiota composition in swine: genetic parameters and links with immunity traits

Pedigree and genomic evaluation of pigs using a terminal cross model

In a terminal cross, individuals from purebred parental lines are selected to produce crossbred individuals. Up to now, the inclusion of crossbred information for selecting parental lines has not led…

Sélection génomique : un nouvel outil pour la sélection collective

Méthode de sélection prometteuse - Sélection plus précise des candidats dans les meilleures portées - Principalement sur les critères de reproduction pour les lignées maternelles - Ouvre des perspectives pour…

Use of mate allocation in pig crossbreeding schemes: a simulation study

Additive and dominance genomic parameters for backfat thickness in purebred and crossbred pigs

Surveillance de Salmonella et de Listeria dans la filière porcine par approche génomique innovante

La sécurité sanitaire dans la filière porcine est un enjeu majeur pour sa compétitivité et sa pérennité. La surveillance des dangers microbiologiques dans la filière est effectuée par l’Ifip depuis…

Optiviande - Prédiction de la qualité technologique de la viande de poulet : apport de nouvelles approches de phénotypage et des analyses biologiques et génomiques à haut-débit

Même si la viande est de plus en plus consommée sous forme élaborée, les consommateurs sont sensibles à la naturalité des produits. Cette tendance est largement prise en compte par…

Multi-varietal genomic selection in French pig populations

Accuracy of genomic selection to improve litter traits in the French Landrace pig population

Deciphering the genetic regulation of peripheral blood transcriptome in pigs through expression genome-wide association study and allele-specific expression analysis

Background Efforts to improve sustainability in livestock production systems have focused on two objectives: investigating the genetic control of immune function as it pertains to robustness and disease resistance, and…

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique pour l’ensemble de la filière porcine française. Ce travail…

Pedigree and genomic evaluation of pigs using a terminal cross model

SNP-based mate allocation strategies to maximize total genetic value in pigs

Background: Mate allocation strategies that account for non-additive genetic efects can be used to maximize the overall genetic merit of future ofspring. Accounting for dominance efects in genetic evaluations is…

Les modifications ciblées du génome appliquées aux animaux d’élevage : à la croisée des controverses

Les outils de modification du génome sont nombreux et peuvent conduire à des utilisations variées : inactivation, mutation, suppression ou insertion d’un élément d’ADN ou d’un gène dans un organisme.…

Building and evaluation of SNPs panels for parentage tests issue in swine

Improving WGS-based FBO investigations with pgSNP, a bacterial DNA pangenomic workflow

Salmonella is one of the most common bacterial pathogen worldwide in human and animal infections, leading to 87,923 cases of human gastroenteritis in Europe in 2019 [1]. To provide new…

Analyse métagénomique de la dynamique de l’écosystème bactérien de la viande de porc biopréservée

Poster. L’objectif de cette étude était d’évaluer la dynamique d’évolution de l’écosystème bactérien de la viande de porc biopréservée et emballée sous vide puis stockée à une température de -1,5…

Genomic mating allocation model with dominance to maximize overall genetic merit in Landrace pigs

Genomic data reveals large similarities among Canadian and French maternal pig lines

Combiner des populations de référence provenant de différents pays ou de différentes races peut être un moyen abordable d’agrandissement de la taille de la population de référence pour les prédictions…

Identifying muscle transcriptional regulatory elements in the pig genome

38th International Conference on Animal Genetics (ISAG), 26-30 juillet 2021, virtuel

Predictive microbiology combined with metagenomic analysis targeted on the 16S rDNA : A new approach for food quality

Effets interactifs des gènes RN et HAL sur la qualité de la viande : résultats obtenus lors de la fabrication du jambon cuit prétranché

Predicting the Quality of Meat: Myth or Reality?

This review is aimed at providing an overview of recent advances made in the field of meat quality prediction, particularly in Europe. The different methods used in research labs or…

L’évaluation génomique dans un schéma de croisement terminal

Poster. L’intérêt d’utiliser le croisement est de bénéficier de la complémentarité entre les lignées parentales et des effets d’hétérosis au niveau des terminaux. Dans les schémas d’amélioration génétique, les individus…

On the influence of host genetics on gut microbiota composition in pigs

Late weaning is associated with increased microbial diversity and Faecalibacterium prausnitzii abundance in the fecal microbiota of piglets

Epidémiologie des salmonelles en filière animale par approche génomique

Le projet EMISSAGE a étudié la diversité génomique de souches françaises de 3 sérovars de Salmonella enterica subsp. enterica d'importance majeure en filière agro-alimentaire. Les génomes de 267 souches de…

Immunome differences between porcine ileal and jejunal Peyer’s patches revealed by global transcriptome sequencing of gut-associated lymphoid tissues

The epithelium of the intestinal mucosa and the gut-associated lymphoid tissues (GALT) constitute an essential physical and immunological barrier against pathogens. In order to study the specificities of the GALT…

BIOMARK : Une évaluation minutieuse de plusieurs QTL en ségrégation dans les lignées commerciales françaises en vue de leur cartographie fine et de la mise en place d'une sélection assistée par marqueur

Des très nombreux QTL ont été détectés influençant pratiquement tous les caractères pour lesquels des QTL ont été recherchés (Bidanel et Rothschild, 2002). La plupart du temps, ces études ont…

Recherche de causes génétiques des anomalies congénitales majeures chez le porc

Bien que la fréquence des anomalies congénitales soit relativement faible (environ 1%), leur impact en production porcine est significatif. Elles provoquent le plus souvent un mal-être des animaux et une…

Synthèse - La sélection génomique : principes et perspectives d'utilisation pour l'amélioration des populations porcines

L’évaluation génomique est une nouvelle méthodologie d’estimation de la valeur génétique des animaux d’élevage. Son principe est de subdiviser le génome en un très grand nombre de segments chromosomiques (SC)…

DéLiSus : variabilité haplotypique et phénotypage haut-débit chez le porc

Le projet DéLiSus est un projet intégré ayant pour but l'étude de la variabilité haplotypique du génome porcin à haute densité (puce SNP 60k). Les principales races francaises, et les…

SwAn (Swine Anomalies) - Anomalies congénitales chez le porc : Cartographie fine des gènes sous-jacents. (2009-12)

Les anomalies congénitales les plus courantes chez le porcelet sont les hernies (ombilicale, scrotale ou inguinale), la cryptorchidie, l’intersexualité. La fréquence d’animaux atteints est de 1 à 3% dans les…

De nouveaux outils et enjeux de sécurité des aliments

L’objectif de la politique européenne de sécurité des aliments est d’assurer un niveau élevé de protection de la santé humaine. À la suite des crises de la fin des années…

Sélection génomique : quelles perspectives réalistes chez le porc ?

Méthode de sélection basée exclusivement sur des données moléculaires, la sélection génomique révolutionne actuellement la sélection laitière. Pour adapter cette méthode aux spécificités de la production porcine, un ambitieux programme…

Transcriptome épididymaire et testiculaire chez le verrat - Approche génomique et protéomique des mécanismes intervenant dans le contrôle de la fertilité du gamète mâle

La qualité des spermatozoïdes (mobilité et les différentes étapes de reconnaissance ovocytaire) est liée à leur différenciation post-testiculaire lors de leur transit dans l’épididyme. La connaissance de la génomique fonctionnelle…

Etude de la réponse immunitaire des porcs français de race Large White et analyse conjointe du transcriptome des leucocytes du sang périphérique

Depuis plus de 25 ans maintenant, un programme de sélection génétique ciblant des caractères de production a été poursuivi en France dans l’espèce porcine. Associé à l’application de mesures sanitaires…

Etude de la réponse immunitaire des porcs français de race Large White et analyse conjointe du transcriptome des leucocytes du sang périphérique

L’espèce porcine a bénéficié depuis 20 ans d’un programme de sélection génétique qui a ciblé des caractères de production et cette sélection, accompagnée du respect de règles sanitaires strictes incluant…

Cartographie fine de QTL porcins : projet Biomark. BIOMARK : Une évaluation minutieuse de plusieurs QTL en ségrégation dans les lignées commerciales françaises en vue de leur cartographie fine et de la mise en place d'une sélection assistée par marqueur

Des très nombreux QTL ont été détectés influençant pratiquement tous les caractères pour lesquels des QTL ont été recherchés (Bidanel et Rothschild, 2002). La plupart du temps, ces études ont…

Recherche et identification des gènes différentiellement exprimés dans l'épididyme de verrat par une approche transcriptomique

Chez les Mammifères, la production de spermatozoïdes fécondants fait intervenir deux organes : le testicule et l’épididyme. Le testicule est le lieu de production et a donc un rôle sur…

Les anomalies congénitales porcines : la génétique au service d'une préoccupation de la filière

Les anomalies congénitales sont induites par une modification de la conformation d’un tissu ou organe à la naissance. Les plus souvent observées en élevage porcin sont les hernies ombilicales ou…

Développement des outils de la sélection génomique

L’IFIP coordonne et assure le suivi de projets de recherche sur le thème de la génomique, à l’interface entre les professionnels de la sélection regroupés au sein de BIOPORC et…

Applications moléculaires et génomiques en sélection porcine

Fiche n° 49 : Progrès génétiques Les données moléculaires tiennent une place croissante dans les programmes de sélection animaux. C'est pourquoi l'IFIP assure l'animation de l'association Bioporc dont l'objectif est…

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brehaut, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 53 Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations…

Biologie moléculaire et génomique : de nouveaux outils pour la sélection

Les programmes de sélection animale reposent de plus en plus sur des données d’analyses moléculaires. L’IFIP gère ces informations pour les organisations de sélection partenaires. Il coordonne et assure le…

Nouvelles technologies : des perspectives très prometteuses pour la sélection

Tech Porc (FRA), 2017, n° 34, mars-avril, p. 40-42, par Joël Bidanel et Marie-José Mercat Les recherches en matière de génomique s'accélèrent. La connaissance précise du génome, de sa gouvernance…

Faire évoluer les outils de sélection pour préparer l'avenir

Tech Porc (FRA), 2017, n° 34, mars-avril, p. 43-45, par Joël Bidanel Les organismes de sélection vont toujours plus loin dans l'optimisation de leurs outils, à l'exemple de Nucléus, qui…

Utilisation des informations génomiques des animaux croisés pour la sélection

Fiche n° 058 : réduction des coûts d'élevage Dans les schémas de sélection porcin et avicole, des animaux de race pure sont sélectionnés dans un environnement de haut niveau sanitaire dans l’objectif de…

Développement de la sélection génomique

Fiche n° 059 : réduction des coûts d'élevage La sélection génomique fait l’objet d’un intérêt croissant dans les schémas de sélection porcins. Malgré un surcoût important par rapport au schéma conventionnel, elle permet…

Le transcriptome épididymaire du verrat: étude de la régionalisation

Chez les mammifères, les spermatozoïdes acquièrent leur pouvoir fécondant au cours du passage dans l’épididyme, organe constitué d'un tube pelotonné et relié au testicule par le canal efférent. L'épididyme est…

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique pour l’ensemble de la filière porcine française. Ce travail…

Etude de la composante génétique du défaut « jambon déstructuré »

Le défaut « jambon déstructuré » constitue un handicap majeur dans la technologie de fabrication du jambon cuit. Actuellement, il n’est détectable qu’après désossage du jambon, ce qui complique son…

Sélection génomique : un nouvel outil pour la sélection collective

Méthode de sélection prometteuse - Sélection plus précise des candidats dans les meilleures portées - Principalement sur les critères de reproduction pour les lignées maternelles - Ouvre des perspectives pour…

Mise en place de la sélection génomique

Fiche n° 056 : progrès génétiques La sélection génomique fait l’objet d’un intérêt croissant dans les schémas de sélection porcins. Malgré un surcoût important par rapport au schéma conventionnel, elle permet de…

Programmes de recherche en biologie moléculaire et en génomique

Fiche n° 057 : progrès génétiques La sélection des animaux s’appuie de plus en plus sur des données moléculaires et de génomique. C’est pourquoi l’IFIP anime l’association BIOPORC dont l’objectif est de…

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 108 Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines…

Caractérisation génomique des races locales

Marie-José Mercat, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 110 L’objectif du projet Caraloporc était de réaliser une caractérisation génomique des collections de semences de races locales de la Cryobanque…

Biologie moléculaire et génomique : de nouveaux outils pour la sélection

Les programmes de sélection animale s’appuient de plus en plus sur des données moléculaires. L’IFIP gère ces données pour les Organisations de Sélection Porcine partenaires (OSP). L’IFIP coordonne et assure…

Complete genome sequence of Salmonella enterica subsp. enterica Serotype Derby, associated with the pork sector in France

In the European Union, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby is the most abundant serotype isolated from pork. Recent studies have shown that this serotype is polyphyletic. However, one main…

Génétique : les enjeux du contrôle de performances

La sélection génomique ouvre la possibilité de sélectionner de nouveaux caractères. Son développement passera par la capacité que la recherche et les OSP auront à réaliser de nouvelles mesures. Pour…

Characterization of the genomic diversity of S. Typhimurium and its monophasic variant in France in pig herds

Salmonella is one of the most common bacterial pathogen worldwide in human and animal infections, leading to 52,702 cases of human gastroenteritis in Europe in 2020 [1]. To provide new…

Genomic diversity, linkage disequilibrium and selection signatures in European local pig breeds assessed with a high density SNP chip

Genetic characterization of local breeds is essential to preserve their genomic variability, to advance conservation policies and to contribute to their promotion and sustainability. Genomic diversity of twenty European local…

Describing variability in pig genes involved in coronavirus infections for a One Health perspective in conservation of animal genetic resources

Coronaviruses silently circulate in human and animal populations, causing mild to severe diseases. Therefore, livestock are important components of a “One Health” perspective aimed to control these viral infections. However,…

Gut microbiota analyses for sustainable European local porcine breeds: A TREASURE pilot study

An online phenotype database: First step towards breeding programs in local pig breeds

Diversity across major and candidate genes in European local pig breeds

The aim of this work was to analyse the distribution of causal and candidate mutations associated to relevant productive traits in twenty local European pig breeds. Also, the potential of…